A high-quality reference for the sunflower genome (Helianthus annuus L.) and analysis of gene networks involved in flowering time and oil metabolism provide a basis for nutritional exploitation and analyses of adaptation to climate change. Nicolas Langlade and colleagues report the genome sequence of the domesticated sunflower, Helianthus annuus L., a global oil crop that can maintain stable yields across a wide range of environmental conditions. Their comparative analyses provide insights into the evolutionary history of Asterids. They also analysed transcriptomic data from vegetative and floral organs, re-sequenced 80 domesticated lines and performed genome-wide association studies identifying 35 loci associated with flowering time. These resources will be useful in breeding programs as well as ecological and evolutionary studies. The domesticated sunflower, Helianthus annuus L., is a global oil crop that has promise for climate change adaptation, because it can maintain stable yields across a wide variety of environmental conditions, including drought1. Even greater resilience is achievable through the mining of resistance alleles from compatible wild sunflower relatives2,3, including numerous extremophile species4. Here we report a high-quality reference for the sunflower genome (3.6 gigabases), together with extensive transcriptomic data from vegetative and floral organs. The genome mostly consists of highly similar, related sequences5 and required single-molecule real-time sequencing technologies for successful assembly. Genome analyses enabled the reconstruction of the evolutionary history of the Asterids, further establishing the existence of a whole-genome triplication at the base of the Asterids II clade6 and a sunflower-specific whole-genome duplication around 29 million years ago7. An integrative approach combining quantitative genetics, expression and diversity data permitted development of comprehensive gene networks for two major breeding traits, flowering time and oil metabolism, and revealed new candidate genes in these networks. We found that the genomic architecture of flowering time has been shaped by the most recent whole-genome duplication, which suggests that ancient paralogues can remain in the same regulatory networks for dozens of millions of years. This genome represents a cornerstone for future research programs aiming to exploit genetic diversity to improve biotic and abiotic stress resistance and oil production, while also considering agricultural constraints and human nutritional needs8,9.

BackgroundA multidrug-resistant co-lineage of Plasmodium falciparum malaria, named KEL1/PLA1, spread across Cambodia in 2008–13, causing high rates of treatment failure with the frontline combination therapy dihydroartemisinin-piperaquine. Here, we report on the evolution and spread of KEL1/PLA1 in subsequent years.MethodsFor this genomic epidemiology study, we analysed whole genome sequencing data from P falciparum clinical samples collected from patients with malaria between 2007 and 2018 from Cambodia, Laos, northeastern Thailand, and Vietnam, through the MalariaGEN P falciparum Community Project. Previously unpublished samples were provided by two large-scale multisite projects: the Tracking Artemisinin Resistance Collaboration II (TRAC2) and the Genetic Reconnaissance in the Greater Mekong Subregion (GenRe-Mekong) project. By investigating genome-wide relatedness between parasites, we inferred patterns of shared ancestry in the KEL1/PLA1 population.FindingsWe analysed 1673 whole genome sequences that passed quality filters, and determined KEL1/PLA1 status in 1615. Before 2009, KEL1/PLA1 was only found in western Cambodia; by 2016–17 its prevalence had risen to higher than 50% in all of the surveyed countries except for Laos. In northeastern Thailand and Vietnam, KEL1/PLA1 exceeded 80% of the most recent P falciparum parasites. KEL1/PLA1 parasites maintained high genetic relatedness and low diversity, reflecting a recent common origin. Several subgroups of highly related parasites have recently emerged within this co-lineage, with diverse geographical distributions. The three largest of these subgroups (n=84, n=79, and n=47) mostly emerged since 2016 and were all present in Cambodia, Laos, and Vietnam. These expanding subgroups carried new mutations in the crt gene, which arose on a specific genetic background comprising multiple genomic regions. Four newly emerging crt mutations were rare in the early period and became more prevalent by 2016–17 (Thr93Ser, rising to 19·8%; His97Tyr to 11·2%; Phe145Ile to 5·5%; and Ile218Phe to 11·1%).InterpretationAfter emerging and circulating for several years within Cambodia, the P falciparum KEL1/PLA1 co-lineage diversified into multiple subgroups and acquired new genetic features, including novel crt mutations. These subgroups have rapidly spread into neighbouring countries, suggesting enhanced fitness. These findings highlight the urgent need for elimination of this increasingly drug-resistant parasite co-lineage, and the importance of genetic surveillance in accelerating malaria elimination efforts.FundingWellcome Trust, Bill & Melinda Gates Foundation, UK Medical Research Council, and UK Department for International Development.

