JF
Jonathan Fletcher
Author with expertise in Diagnosis and Treatment of Gastrointestinal Stromal Tumors
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
10
(80% Open Access)
Cited by:
4,481
h-index:
77
/
i10-index:
195
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Population-Based Study of Age and Sex Differences in Bone Volumetric Density, Size, Geometry, and Structure at Different Skeletal Sites

B. Riggs et al.Dec 1, 2004
+7
R
L
B
Abstract In a population-based, cross-sectional study, we assessed age- and sex-specific changes in bone structure by QCT. Over life, the cross-sectional area of the vertebrae and proximal femur increased by ∼15% in both sexes, whereas vBMD at these sites decreased by 39–55% and 34–46%, respectively, with greater decreases in women than in men. Introduction: The changes in bone structure and density with aging that lead to fragility fractures are still unclear. Materials and Methods: In an age- and sex-stratified population sample of 373 women and 323 men (age, 20–97 years), we assessed bone geometry and volumetric BMD (vBMD) by QCT at the lumbar spine, femoral neck, distal radius, and distal tibia. Results: In young adulthood, men had 35–42% larger bone areas than women (p &lt; 0.001), consistent with their larger body size. Bone area increased equally over life in both sexes by ∼15% (p &lt; 0.001) at central sites and by ∼16% and slightly more in men at peripheral sites. Decreases in trabecular vBMD began before midlife and continued throughout life (p &lt; 0.001), whereas cortical vBMD decreases began in midlife. Average decreases in trabecular vBMD were greater in women (−55%) than in men (−46%, p &lt; 0.001) at central sites, but were similar (−24% and −26%, respectively) at peripheral sites. With aging, cortical area decreased slightly, and the cortex was displaced outwardly by periosteal and endocortical bone remodeling. Cortical vBMD decreased over life more in women (∼25%) than in men (∼18%, p &lt; 0.001), consistent with menopausal-induced increases in bone turnover and bone porosity. Conclusions: Age-related changes in bone are complex. Some are beneficial to bone strength, such as periosteal apposition with outward cortical displacement. Others are deleterious, such as increased subendocortical resorption, increased cortical porosity, and, especially, large decreases in trabecular vBMD that may be the most important cause of increased skeletal fragility in the elderly. Our findings further suggest that the greater age-related decreases in trabecular and cortical vBMD and perhaps also their smaller bone size may explain, in large part, why fragility fractures are more common in elderly women than in elderly men.
0
Citation853
0
Save
0

STI571 inactivation of the gastrointestinal stromal tumor c-KIT oncoprotein: biological and clinical implications

David Tuveson et al.Aug 16, 2001
+5
T
N
D
0
Citation691
0
Save
0

TPM3-ALK and TPM4-ALK Oncogenes in Inflammatory Myofibroblastic Tumors

Brandon Lawrence et al.Aug 1, 2000
+8
M
A
B
Inflammatory myofibroblastic tumors (IMTs) are neoplastic mesenchymal proliferations featuring an inflammatory infiltrate composed primarily of lymphocytes and plasma cells. The myofibroblastic cells in some IMTs contain chromosomal rearrangements involving the ALK receptor tyrosine-kinase locus region (chromosome band 2p23). ALK-which is normally restricted in its expression to neural tissues-is expressed strikingly in the IMT cells with 2p23 rearrangements. We now report a recurrent oncogenic mechanism, in IMTs, in which tropomyosin (TPM) N-terminal coiled-coil domains are fused to the ALK C-terminal kinase domain. We have cloned two ALK fusion genes, TPM4-ALK and TPM3-ALK, which encode approximately 95-kd fusion oncoproteins characterized by constitutive kinase activity and tyrosylphosphorylation. Immunohistochemical and molecular correlations, in other IMTs, implicate non-TPM ALK oncoproteins that are predominantly cytoplasmic or pre- dominantly nuclear, presumably depending on the subcellular localization of the ALK fusion partner. Notably, a TPM3-ALK oncogene was reported recently in anaplastic lymphoma, and TPM3-ALK is thereby the first known fusion oncogene that transforms, in vivo, both mesenchymal and lymphoid human cell lineages.
0
Citation678
0
Save
0

