Abstract Epigenetic alterations may provide important insights into gene-environment interaction in inflammatory bowel disease (IBD). Here we observe epigenome-wide DNA methylation differences in 240 newly-diagnosed IBD cases and 190 controls. These include 439 differentially methylated positions (DMPs) and 5 differentially methylated regions (DMRs), which we study in detail using whole genome bisulphite sequencing. We replicate the top DMP ( RPS6KA2 ) and DMRs ( VMP1, ITGB2 and TXK ) in an independent cohort. Using paired genetic and epigenetic data, we delineate methylation quantitative trait loci; VMP1/microRNA-21 methylation associates with two polymorphisms in linkage disequilibrium with a known IBD susceptibility variant. Separated cell data shows that IBD-associated hypermethylation within the TXK promoter region negatively correlates with gene expression in whole-blood and CD8 + T cells, but not other cell types. Thus, site-specific DNA methylation changes in IBD relate to underlying genotype and associate with cell-specific alteration in gene expression.

Summary Background The introduction of biologic therapies and the ‘treat‐to‐target’ treatment strategy may have changed the disease course of ulcerative colitis (UC). Aims To describe the early disease course and disease outcome at 1‐year follow‐up in a population‐based inception cohort of adult patients with newly diagnosed UC. Methods The Inflammatory Bowel Disease in South‐Eastern Norway (IBSEN) III study is a population‐based inception cohort study with prospective follow‐up. Patients newly diagnosed with inflammatory bowel disease during 2017–2019 were included. Patients ≥18 years at diagnosis of UC who attended the 1‐year follow‐up were investigated. We registered clinical, endoscopic and demographic data at diagnosis and 1‐year follow‐up. Results We included 877 patients with UC (median age 36 years (range: 18–84), 45.8% female). At diagnosis, 39.2% presented with proctitis, 24.7% left‐sided colitis and 36.0% extensive colitis. At the 1‐year follow‐up, 13.9% experienced disease progression, and 14.5% had received one or more biologic therapies. The colectomy rate was 0.9%. Steroid‐free clinical remission was observed in 76.6%, and steroid‐free endoscopic remission in 68.7%. Anaemia and initiation of systemic steroid treatment at diagnosis were associated with biologic therapy within the first year after diagnosis. Conclusion In this population‐based inception cohort, colectomy rate in the first year after diagnosis was low, and a high proportion of patients were in remission at 1‐year follow‐up. The use of biologic therapy increases, consistent with findings from previous studies.

Abstract Improved biomarkers are needed for pediatric inflammatory bowel disease. Here we identify a diagnostic lipidomic signature for pediatric inflammatory bowel disease by analyzing blood samples from a discovery cohort of incident treatment-naïve pediatric patients and validating findings in an independent inception cohort. The lipidomic signature comprising of only lactosyl ceramide (d18:1/16:0) and phosphatidylcholine (18:0p/22:6) improves the diagnostic prediction compared with high-sensitivity C-reactive protein. Adding high-sensitivity C-reactive protein to the signature does not improve its performance. In patients providing a stool sample, the diagnostic performance of the lipidomic signature and fecal calprotectin, a marker of gastrointestinal inflammation, does not substantially differ. Upon investigation in a third pediatric cohort, the findings of increased lactosyl ceramide (d18:1/16:0) and decreased phosphatidylcholine (18:0p/22:6) absolute concentrations are confirmed. Translation of the lipidomic signature into a scalable diagnostic blood test for pediatric inflammatory bowel disease has the potential to support clinical decision making.

Abstract Background and Aims Fatigue is commonly observed in Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC), but its association to achieving remission is not clearly established. In this study we describe the odds for fatigue in patients with CD/UC one year after diagnosis based on different definitions of remission and identified factors associated with chronic fatigue (CF) among patients in endoscopic/radiological remission. Methods Patients ≥18 years with CD/UC were recruited from the IBSEN III cohort. Using the Fatigue Questionnaire, and dichotomizing the score, CF was defined as the presence of substantial fatigue (SF) for ≥6 months. Remission was divided into symptomatic (CD: HBI score<5/UC: SCCAI score<3), biochemical (faecal calprotectin ≤250µg/g), endoscopic/radiological (CD: normal intestinal MRI/CT combined with normal endoscopy/UC: Mayo endoscopic score 0) and histological (normal mucosal biopsies). Both the likelihood of SF/CF, depending on the definition of remission, and associations between CF and selected factors for CD/UC in endoscopic/radiological remission, were evaluated using binary logistic regression analysis. Results In total, 711/1416 patients were included. For both CD and UC, symptomatic remission significantly reduced the odds for SF and CF. Additionally, the odds for SF were significantly reduced for UC in biochemical remission. Among those in endoscopic/radiological remission (n=181), CF was independently associated with sleep disturbances (OR=10.40, 95%CI [3.28;32.99], p<0.001) and current treatment with infliximab (OR=4.31, 95%CI [1.15;16.17], p=0.03). Conclusions Stricter definitions of disease remission were not associated with a decreased likelihood of fatigue. For patients in endoscopic/radiological remission, CF was independently associated with sleep disturbances and current treatment with infliximab.