Coronavirus disease 2019 (COVID-19) has rapidly affected mortality worldwide1. There is unprecedented urgency to understand who is most at risk of severe outcomes, and this requires new approaches for the timely analysis of large datasets. Working on behalf of NHS England, we created OpenSAFELY—a secure health analytics platform that covers 40% of all patients in England and holds patient data within the existing data centre of a major vendor of primary care electronic health records. Here we used OpenSAFELY to examine factors associated with COVID-19-related death. Primary care records of 17,278,392 adults were pseudonymously linked to 10,926 COVID-19-related deaths. COVID-19-related death was associated with: being male (hazard ratio (HR) 1.59 (95% confidence interval 1.53–1.65)); greater age and deprivation (both with a strong gradient); diabetes; severe asthma; and various other medical conditions. Compared with people of white ethnicity, Black and South Asian people were at higher risk, even after adjustment for other factors (HR 1.48 (1.29–1.69) and 1.45 (1.32–1.58), respectively). We have quantified a range of clinical factors associated with COVID-19-related death in one of the largest cohort studies on this topic so far. More patient records are rapidly being added to OpenSAFELY, we will update and extend our results regularly. OpenSAFELY, a new health analytics platform that includes data from over 17 million adult NHS patients in England, is used to examine factors associated with COVID-19-related death.

BackgroundWhether HIV infection is associated with risk of death due to COVID-19 is unclear. We aimed to investigate this association in a large-scale population-based study in England.MethodsWe did a retrospective cohort study. Working on behalf of NHS England, we used the OpenSAFELY platform to analyse routinely collected electronic primary care data linked to national death registrations. We included all adults (aged ≥18 years) alive and in follow-up on Feb 1, 2020, and with at least 1 year of continuous registration with a general practitioner before this date. People with a primary care record for HIV infection were compared with people without HIV. The outcome was COVID-19 death, defined as the presence of International Classification of Diseases 10 codes U07.1 or U07.2 anywhere on the death certificate. Cox regression models were used to estimate the association between HIV infection and COVID-19 death; they were initially adjusted for age and sex, then we added adjustment for index of multiple deprivation and ethnicity, and then for a broad range of comorbidities. Interaction terms were added to assess effect modification by age, sex, ethnicity, comorbidities, and calendar time.Results17 282 905 adults were included, of whom 27 480 (0·16%) had HIV recorded. People living with HIV were more likely to be male, of Black ethnicity, and from a more deprived geographical area than the general population. 14 882 COVID-19 deaths occurred during the study period, with 25 among people with HIV. People living with HIV had higher risk of COVID-19 death than those without HIV after adjusting for age and sex: hazard ratio (HR) 2·90 (95% CI 1·96–4·30; p<0·0001). The association was attenuated, but risk remained high, after adjustment for deprivation, ethnicity, smoking and obesity: adjusted HR 2·59 (95% CI 1·74–3·84; p<0·0001). There was some evidence that the association was larger among people of Black ethnicity: HR 4·31 (95% CI 2·42–7·65) versus 1·84 (1·03–3·26) in non-Black individuals (p-interaction=0·044).InterpretationPeople with HIV in the UK seem to be at increased risk of COVID-19 mortality. Targeted policies should be considered to address this raised risk as the pandemic response evolves.FundingWellcome, Royal Society, National Institute for Health Research, National Institute for Health Research Oxford Biomedical Research Centre, UK Medical Research Council, Health Data Research UK.

