DK
Deepak Kumar
Author with expertise in Structure and Function of Gap Junctions and Connexins
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
12
(50% Open Access)
Cited by:
670
h-index:
34
/
i10-index:
91
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Convalescent plasma in the management of moderate covid-19 in adults in India: open label phase II multicentre randomised controlled trial (PLACID Trial)

Anup Agarwal et al.Oct 22, 2020
+3
D
A
A
Abstract Objective To investigate the effectiveness of using convalescent plasma to treat moderate coronavirus disease 2019 (covid-19) in adults in India. Design Open label, parallel arm, phase II, multicentre, randomised controlled trial. Setting 39 public and private hospitals across India. Participants 464 adults (≥18 years) admitted to hospital (screened 22 April to 14 July 2020) with confirmed moderate covid-19 (partial pressure of oxygen in arterial blood/fraction of inspired oxygen (PaO 2 /FiO 2 ) ratio between 200 mm Hg and 300 mm Hg or a respiratory rate of more than 24/min with oxygen saturation 93% or less on room air): 235 were assigned to convalescent plasma with best standard of care (intervention arm) and 229 to best standard of care only (control arm). Interventions Participants in the intervention arm received two doses of 200 mL convalescent plasma, transfused 24 hours apart. The presence and levels of neutralising antibodies were not measured a priori; stored samples were assayed at the end of the study. Main outcome measure Composite of progression to severe disease (PaO 2 /FiO 2 <100 mm Hg) or all cause mortality at 28 days post-enrolment. Results Progression to severe disease or all cause mortality at 28 days after enrolment occurred in 44 (19%) participants in the intervention arm and 41 (18%) in the control arm (risk difference 0.008 (95% confidence interval −0.062 to 0.078); risk ratio 1.04, 95% confidence interval 0.71 to 1.54). Conclusion Convalescent plasma was not associated with a reduction in progression to severe covid-19 or all cause mortality. This trial has high generalisability and approximates convalescent plasma use in real life settings with limited laboratory capacity. A priori measurement of neutralising antibody titres in donors and participants might further clarify the role of convalescent plasma in the management of covid-19. Trial registration Clinical Trial Registry of India CTRI/2020/04/024775.
0

Heterostructured core-shell metal oxide-based nanobrushes for ultrafast UV photodetectors

Naini Jain et al.Jul 17, 2024
+5
K
D
N
Ultrafast UV photodetectors (UV PDs) are crucial components in modern optoelectronics because conventional detectors have reached a bottleneck with low integration, functionalities, and efficiency. Core-shell metal oxide nanobrushes (MOx NBs)-based UV PDs have enhanced the absorption, tunable performance, and good compatibility for diversified applications, including imaging, self-powered systems, remote communications, security, and wearable electronics. Core-shell PDs are developed with complex hierarchical or heterostructured configurations that encapsulate 1D MOx nanowires on 1D nanostructures (NSs) to transport high charge carrier mobility or efficiency by reducing scattering and recombination rates. This review presents a thorough development of MOx core-shell microstructure for the enhancement of detection response and stability with controlled parameters for multifunctional applications. Significant roles of MOx NBs-based UV PDs exploring various growth techniques and complex photodetection mechanisms with their challenges, limitations, and prospects, providing valuable insights for propelling the progression of photodetector technology in this comprehensive review are discussed meticulously. The novelty of MOx NBs-based UV PDs lies in their distinctive brush-like morphology aspect, tunable properties, and improved performance compared to other NSs, for rapid and sensitive response ( ̴µs-ms) under UV light illumination. The diverse photoresponse parameters and multifunctional applications of UV PDs incorporating MOx NBs are carefully summarized, which will set the roadmap for future photodetector technology.
0

Ag-catalyzed strain engineering in ZnO for tailoring defects towards bacterial inactivation and removal of organic dyes for environmental sustainability

Vikas Kumar et al.Jun 12, 2024
+4
N
D
V
This study explored Ag-guided strain formation in ZnO that can manipulate defects in related properties, which are helpful in enhancing the photocatalytic performance of ZnO. Ag@ZnO nanosheets were synthesized with varying Ag concentrations (0–5 at%) through a cost-effective hydrothermal method and employed for the efficient removal of environmentally concerning dyes, namely methylene blue (MB), methyl orange (MO), and rhodamine B (RhB), under natural sunlight radiation. Microscopic images (SEM and TEM) revealed the nanoplates regardless of the Ag concentrations. The XRD pattern confirmed the pure phase of the hexagonal wurtzite structure of ZnO, while the crystallite size decreased from 25 to 20 nm, augmented with the bright field-TEM images. The energy bandgap, Eg, decreased from 3.24 to 3.18 eV, as Ag concentration increased from 0 to 5 at%. The highest photocatalytic efficiency of Ag@ZnO:5 at% was achieved to be ∼93 %, ∼97.5 %, and ∼98 % for MO, MB, and RhB, respectively. The enhanced photocatalytic activity of Ag@ZnO:5 at% was attributed to the high charge separation efficiency and many active sites due to the surface integration of Ag atoms and defects states. Ag@ZnO:5 at% nanoplates showed significant inactivation against environmentally transmitted pathogenic bacteria within 30 min. These findings underscore the significant potential of Ag@ZnO photocatalysts for sunlight-driven removal of organic pollutants, aligning with the sustainability goals advocated by the United Nations. The outcomes of this research contribute valuable insights into the development of efficient photocatalytic materials for environmental pollution remediation.
0
Citation3
0
Save
0

