The trend of reverse globalisation prompts manufacturing enterprises to adopt distributed structures with multiple factories for improving production efficiency, meeting customer requirements, and responding disturbance events. This study focuses on scheduling a distributed flexible job shop with random job processing time to achieve minimal makespan and minimal total tardiness. First, a stochastic programming model is established to formulate the concerned problems. Second, in accordance with the natures of two objectives and randomness, an evolutionary algorithm incorporating an evaluation method is designed. In it, population-based and external archive-based search processes are developed for searching candidate solutions, and the evaluation method integrates stochastic simulation and discrete event simulation to calculate objective values of acquired solutions. Finally, a mathematical optimisation solver, CPLEX, is employed to validate the developed model and optimisation approach. A set of cases is solved to verify the performance of the proposed method. The comparisons and discussions show the superiority of the proposed method for handling the problems under study.