JC
James Cerhan
Author with expertise in Lymphoid Neoplasms
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
64
(53% Open Access)
Cited by:
15,122
h-index:
109
/
i10-index:
493
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Molecular subtypes of diffuse large B cell lymphoma are associated with distinct pathogenic mechanisms and outcomes

Bjoern Chapuy et al.Apr 27, 2018
Diffuse large B cell lymphoma (DLBCL), the most common lymphoid malignancy in adults, is a clinically and genetically heterogeneous disease that is further classified into transcriptionally defined activated B cell (ABC) and germinal center B cell (GCB) subtypes. We carried out a comprehensive genetic analysis of 304 primary DLBCLs and identified low-frequency alterations, captured recurrent mutations, somatic copy number alterations, and structural variants, and defined coordinate signatures in patients with available outcome data. We integrated these genetic drivers using consensus clustering and identified five robust DLBCL subsets, including a previously unrecognized group of low-risk ABC-DLBCLs of extrafollicular/marginal zone origin; two distinct subsets of GCB-DLBCLs with different outcomes and targetable alterations; and an ABC/GCB-independent group with biallelic inactivation of TP53, CDKN2A loss, and associated genomic instability. The genetic features of the newly characterized subsets, their mutational signatures, and the temporal ordering of identified alterations provide new insights into DLBCL pathogenesis. The coordinate genetic signatures also predict outcome independent of the clinical International Prognostic Index and suggest new combination treatment strategies. More broadly, our results provide a roadmap for an actionable DLBCL classification.
0

2016 US lymphoid malignancy statistics by World Health Organization subtypes

Lauren Teras et al.Sep 12, 2016
Collectively, lymphoid neoplasms are the fourth most common cancer and the sixth leading cause of cancer death in the United States. The authors provide contemporary lymphoid neoplasm statistics by subtype based on the 2008 World Health Organization classifications, including the most current US incidence and survival data. Presented for the first time are estimates of the total numbers of US lymphoid neoplasm cases by subtype as well as a detailed evaluation of incidence and survival statistics. In 2016, 136,960 new lymphoid neoplasms are expected. Overall lymphoma incidence rates have declined in recent years, but trends vary by subtype. Precursor lymphoid neoplasm incidence rates increased from 2001 to 2012, particularly for B-cell neoplasms. Among the mature lymphoid neoplasms, the fastest increase was for plasma cell neoplasms. Rates also increased for mantle cell lymphoma (males), marginal zone lymphoma, hairy cell leukemia, and mycosis fungoides. Like incidence, survival for both mature T-cell lymphomas and mature B-cell lymphomas varied by subtype and by race. Patients with peripheral T-cell lymphomas had among the worst 5-year relative survival (36%-56%, depending on race/sex), while those with mycosis fungoides had among the best survival (79%-92%). For B-cell lymphomas, 5-year survival ranged from 83% to 91% for patients with marginal zone lymphoma and from 78% to 92% for those with hairy cell leukemia; but the rates were as low as 47% to 63% for patients with Burkitt lymphoma and 44% to 48% for those with plasma cell neoplasms. In general, black men had the lowest survival across lymphoid malignancy subtypes. These contemporary incidence and survival statistics are useful for developing management strategies for these cancers and can offer clues regarding their etiology. CA Cancer J Clin 2016;66:443-459. © 2016 American Cancer Society.
0
Citation925
0
Save
0

Discovery and prioritization of somatic mutations in diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) by whole-exome sequencing

Jens Lohr et al.Feb 17, 2012
To gain insight into the genomic basis of diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL), we performed massively parallel whole-exome sequencing of 55 primary tumor samples from patients with DLBCL and matched normal tissue. We identified recurrent mutations in genes that are well known to be functionally relevant in DLBCL, including MYD88, CARD11, EZH2, and CREBBP. We also identified somatic mutations in genes for which a functional role in DLBCL has not been previously suspected. These genes include MEF2B, MLL2, BTG1, GNA13, ACTB, P2RY8, PCLO, and TNFRSF14. Further, we show that BCL2 mutations commonly occur in patients with BCL2/IgH rearrangements as a result of somatic hypermutation normally occurring at the IgH locus. The BCL2 point mutations are primarily synonymous, and likely caused by activation-induced cytidine deaminase-mediated somatic hypermutation, as shown by comprehensive analysis of enrichment of mutations in WRCY target motifs. Those nonsynonymous mutations that are observed tend to be found outside of the functionally important BH domains of the protein, suggesting that strong negative selection against BCL2 loss-of-function mutations is at play. Last, by using an algorithm designed to identify likely functionally relevant but infrequent mutations, we identify KRAS, BRAF, and NOTCH1 as likely drivers of DLBCL pathogenesis in some patients. Our data provide an unbiased view of the landscape of mutations in DLBCL, and this in turn may point toward new therapeutic strategies for the disease.
0
Citation920
0
Save
0