BackgroundCOVID-19 has disproportionately affected minority ethnic populations in the UK. Our aim was to quantify ethnic differences in SARS-CoV-2 infection and COVID-19 outcomes during the first and second waves of the COVID-19 pandemic in England.MethodsWe conducted an observational cohort study of adults (aged ≥18 years) registered with primary care practices in England for whom electronic health records were available through the OpenSAFELY platform, and who had at least 1 year of continuous registration at the start of each study period (Feb 1 to Aug 3, 2020 [wave 1], and Sept 1 to Dec 31, 2020 [wave 2]). Individual-level primary care data were linked to data from other sources on the outcomes of interest: SARS-CoV-2 testing and positive test results and COVID-19-related hospital admissions, intensive care unit (ICU) admissions, and death. The exposure was self-reported ethnicity as captured on the primary care record, grouped into five high-level census categories (White, South Asian, Black, other, and mixed) and 16 subcategories across these five categories, as well as an unknown ethnicity category. We used multivariable Cox regression to examine ethnic differences in the outcomes of interest. Models were adjusted for age, sex, deprivation, clinical factors and comorbidities, and household size, with stratification by geographical region.FindingsOf 17 288 532 adults included in the study (excluding care home residents), 10 877 978 (62·9%) were White, 1 025 319 (5·9%) were South Asian, 340 912 (2·0%) were Black, 170 484 (1·0%) were of mixed ethnicity, 320 788 (1·9%) were of other ethnicity, and 4 553 051 (26·3%) were of unknown ethnicity. In wave 1, the likelihood of being tested for SARS-CoV-2 infection was slightly higher in the South Asian group (adjusted hazard ratio 1·08 [95% CI 1·07–1·09]), Black group (1·08 [1·06–1·09]), and mixed ethnicity group (1·04 [1·02–1·05]) and was decreased in the other ethnicity group (0·77 [0·76–0·78]) relative to the White group. The risk of testing positive for SARS-CoV-2 infection was higher in the South Asian group (1·99 [1·94–2·04]), Black group (1·69 [1·62–1·77]), mixed ethnicity group (1·49 [1·39–1·59]), and other ethnicity group (1·20 [1·14–1·28]). Compared with the White group, the four remaining high-level ethnic groups had an increased risk of COVID-19-related hospitalisation (South Asian group 1·48 [1·41–1·55], Black group 1·78 [1·67–1·90], mixed ethnicity group 1·63 [1·45–1·83], other ethnicity group 1·54 [1·41–1·69]), COVID-19-related ICU admission (2·18 [1·92–2·48], 3·12 [2·65–3·67], 2·96 [2·26–3·87], 3·18 [2·58–3·93]), and death (1·26 [1·15–1·37], 1·51 [1·31–1·71], 1·41 [1·11–1·81], 1·22 [1·00–1·48]). In wave 2, the risks of hospitalisation, ICU admission, and death relative to the White group were increased in the South Asian group but attenuated for the Black group compared with these risks in wave 1. Disaggregation into 16 ethnicity groups showed important heterogeneity within the five broader categories.InterpretationSome minority ethnic populations in England have excess risks of testing positive for SARS-CoV-2 and of adverse COVID-19 outcomes compared with the White population, even after accounting for differences in sociodemographic, clinical, and household characteristics. Causes are likely to be multifactorial, and delineating the exact mechanisms is crucial. Tackling ethnic inequalities will require action across many fronts, including reducing structural inequalities, addressing barriers to equitable care, and improving uptake of testing and vaccination.FundingMedical Research Council.

Abstract The frequency of, and risk factors for, long COVID are unclear among community-based individuals with a history of COVID-19. To elucidate the burden and possible causes of long COVID in the community, we coordinated analyses of survey data from 6907 individuals with self-reported COVID-19 from 10 UK longitudinal study (LS) samples and 1.1 million individuals with COVID-19 diagnostic codes in electronic healthcare records (EHR) collected by spring 2021. Proportions of presumed COVID-19 cases in LS reporting any symptoms for 12+ weeks ranged from 7.8% and 17% (with 1.2 to 4.8% reporting debilitating symptoms). Increasing age, female sex, white ethnicity, poor pre-pandemic general and mental health, overweight/obesity, and asthma were associated with prolonged symptoms in both LS and EHR data, but findings for other factors, such as cardio-metabolic parameters, were inconclusive.

Background There is growing concern that racial and ethnic minority communities around the world are experiencing a disproportionate burden of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection and coronavirus disease 2019 (COVID-19). We investigated racial and ethnic disparities in patterns of COVID-19 testing (i.e., who received testing and who tested positive) and subsequent mortality in the largest integrated healthcare system in the United States. Methods and findings This retrospective cohort study included 5,834,543 individuals receiving care in the US Department of Veterans Affairs; most (91%) were men, 74% were non-Hispanic White (White), 19% were non-Hispanic Black (Black), and 7% were Hispanic. We evaluated associations between race/ethnicity and receipt of COVID-19 testing, a positive test result, and 30-day mortality, with multivariable adjustment for a wide range of demographic and clinical characteristics including comorbid conditions, health behaviors, medication history, site of care, and urban versus rural residence. Between February 8 and July 22, 2020, 254,595 individuals were tested for COVID-19, of whom 16,317 tested positive and 1,057 died. Black individuals were more likely to be tested (rate per 1,000 individuals: 60.0, 95% CI 59.6–60.5) than Hispanic (52.7, 95% CI 52.1–53.4) and White individuals (38.6, 95% CI 38.4–38.7). While individuals from minority backgrounds were more likely to test positive (Black versus White: odds ratio [OR] 1.93, 95% CI 1.85–2.01, p < 0.001; Hispanic versus White: OR 1.84, 95% CI 1.74–1.94, p < 0.001), 30-day mortality did not differ by race/ethnicity (Black versus White: OR 0.97, 95% CI 0.80–1.17, p = 0.74; Hispanic versus White: OR 0.99, 95% CI 0.73–1.34, p = 0.94). The disparity between Black and White individuals in testing positive for COVID-19 was stronger in the Midwest (OR 2.66, 95% CI 2.41–2.95, p < 0.001) than the West (OR 1.24, 95% CI 1.11–1.39, p < 0.001). The disparity in testing positive for COVID-19 between Hispanic and White individuals was consistent across region, calendar time, and outbreak pattern. Study limitations include underrepresentation of women and a lack of detailed information on social determinants of health. Conclusions In this nationwide study, we found that Black and Hispanic individuals are experiencing an excess burden of SARS-CoV-2 infection not entirely explained by underlying medical conditions or where they live or receive care. There is an urgent need to proactively tailor strategies to contain and prevent further outbreaks in racial and ethnic minority communities.

