We analyzed molecular data on 2,579 tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) of four gynecological types plus breast. Our aims were to identify shared and unique molecular features, clinically significant subtypes, and potential therapeutic targets. We found 61 somatic copy-number alterations (SCNAs) and 46 significantly mutated genes (SMGs). Eleven SCNAs and 11 SMGs had not been identified in previous TCGA studies of the individual tumor types. We found functionally significant estrogen receptor-regulated long non-coding RNAs (lncRNAs) and gene/lncRNA interaction networks. Pathway analysis identified subtypes with high leukocyte infiltration, raising potential implications for immunotherapy. Using 16 key molecular features, we identified five prognostic subtypes and developed a decision tree that classified patients into the subtypes based on just six features that are assessable in clinical laboratories.

Abstract The Pax(paired box) gene family comprises highly conserved transcription factors that play a crucial regulatory role in embryonic development, tissue morphogenesis, and cell differentiation. The gene family comprises of nine members, namely Pax1 to Pax9 , each exhibiting distinct functionalities and expression patterns. Among the members of the Pax family, Pax7 is particularly involved in key regulatory functions related to skeletal muscle development and satellite cell biology in vertebrates. However, the precise role of Pax7 and its downstream targets in jawless vertebrates such as lamprey remains relatively understudied. Therefore, investigating the expression and function of lamprey’s Pax genes holds significant value as a model organism for understanding developmental processes, evolution, and interactions with other vertebrates. In this study, we identified Pax7 in Lethentero reissneri and multiple bioinformatics analyses suggested that it may represent the ancestral gene of the Pax7 shared among higher vertebrates. To further elucidate the function and regulatory mechanism of Pax7 , we performed transcriptome sequencing analysis after silencing Lr.Pax7 expression which revealed alterations in metabolic processes along with associated genes( Plcy,Jagged2,Hes,Myod,Frizzled2 ,etc) involved in various immune pathways( Notch, Wnt, IL-17, TNF , etc), myogenesis process, adipocyte formation process consistent with those observed in higher vertebrates. Comparative studies between lamprey and high vertebrates could provide valuable insight into understanding the functional role of Pax7 and its downstream targets across diverse biological process as well as disease states.

Abstract We created the PDX Network (PDXNet) Portal ( https://portal.pdxnetwork.org/ ) to centralize access to the National Cancer Institute-funded PDXNet consortium resources (i.e., PDX models, sequencing data, treatment response data, and bioinformatics workflows), to facilitate collaboration among researchers, and to make resources easily available for research. The portal includes sections for resources, analysis results, metrics for PDXNet activities, data processing protocols, and training materials for processing PDX data. The initial portal release highlights PDXNet model and data resources, including 334 new models across 33 cancer types. Tissue samples of these models were deposited in the NCI’s Patient-Derived Model Repository (PDMR) for public access. These models have 2,822 associated sequencing files from 873 samples across 307 patients, which are hosted on the Cancer Genomics Cloud powered by Seven Bridges and the NCI Cancer Data Service for long-term storage and access with dbGaP permissions. The portal also includes results from standardized analysis workflows on PDXNet sequencing files and PDMR data (2,594 samples from 463 patients across 78 disease types). These 15 analysis workflows for whole-exome and RNA-Seq data are freely available, robust, validated, and standardized. The model and data lists will grow substantially over the next two years and will be continuously updated as new data are available. PDXNet models support multi-agent treatment studies, determination of sensitivity and resistance mechanisms, and preclinical trials. The PDXNet portal is a centralized location for these data and resources, which we expect to be of significant utility for the cancer research community.

In this study, an injectable, porous, and Mg2+-loaded hydrogel with the ability to scavenge local reactive oxygen species was developed for bone-repair applications. Alendronate sodium with a specific binding affinity to Mg2+ was incorporated into the hydrogel through a Schiff's base reaction with oxidized dextran. The porous hydrogel, which was cross-linked by catechol-modified chitosan to maintain its mechanical properties, showed enhanced cell viability, proliferation, differentiation of human bone marrow stromal cells in vitro, and osteogenic property in a rat-femur defect model. The hydrogel promoted the regeneration of bone tissue including ossification and particularly endochondral ossification, indicating a progressive healing process. The formed bone tissue exhibited a dense and layered structure, substantiating its effectiveness in osteogenic differentiation. The hydrogel also affected the polarization of macrophages and inhibited the M1 phenotype associated with tissue repair and regeneration, exhibiting the potential to reduce local inflammatory response and benefit bone repair. Overall, the hydrogel can be anticipated as a promising biomaterial for bone repair because of its multiple biofunctions including enhanced osteogenesis and endochondral ossification, and modulation of inflammation.