KIT Extracellular and Kinase Domain Mutations in Gastrointestinal Stromal Tumors

Marcia Lux et al.Mar 1, 2000
+7
T
B
M
Gastrointestinal stromal tumors (GISTs) are the most common mesenchymal neoplasms arising in the gastrointestinal tract. GISTs express the KIT receptor tyrosine kinase, and many cases have activating mutations in the KIT juxtamembrane region. We now report an analysis of KIT cDNA and genomic sequences in eight GISTs that lack juxtamembrane region mutations. Six cases contained heterozygous exon 9 mutations in which six nucleotides, encoding Ala-Tyr, were duplicated. The other two cases contained homozygous exon 13 missense mutations, resulting in substitution of Glu for Lys(642), that were associated with constitutive KIT tyrosine phosphorylation. Sequence analysis of DNAs from nonneoplastic companion tissues revealed that both the exon 9 and exon 13 mutations were somatic. These are the first descriptions, in any tumor, of mutations in KIT exons encoding the C-terminal end of the extracellular domain and the first part of the split kinase domain. These findings indicate that KIT may be activated by mutations in at least three domains-extracellular, juxtamembrane, and kinase-in GISTs.
0
Citation646
0
Save
0

Primary Renal Neoplasms with the ASPL-TFE3 Gene Fusion of Alveolar Soft Part Sarcoma

Pedram Argani et al.Jul 1, 2001
+10
P
C
P
Case previously reported as reference 7. ‡ , Cases previously reported within reference 13. § , Probable complex t(X;17), see text for complete karyotype.
0
Citation600
0
Save
0

A Population‐Based Assessment of Rates of Bone Loss at Multiple Skeletal Sites: Evidence for Substantial Trabecular Bone Loss in Young Adult Women and Men

B. Riggs et al.Oct 15, 2007
+6
R
L
B
Abstract Using QCT, we made a longitudinal, population-based assessment of rates of bone loss over life at the distal radius, distal tibia, and lumbar spine. Cortical bone loss began in perimenopause in women and later in life in men. In contrast, trabecular bone loss began in young adulthood in both sexes. Introduction: Although conventional wisdom holds that bone loss begins at menopause in women and later in life in men, this has not been examined longitudinally in population-based studies using precise technology capable of distinguishing cortical and trabecular bone. Materials and Methods: In an age- and sex-stratified population sample (n = 553), we measured volumetric BMD (vBMD) of trabecular and cortical bone by QCT annually for up to 3 yr at the distal radius (DR) and distal tibia (DT) (n = 552) and trabecular vBMD at baseline and 3 yr at the lumbar spine (LS) (n = 474). Results: Substantial cortical bone loss began in middle life in women but began mainly after age 75 in men. In contrast, substantial trabecular bone loss began in young adult women and men at all three skeletal sites and continued throughout life with acceleration during perimenopause in women. Women experienced 37% and men experienced 42% of their total lifetime trabecular bone loss before age 50 compared with 6% and 15%, respectively, for cortical bone. Median rates of change in trabecular bone (%/yr) were −0.40, −0.24, and −1.61 in young adult women and −0.38, −0.40, and −0.84 in young adult men at the DR, DT, and LS, respectively (all p &lt; 0.001). The early trabecular bone loss did not consistently correlate with putative causal factors, except for a trend with IGF-related variables at DT in women. However, in postmenopausal women and, to a lesser extent, in older men, higher rates of cortical and trabecular bone loss were associated with lower levels of biologically-active sex steroids and with higher levels of follicle-stimulating hormone and bone turnover markers. Conclusions: The late onset of cortical bone loss is temporally associated with sex steroid deficiency. However, the early-onset, substantial trabecular bone loss in both sexes during sex steroid sufficiency is unexplained and indicates that current paradigms on the pathogenesis of osteoporosis are incomplete.
0

Prognostic Value ofKITMutation Type, Mitotic Activity, and Histologic Subtype in Gastrointestinal Stromal Tumors

Samuel Singer et al.Sep 12, 2002
+4
M
B
S
Previous studies have reported clinical correlates for KIT mutations in GISTs, but in most of those studies the KIT mutations were found in less than 50% of the GISTs. The aim of this study was to evaluate the prognostic relevance for KIT mutations in a series of GISTs in which the mutations were evaluated intensively by genomic and cDNA sequencing.A comprehensive clinical and pathologic analysis of 48 patients with GISTs who had snap-frozen tissue was performed. The median tumor size was 10 cm (range, 2 to 30 cm). Median follow-up for disease-free patients was 48 months. KIT genomic and cDNA was sequenced by using nucleic acid templates isolated from frozen tumors.The overall 5-year recurrence-free survival was 41% +/- 6%. Five-year recurrence-free survival for patients with tumors that had mitotic counts of three mitoses or fewer per 30 high-power fields (HPF), more than three to 
0
Citation422
0
Save
4