Rice (Oryza sativa L.) is an important staple crop that feeds more than one half of the world’s population and is the model system for monocotyledonous plants. However, rice is very sensitive to salinity and is the most salt sensitive cereal crop with a threshold of 3 dSm−1 for most cultivated varieties. Despite many attempts using different strategies to improve salinity tolerance in rice, the achievements so far are quite modest. This review aims to discuss challenges that hinder the improvement of salinity stress tolerance in rice as well as potential opportunities for enhancing salinity stress tolerance in this important crop.

The circular economy (CE), a sustainability concept that promotes resource efficiency and waste reduction, has garnered significant popularity in recent years due to its potential to address pressing environmental and economic challenges. This study applies the Bayesian Mindsponge Mindspongeconomics (BMM) framework/analytic method, based on the Bayesian Mindsponge Framework (BMF), to the factors influencing young adults’ pro-environmental behavior and their purchases of green products at different price levels. The findings indicate that young adults who are knowledgeable about the CE and who value environmental protection and energy conservation are more likely to engage in waste sorting, while the factors that affect their willingness to pay (WTP) more for green and energy-saving products vary at different price tiers. This study demonstrates that knowledge of the CE, daily waste sorting habits, and environmental concern positively impact young adults’ WTP for products that are priced 5%, 10%, and 15% higher, respectively. Furthermore, this study also highlights the potential of educational programs and cultural influences in nurturing a generation that prioritizes environmental value. This research integrates multidisciplinary perspectives and offers practical implications for policymakers, educators, and businesses seeking to promote green literacy and foster an environmental culture among the youth, contributing to the broader goals of green transformation and sustainable development associated with the CE and the green economy, especially in the urban areas of emerging countries and beyond.

Abstract Host genetic factors can confer resistance against malaria, raising the question of whether this has led to evolutionary adaptation of parasite populations. In this study we investigated the correlation between host and parasite genetic variation in 4,171 Gambian and Kenya children ascertained with severe malaria due to Plasmodium falciparum . We identified a strong association between sickle haemoglobin (HbS) in the host and variation in three regions of the parasite genome, including nonsynonymous variants in the acyl-CoA synthetase family member PfACS8 on chromosome 2, in a second region of chromosome 2, and in a region containing structural variation on chromosome 11. The HbS-associated parasite alleles are in strong linkage disequilibrium and have frequencies which covary with the frequency of HbS across populations, in particular being much more common in Africa than other parts of the world. The estimated protective effect of HbS against severe malaria, as determined by comparison of cases with population controls, varies greatly according to the parasite genotype at these three loci. These findings open up a new avenue of enquiry into the biological and epidemiological significance of the HbS-associated polymorphisms in the parasite genome, and the evolutionary forces that have led to their high frequency and strong linkage disequilibrium in African P. falciparum populations.