Epidemiologic Evaluation of Measurement Data in the Presence of Detection Limits

Jay Lubin et al.Sep 13, 2004
Quantitative measurements of environmental factors greatly improve the quality of epidemiologic studies but can pose challenges because of the presence of upper or lower detection limits or interfering compounds, which do not allow for precise measured values. We consider the regression of an environmental measurement (dependent variable) on several covariates (independent variables). Various strategies are commonly employed to impute values for interval-measured data, including assignment of one-half the detection limit to nondetected values or of “fill-in” values randomly selected from an appropriate distribution. On the basis of a limited simulation study, we found that the former approach can be biased unless the percentage of measurements below detection limits is small (5–10%). The fill-in approach generally produces unbiased parameter estimates but may produce biased variance estimates and thereby distort inference when 30% or more of the data are below detection limits. Truncated data methods (e.g., Tobit regression) and multiple imputation offer two unbiased approaches for analyzing measurement data with detection limits. If interest resides solely on regression parameters, then Tobit regression can be used. If individualized values for measurements below detection limits are needed for additional analysis, such as relative risk regression or graphical display, then multiple imputation produces unbiased estimates and nominal confidence intervals unless the proportion of missing data is extreme. We illustrate various approaches using measurements of pesticide residues in carpet dust in control subjects from a case–control study of non-Hodgkin lymphoma.
0

Vitamin D intake is inversely associated with rheumatoid arthritis: Results from the Iowa Women's Health Study

Linda Merlino et al.Jan 1, 2004
Abstract Objective Vitamin D is a potent regulator of calcium homeostasis and may have immunomodulatory effects. The influence of vitamin D on human autoimmune disease has not been well defined. The purpose of this study was to evaluate the association of dietary and supplemental vitamin D intake with rheumatoid arthritis (RA) incidence. Methods We analyzed data from a prospective cohort study of 29,368 women of ages 55–69 years without a history of RA at study baseline in 1986. Diet was ascertained using a self‐administered, 127‐item validated food frequency questionnaire that included supplemental vitamin D use. Risk ratios (RRs) and 95% confidence intervals (95% CIs) were estimated using Cox proportional hazards regression, adjusting for potential confounders. Results Through 11 years of followup, 152 cases of RA were validated against medical records. Greater intake (highest versus lowest tertile) of vitamin D was inversely associated with risk of RA (RR 0.67, 95% CI 0.44–1.00, P for trend = 0.05). Inverse associations were apparent for both dietary (RR 0.72, 95% CI 0.46–1.14, P for trend = 0.16) and supplemental (RR 0.66, 95% CI 0.43–1.00, P for trend = 0.03) vitamin D. No individual food item high in vitamin D content and/or calcium was strongly associated with RA risk, but a composite measure of milk products was suggestive of an inverse association with risk of RA (RR 0.66, 95% CI 0.42–1.01, P for trend = 0.06). Conclusion Greater intake of vitamin D may be associated with a lower risk of RA in older women, although this finding is hypothesis generating.
0

Early Relapse of Follicular Lymphoma After Rituximab Plus Cyclophosphamide, Doxorubicin, Vincristine, and Prednisone Defines Patients at High Risk for Death: An Analysis From the National LymphoCare Study