TP53mutations, tetraploidy and homologous recombination repair defects in early stage high-grade serous ovarian cancer

Jeremy Chien et al.Apr 27, 2015
+27
J
H
J
To determine early somatic changes in high-grade serous ovarian cancer (HGSOC), we performed whole genome sequencing on a rare collection of 16 low stage HGSOCs. The majority showed extensive structural alterations (one had an ultramutated profile), exhibited high levels of p53 immunoreactivity, and harboured a TP53 mutation, deletion or inactivation. BRCA1 and BRCA2 mutations were observed in two tumors, with nine showing evidence of a homologous recombination (HR) defect. Combined Analysis with The Cancer Genome Atlas (TCGA) indicated that low and late stage HGSOCs have similar mutation and copy number profiles. We also found evidence that deleterious TP53 mutations are the earliest events, followed by deletions or loss of heterozygosity (LOH) of chromosomes carrying TP53, BRCA1 or BRCA2. Inactivation of HR appears to be an early event, as 62.5% of tumours showed a LOH pattern suggestive of HR defects. Three tumours with the highest ploidy had little genome-wide LOH, yet one of these had a homozygous somatic frame-shift BRCA2 mutation, suggesting that some carcinomas begin as tetraploid then descend into diploidy accompanied by genome-wide LOH. Lastly, we found evidence that structural variants (SV) cluster in HGSOC, but are absent in one ultramutated tumor, providing insights into the pathogenesis of low stage HGSOC.
4
Citation46
0
Save
1

RVboost: RNA-seq variants prioritization using a boosting method

Chen Wang et al.Aug 27, 2014
+9
S
J
C
Abstract Motivation: RNA-seq has become the method of choice to quantify genes and exons, discover novel transcripts and detect fusion genes. However, reliable variant identification from RNA-seq data remains challenging because of the complexities of the transcriptome, the challenges of accurately mapping exon boundary spanning reads and the bias introduced during the sequencing library preparation. Method: We developed RVboost, a novel method specific for RNA variant prioritization. RVboost uses several attributes unique in the process of RNA library preparation, sequencing and RNA-seq data analyses. It uses a boosting method to train a model of ‘good quality’ variants using common variants from HapMap, and prioritizes and calls the RNA variants based on the trained model. We packaged RVboost in a comprehensive workflow, which integrates tools of variant calling, annotation and filtering. Results: RVboost consistently outperforms the variant quality score recalibration from the Genome Analysis Tool Kit and the RNA-seq variant-calling pipeline SNPiR in 12 RNA-seq samples using ground-truth variants from paired exome sequencing data. Several RNA-seq–specific attributes were identified as critical to differentiate true and false variants, including the distance of the variant positions to exon boundaries, and the percent of the reads supporting the variant in the first six base pairs. The latter identifies false variants introduced by the random hexamer priming during the library construction. Availability and implementation: The RVboost package is implemented to readily run in Mac or Linux environments. The software and user manual are available at http://bioinformaticstools.mayo.edu/research/rvboost/. Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
1
Citation40
0
Save
0

Immunopipe: A comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline

Panwen Wang et al.May 17, 2024
+11
H
Y
P
Abstract Single-cell sequencing technologies provide us with information at the level of individual cells. The combination of single-cell RNA-seq and single-cell TCR-seq profiling enables the exploration of cell heterogeneity and T-cell receptor repertoires simultaneously. The integration of both types of data can play a crucial role in enhancing our understanding of T-cell-mediated immunity and, in turn, facilitate the advancement of immunotherapy. Here, we present immunopipe, a comprehensive and flexible pipeline to perform integrated analysis of scRNA-seq and scTCR-seq data. In addition to the command line tool, we provide a user-friendly web interface for pipeline configuration and execution monitoring, benefiting researchers without extensive programming experience. With its comprehensive functionality and ease of use, immunopipe empowers researchers to uncover valuable insights from scRNA-seq and scTCR-seq data, ultimately advancing the understanding of immune responses and immunotherapy development.