Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
JL
Jianyong Liu
Author with expertise in Brown Adipose Tissue Function and Physiology
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(67% Open Access)
Cited by:
4
h-index:
15
/
i10-index:
27
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Recent selection and introgression facilitated high-altitude adaptation in cattle

Yang Lyu et al.May 1, 2024
During the past 3000 years, cattle on the Qinghai-Xizang Plateau have developed adaptive phenotypes under the selective pressure of hypoxia, ultraviolet (UV) radiation, and extreme cold. The genetic mechanism underlying this rapid adaptation is not yet well understood. Here, we present whole-genome resequencing data for 258 cattle from 32 cattle breeds/populations, including 89 Tibetan cattle representing eight populations distributed at altitudes ranging from 3400 m to 4300 m. Our genomic analysis revealed that Tibetan cattle exhibited a continuous phylogeographic cline from the East Asian taurine to the South Asian indicine ancestries. We found that recently selected genes in Tibetan cattle were related to body size (HMGA2 and NCAPG) and energy expenditure (DUOXA2). We identified signals of sympatric introgression from yak into Tibetan cattle at different altitudes, covering 0.64%–3.26% of their genomes, which included introgressed genes responsible for hypoxia response (EGLN1), cold adaptation (LRP11), DNA damage repair (LATS1), and UV radiation resistance (GNPAT). We observed that introgressed yak alleles were associated with noncoding variants, including those in present EGLN1. In Tibetan cattle, three yak introgressed SNPs in the EGLN1 promoter region reduced the expression of EGLN1, suggesting that these genomic variants enhance hypoxia tolerance. Taken together, our results indicated complex adaptation processes in Tibetan cattle, where recently selected genes and introgressed yak alleles jointly facilitated rapid adaptation to high-altitude environments.
0
Citation4
0
Save
0

Geographic Distribution of a Missense Mutation in theKRT38Gene and Its Association with Heat Tolerance in Chinese Indigenous Cattle Breeds

Jialei Chen et al.Oct 27, 2023
ABSTRACT Context China has a vast area across many temperature zones and a variety of cattle breeds. These cattle resources are ideal models to research their adaptability to the environment. The KRT38 gene is an acidic protein, and its coding product can be used as a component of hair production. Aims The objective of this study was to investigate the diversity of the KRT38 gene in Chinese local cattle and the association of different genotypes with mean temperature (T), relative humidity (RH) and temperature humidity index (THI). Methods A missense mutation g.41650738 A > G in the KRT38 gene was screened from the database of bovine genomic variation (BGVD), was genotyped in a total of 246 samples from 15 local cattle breeds in China by PCR amplification and sequencing. Finally, the correlation between the locus and the three climatic factors was analysed. Key results We successfully obtained the frequency of this SNP in three groups of cattle in northern, central and southern China. The frequency of allele A gradually declined from north to south, while the frequency of allele G showed the opposite trend with a clear geographic distribution. Conclusions Our results indicate that KRT38 variation in Chinese indigenous cattle might be linked to heat tolerance. Implications Our analysis may support in finding out its importance as a genetic signal for heat tolerance in cattle reproduction and genetics.
0

Triptolide sensitizes cancer cells to nucleoside DNA methyltransferase inhibitors through inhibition of DCTPP1-mediated cell-intrinsic resistance

Jianyong Liu et al.May 21, 2024
SUMMARY While nucleoside DNA methyltransferase inhibitors (DNMTi) such as decitabine and azacitidine are effective in treating myelodysplatic syndrome (MDS)/leukemia, they have had limited utility for the majority of other cancers. Through a chemical library screen, we identified that triptolide, a diterpenoid epoxide from Tripterygium wilfordii , or analogs significantly augmented the epigenetic and anti-cancer effects of decitabine in vitro and in vivo . These effects were attributable to inhibition of DCTPP1-mediated cleavage of 5-aza-deoxycytidine triphosphate, the convergent activated metabolite of nucleoside DNMTi, leading to enhanced drug incorporation into genomic DNA, increased DNMT degradation, enhanced global DNA demethylation and associated transcriptional reprogramming. We show that high DCTPP1 expression was associated with cell-intrinsic resistance to nucleoside DNMTi, and that triptolide and its analogs could overcome this resistance. SIGNIFICANCE We screened a library of existing drugs to identify those capable of enhancing the anti-cancer effects of the nucleoside DNMTi decitabine. The combination of triptolide and decitabine synergistically inhibited cancer cell growth and survival in vitro , and was highly effective in inhibiting xenograft growth in vivo . Biochemical, genetic and structural biology studies with triptolide and its analogs revealed that this synergy was due to their inhibition of DCTPP1-mediated pyrophosphate cleavage from 5-aza-deoxycytidine triphosphate, the active metabolite of DNMTi. The genomic incorporation and efficacy of decitabine in cancer cell lines were significantly correlated with DCTPP1 expression more so than those of other nucleoside metabolizing genes. Triptolide and its analogs comprise rational adjuncts to nucleoside DNMTi ripe for further pre-clinical/clinical translation. HIGHLIGHTS Triptolide synergistically sensitizes cancer cells to DNMTi in vitro . Triptolide and decitabine combination shows favorable efficacy and safety in vivo . Synergy of triptolide and decitabine is mediated through inhibition of DCTPP1. High DCTPP1 expression confers cell intrinsic resistance to DNMTi.