Carla Casulo et al.Jun 30, 2015
Purpose Twenty percent of patients with follicular lymphoma (FL) experience progression of disease (POD) within 2 years of initial chemoimmunotherapy. We analyzed data from the National LymphoCare Study to identify whether prognostic FL factors are associated with early POD and whether patients with early POD are at high risk for death. Patients and Methods In total, 588 patients with stage 2 to 4 FL received first-line rituximab plus cyclophosphamide, doxorubicin, vincristine, and prednisone (R-CHOP). Two groups were defined: patients with early POD 2 years or less after diagnosis and those without POD within 2 years, the reference group. An independent validation set, 147 patients with FL who received first-line R-CHOP, was analyzed for reproducibility. Results Of 588 patients, 19% (n = 110) had early POD, 71% (n = 420) were in the reference group, 8% (n = 46) were lost to follow-up, and 2% (n = 12) died without POD less than 2 years after diagnosis. Five-year overall survival was lower in the early-POD group than in the reference group (50% v 90%). This trend was maintained after we adjusted for FL International Prognostic Index (hazard ratio, 6.44; 95% CI, 4.33 to 9.58). Results were similar for the validation set (FL International Prognostic Index–adjusted hazard ratio, 19.8). Conclusion In patients with FL who received first-line R-CHOP, POD within 2 years after diagnosis was associated with poor outcomes and should be further validated as a standard end point of chemoimmunotherapy trials of untreated FL. This high-risk FL population warrants further study in directed prospective clinical trials.
0
Citation673
0
Save
0

Autoimmune disorders and risk of non-Hodgkin lymphoma subtypes: a pooled analysis within the InterLymph Consortium

Karin Smedby et al.Feb 9, 2008
Abstract Some autoimmune disorders are increasingly recognized as risk factors for non-Hodgkin lymphoma (NHL) overall, but large-scale systematic assessments of risk of NHL subtypes are lacking. We performed a pooled analysis of self-reported autoimmune conditions and risk of NHL and subtypes, including 29 423 participants in 12 case-control studies. We computed pooled odds ratios (OR) and 95% confidence intervals (CI) in a joint fixed-effects model. Sjögren syndrome was associated with a 6.5-fold increased risk of NHL, a 1000-fold increased risk of parotid gland marginal zone lymphoma (OR = 996; 95% CI, 216-4596), and with diffuse large B-cell and follicular lymphomas. Systemic lupus erythematosus was associated with a 2.7-fold increased risk of NHL and with diffuse large B-cell and marginal zone lymphomas. Hemolytic anemia was associated with diffuse large B-cell NHL. T-cell NHL risk was increased for patients with celiac disease and psoriasis. Results for rheumatoid arthritis were heterogeneous between studies. Inflammatory bowel disorders, type 1 diabetes, sarcoidosis, pernicious anemia, and multiple sclerosis were not associated with risk of NHL or subtypes. Thus, specific autoimmune disorders are associated with NHL risk beyond the development of rare NHL subtypes in affected organs. The pattern of associations with NHL subtypes may harbor clues to lymphomagenesis.
0
Citation557
0
Save
0

Long-Term Follow-up of Monoclonal Gammopathy of Undetermined Significance

Robert Kyle et al.Jan 17, 2018
Monoclonal gammopathy of undetermined significance (MGUS) occurs in approximately 3% of persons 50 years of age or older.We studied 1384 patients who were residing in southeastern Minnesota and in whom MGUS was diagnosed at the Mayo Clinic in the period from 1960 through 1994; the median follow-up was 34.1 years (range, 0.0 to 43.6). The primary end point was progression to multiple myeloma or another plasma-cell or lymphoid disorder.During 14,130 person-years of follow-up, MGUS progressed in 147 patients (11%), a rate that was 6.5 times (95% confidence interval [CI], 5.5 to 7.7) as high as the rate in the control population. The risk of progression without accounting for death due to competing causes was 10% at 10 years, 18% at 20 years, 28% at 30 years, 36% at 35 years, and 36% at 40 years. Among patients with IgM MGUS, the presence of two adverse risk factors - namely, an abnormal serum free light-chain ratio (ratio of kappa to lambda free light chains) and a high serum monoclonal protein (M protein) level (≥1.5 g per deciliter) - was associated with a risk of progression at 20 years of 55%, as compared with 41% among patients who had one adverse risk factor and 19% among patients who had neither risk factor. Among patients with non-IgM MGUS, the risk of progression at 20 years was 30% among those who had the two risk factors, 20% among those who had one risk factor, and 7% among those who had neither risk factor. Patients with MGUS had shorter survival than was expected in the control population of Minnesota residents of matched age and sex (median, 8.1 vs. 12.4 years; P<0.001).Significant differences were noted in the risk of progression between patients with IgM MGUS and those with non-IgM MGUS. Overall survival was shorter among patients with MGUS than was expected in a matched control population. (Funded by the National Cancer Institute.).
0
Citation456
0
Save
Load More