Human herpesvirus-6A and -6B (HHV-6) are betaherpesviruses that reach >90% seroprevalence in the adult population. Unique among human herpesviruses, HHV-6 can integrate into the subtelomeric regions of human chromosomes; when this occurs in germ line cells it causes a condition called inherited chromosomally integrated HHV-6 (iciHHV-6). To date, only two complete genomes are available for HHV-6B. Using a custom capture panel for HHV-6B, we report near-complete genomes from 61 isolates of HHV-6B from active infections (20 from Japan, 35 from New York state, and 6 from Uganda), and 64 strains of iciHHV-6B (mostly from North America). We also report partial genome sequences from 10 strains of iciHHV-6A. Although the overall sequence diversity of HHV-6 is limited relative to other human herpesviruses, our sequencing identified geographical clustering of HHV-6B sequences from active infections, as well as evidence of recombination among HHV-6B strains. One strain of active HHV-6B was more divergent than any other HHV-6B previously sequenced. In contrast to the active infections, sequences from iciHHV-6 cases showed reduced sequence diversity. Strikingly, multiple iciHHV-6B sequences from unrelated individuals were found to be completely identical, consistent with a founder effect. However, several iciHHV-6B strains intermingled with strains from active pediatric infection, consistent with the hypothesis that intermittent de novo integration into host germline cells can occur during active infection. Comparative genomic analysis of the newly sequenced strains revealed numerous instances where conflicting annotations between the two existing reference genomes could be resolved. Combining these findings with transcriptome sequencing and shotgun proteomics, we reannotated the HHV-6B genome and found multiple instances of novel splicing and genes that hitherto had gone unannotated. The results presented here constitute a significant genomic resource for future studies on the detection, diversity, and control of HHV-6.

Inappropriate fertilizer application for rice crop resulted in the yield and soil fertility issues, then biochar and bioorganic utilization considered as the best solution for this situation. This study aimed to assess the combination of biochar and BOFs on growth and yield of lowland rice. The experiments were conducted at the field in Thua Thien Hue province, Central Vietnam in two crop seasons from 2023-2024. The completely randomized block experimental design involved three replications with five treatment combinations i.e., 100% NPK (control); 80% NPK + 5 t/ha BOF + 2 t/ha biochar; 80% CMOF + 5 t/ha BF + 2 t/ha biochar + 400 kg/ha lime; 70% CMOF + 5 t/ha BOF + 3 t/ha biochar + 400 kg/ha lime; 60% CMOF + 10 t/ha BOF + 3 t/ha biochar + 400 kg/ha lime. The effect of these treatments was analyzed using analysis of variance (ANOVA) and least significant difference (LSD) with a 95% confidence level (α=0.05). We found that the optimal combination is 80% NPK + 5 t/ha BOF + 2 t/ha biochar on rice plant height (98.67 cm), dry matter (12.43 g/plant) and economic yields (6.95 t/ha). The combination is capable of increasing the rice productivity according to rice performance and yield.

Background: A multidrug resistant co-lineage of Plasmodium falciparum malaria, named KEL1/PLA1, spread across Cambodia c.2008-2013, causing high treatment failure rates to the frontline combination therapy dihydroartemisinin-piperaquine. Here, we report on the evolution and spread of KEL1/PLA1 in subsequent years. Methods: We analysed whole genome sequencing data from 1,673 P. falciparum clinical samples collected in 2008-2018 from northeast Thailand, Laos, Cambodia and Vietnam. By investigating genome-wide relatedness between parasites, we inferred patterns of shared ancestry in the KEL1/PLA1 population. Findings: KEL1/PLA1 spread rapidly from 2015 into all of the surveyed countries and now exceeds 80% of the P. falciparum population in several regions. The co-lineage parasites maintained a high level of genetic relatedness reflecting their common origin. However, several genetic subgroups have recently emerged within this lineage with diverse geographical distributions. Some of these emerging KEL1/PLA1 subgroups carry recent mutations in the chloroquine resistance transporter (crt) gene, which arise on a specific genetic background comprising multiple genomic regions. Interpretation: After emerging and circulating for several years within Cambodia, the P. falciparum KEL1/PLA1 co-lineage diversified into multiple subgroups and acquired new genetic features including novel crt mutations. These subgroups have rapidly spread into neighbouring countries, suggesting enhanced fitness. These findings highlight the urgent need for elimination of this increasingly drug-resistant parasite co-lineage, and the importance of genetic surveillance in accelerating elimination efforts. Funding: Wellcome Trust, Bill & Melinda Gates Foundation, UK Medical Research Council, UK Department for International Development.