BackgroundEarly descriptions of patients admitted to hospital during the COVID-19 pandemic showed a lower prevalence of asthma and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) than would be expected for an acute respiratory disease like COVID-19, leading to speculation that inhaled corticosteroids (ICSs) might protect against infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 or the development of serious sequelae. We assessed the association between ICS and COVID-19-related death among people with COPD or asthma using linked electronic health records (EHRs) in England, UK.MethodsIn this observational study, we analysed patient-level data for people with COPD or asthma from primary care EHRs linked with death data from the Office of National Statistics using the OpenSAFELY platform. The index date (start of follow-up) for both cohorts was March 1, 2020; follow-up lasted until May 6, 2020. For the COPD cohort, individuals were eligible if they were aged 35 years or older, had COPD, were a current or former smoker, and were prescribed an ICS or long-acting β agonist plus long-acting muscarinic antagonist (LABA–LAMA) as combination therapy within the 4 months before the index date. For the asthma cohort, individuals were eligible if they were aged 18 years or older, had been diagnosed with asthma within 3 years of the index date, and were prescribed an ICS or short-acting β agonist (SABA) only within the 4 months before the index date. We compared the outcome of COVID-19-related death between people prescribed an ICS and those prescribed alternative respiratory medications: ICSs versus LABA–LAMA for the COPD cohort, and low-dose or medium-dose and high-dose ICSs versus SABAs only in the asthma cohort. We used Cox regression models to estimate hazard ratios (HRs) and 95% CIs for the association between exposure categories and the outcome in each population, adjusted for age, sex, and all other prespecified covariates. We calculated e-values to quantify the effect of unmeasured confounding on our results.FindingsWe identified 148 557 people with COPD and 818 490 people with asthma who were given relevant respiratory medications in the 4 months before the index date. People with COPD who were prescribed ICSs were at increased risk of COVID-19-related death compared with those prescribed LABA–LAMA combinations (adjusted HR 1·39 [95% CI 1·10–1·76]). Compared with those prescribed SABAs only, people with asthma who were prescribed high-dose ICS were at an increased risk of death (1·55 [1·10–2·18]), whereas those given a low or medium dose were not (1·14 [0·85–1·54]). Sensitivity analyses showed that the apparent harmful association we observed could be explained by relatively small health differences between people prescribed ICS and those not prescribed ICS that were not recorded in the database (e value lower 95% CI 1·43).InterpretationOur results do not support a major role for regular ICS use in protecting against COVID-19-related death among people with asthma or COPD. Observed increased risks of COVID-19-related death can be plausibly explained by unmeasured confounding due to disease severity.FundingUK Medical Research Council.

Abstract Electronic health records (EHRs) and other administrative health data are increasingly used in research to generate evidence on the effectiveness, safety, and utilisation of medical products and services, and to inform public health guidance and policy. Reproducibility is a fundamental step for research credibility and promotes trust in evidence generated from EHRs. At present, ensuring research using EHRs is reproducible can be challenging for researchers. Research software platforms can provide technical solutions to enhance the reproducibility of research conducted using EHRs. In response to the COVID‐19 pandemic, we developed the secure, transparent, analytic open‐source software platform OpenSAFELY designed with reproducible research in mind. OpenSAFELY mitigates common barriers to reproducible research by: standardising key workflows around data preparation; removing barriers to code‐sharing in secure analysis environments; enforcing public sharing of programming code and codelists; ensuring the same computational environment is used everywhere; integrating new and existing tools that encourage and enable the use of reproducible working practices; and providing an audit trail for all code that is run against the real data to increase transparency. This paper describes OpenSAFELY's reproducibility‐by‐design approach in detail.

Abstract Background Biological evidence suggests ursodeoxycholic acid (UDCA)—a common treatment of cholestatic liver disease—may prevent severe COVID-19 outcomes. We aimed to compare the hazard of COVID-19 hospitalisation or death between UDCA users versus non-users in a population with primary biliary cholangitis (PBC) or primary sclerosing cholangitis (PSC). Methods With the approval of NHS England, we conducted a population-based cohort study using primary care records between 1 March 2020 and 31 December 2022, linked to death registration data and hospital records through the OpenSAFELY-TPP platform. Cox proportional hazards regression was used to estimate hazard ratios (HR) and 95% confidence intervals (CI) for the association between time-varying UDCA exposure and COVID-19 related hospitalisation or death, stratified by geographical region and considering models unadjusted and fully adjusted for pre-specified confounders. Results We identify 11,305 eligible individuals, 640 were hospitalised or died with COVID-19 during follow-up, 400 (63%) events among UDCA users. After confounder adjustment, UDCA is associated with a 21% relative reduction in the hazard of COVID-19 hospitalisation or death (HR 0.79, 95% CI 0.67–0.93), consistent with an absolute risk reduction of 1.35% (95% CI 1.07%–1.69%). Conclusions We found evidence that UDCA is associated with a lower hazard of COVID-19 related hospitalisation and death, support calls for clinical trials investigating UDCA as a preventative measure for severe COVID-19 outcomes.