Đặt vấn đề: S.aureus kháng methicillin (MRSA: Methicillin-resistant S. aureus) đã được ghi nhận là loại vi khuẩn kháng nhiều loại kháng sinh phổ biến gây lo ngại trong môi trường bệnh viện. Ngoài kháng methicillin, S.aureus còn kháng với nhiều thuốc khác, do đó chỉ trong một thời gian ngắn nó được xem như là “siêu vi khuẩn”. Hiện nay chưa có nghiên cứu về tình hình nhiễm trùng do MRSA và tình trạng kháng kháng sinh của Staphylococcus aureus tại Khánh Hòa và Thừa Thiên Huế. Mục tiêu nghiên cứu: Khảo sát tỉ lệ kháng kháng sinh của các chủng S. aureus tại tại Khánh Hòa và Thừa Thiên Huế trong giai đoạn 2022-2023. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả cắt ngang được thực hiện trên các chủng vi khuẩn S. aureus được phân lập tại khoa vi sinh của Bệnh viện Trường Đại học Y-Dược Huế và Bệnh viện Đa khoa tỉnh Khánh Hòa từ tháng 4 năm 2022 đến tháng 7 năm 2023, bằng phương pháp nuôi cấy thường quy. Kết quả: Các mẫu bệnh phẩm từ mủ chiếm tỷ lệ cao nhất (70% ở Khánh Hòa và 89,9% ở Thừa Thiên Huế), tiếp theo là mẫu đàm chiếm 13%, các mẫu còn lại dưới 10%. Với 7 loại kháng sinh sử dụng phổ biến ở Khánh Hoà, tỷ lệ kháng kháng sinh của S. aureus tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Khánh Hòa và Bệnh viện Trường Đại học Y-Dược Huế cơ bản tương đương nhau. Riêng đối với Doxycyclin, tỷ lệ kháng ở Huế thấp hơn, trong khi với Bactrim, tỷ lệ kháng ở Huế cao hơn, sự khác biệt này có ý nghĩa thống kê (p<0,05). Kết luận: Tỷ lệ kháng kháng sinh của S. aureus và MRSA khác biệt rõ rệt giữa các bệnh viện và địa phương, phụ thuộc vào mức độ sử dụng kháng sinh và tình trạng bệnh nhân.

Rong lục Ulva lactuca thu nhận tại Ninh Thuận, Việt Nam qua xử lý nhiệt 150oC trong 10 phút và thủy phân bằng enzyme Celluclast® 1.5l Novozyme ở 50oC trong 36 giờ đã giải phóng được lượng đường khử là 19,76 ± 0,27% khối lượng khô của bột rong. Với cơ chất ban đầu là dịch rong thủy phân, môi trường sản xuất sinh khối nấm men được nghiên cứu bổ sung 9% (w/V) rỉ đường 70oBrix, điều chỉnh về pH 6. Cấy 10% (v/w) giống nấm men Saccharomyces cerevisiae mật độ 1,2x106cfu/ml vào môi trường và lên men ở nhiệt độ phòng trong 72h, tốc độ khuấy 120 vòng/ phút cho tốc độ sinh trưởng nấm men lớn nhất, lượng sinh khối nấm men ướt thu được cao nhất là 16,61±0,95 g/L. Thử nghiệm nuôi hàu trưởng thành 4 ngày bằng sinh khối nấm men trong rong Ulva lectuca thủy phân lên men cho tỷ lệ sống 93,43±1,46% và có tỷ lệ khối lượng thịt cao nhất, 26,45±0,42%. Như vậy, nấm men Saccharomyces cerevisiae trong rong lục Ulva lactuca lên men thực sự là nguồn thức ăn tiềm năng cho đối tượng hàu trưởng thành.