Biochemical, serological and molecular confirmation of Salmonella isolates

Vinod Kumar et al.Jan 17, 2017
+2
A
S
V
Abstract Salmonellosis is one of the most frequently reported food-borne diseases world-wide commonly caused by Salmonella Typhimurium and Salmonella Enteritidis serovars. The present study was undertaken to confirm Salmonella isolates by various techniques. All the 94 isolates were confirmed to be S. Typhimurium through various morphological, biochemical, serological and molecular methods.
0
Citation1
0
Save
0

Role of Noninvasive Urinary Prothrombin Fragment 1 + 2 to Measure Blood Coagulation Indices and Dose of Acenocoumarol

Ashish Gupta et al.Aug 26, 2024
+3
N
D
A
PF1 + 2 plasma levels are a crucial indicator for assessing anticoagulant action in individuals receiving anticoagulant treatment. Urine also has PF1 + 2 levels due to its molecular size. Hence, the present study aims to measure urinary prothrombin fragment 1 + 2 (uPF1 + 2) in patients taking anticoagulants in order to divulge a noninvasive surrogate marker of PT-INR of blood coagulopathy. A total of 205 people participated in the study: 104 patients on acenocoumarol (AC) and 101 healthy controls (HC). Clinical parameters, including PT-INR, urinary creatinine, etc., were measured in all subjects. To evaluate uPF1 + 2 in samples, MALDI-TOF-MS, Western blot analysis, and ELISA tests were used. The MALDI-TOF-MS results showed the presence of uPF1 + 2 in both AC and HC urine samples. The Western blot, ELISA experiment, and unpaired t test results displayed that the patients with AC had significantly increased levels of uPF1 + 2 compared to HC. A regression study showed a strong positive relation between blood-based PT-INR and uPF1 + 2. ROC validation also revealed the clinical efficacy of uPF1 + 2. For the goal to monitor anticoagulant medication, the present study highlights PF1 + 2, which describes the overall hemostatic capacity and might be utilized in addition to or instead of PT-INR.
0

Large-pore connexin hemichannels function as molecule transporters independently of ion conduction

Pablo Gaete et al.Feb 20, 2024
+11
C
D
P
ABSTRACT Connexin hemichannels were identified as the first members of the eukaryotic large-pore channel family that mediate permeation of both atomic ions and small molecules between the intracellular and extracellular environments. The conventional view is that their pore is a large passive conduit through which both ions and molecules diffuse in a similar manner. In stark contrast to this notion, we demonstrate that the permeation of ions and of molecules in connexin hemichannels can be uncoupled and differentially regulated. We find that human connexin mutations that produce pathologies and were previously thought to be loss-of-function mutations due to the lack of ionic currents are still capable of mediating the passive transport of molecules with kinetics close to those of wild-type channels. This molecular transport displays saturability in the micromolar range, selectivity, and competitive inhibition, properties that are tuned by specific interactions between the permeating molecules and the N-terminal domain that lies within the pore — a general feature of large-pore channels. We propose that connexin hemichannels and, likely, other large-pore channels, are hybrid channel/transporter-like proteins that might switch between these two modes to promote selective ion conduction or autocrine/paracrine molecular signaling in health and disease processes.
0

Labour Market Outcomes and Alcohol Consumption: A Quantitative Analysis

Deepak Kumar et al.Jan 1, 2024
S
D
We utilized the second round of India Human Development Survey (IHDS) to study the impact of alcohol consumption on the employment status of working adults in Indian settings. Simultaneously, this study aims to comprehensively understand the conceptual, intellectual, and social framework related to alcohol, (un)employment, work, and labour market outcomes. To address that, we utilised the databases of Scopus and Web of Science, employing 'OR' and 'AND' logical operators and keywords for the last 30 years (Jan 1993-mid-June 2023). Through our search, we initially identified 1,085 articles. Subsequently, we narrowed the selection to 160 articles using specific inclusion and exclusion criteria, forming our study's basis. The research is divided into two main parts: performance analysis and science mapping. The study represents one of the most comprehensive bibliometric analysis of alcohol consumption and labour outcomes to date.
2

Length-dependent RNA foci formation and RAN translation are associated with SCA12 disorder

Manish Kumar et al.Jul 25, 2023
+6
D
V
M
Summary Spinocerebellar ataxia type-12 (SCA-12) is a neurodegenerative disease caused by tandem CAG repeat expansion in the 5’-UTR/non-coding region of PPP2R2B . Molecular pathology of SCA12 has not been studied in the context of CAG repeats and no appropriate models exist. We found in human SCA12-iPSC derived neuronal lineage that expanded CAG in PPP2R2B transcript forms nuclear RNA foci and were found to sequester variety of proteins. Further, the ectopic expression of transcript containing varying length of CAG repeats exhibits non-canonical Repeat Associated Non-AUG (RAN) translation in multiple frames in HEK293T cells, which was further validated in patient-derived neural stem cells using specific antibodies. mRNA sequencing of the SCA12 and control neurons have shown a network of crucial transcription factors affecting neural fate, in addition to alteration of various signaling pathways involved in neurodevelopment. Altogether, this study identifies the molecular signatures of spinocerebellar ataxia type-12 disorder using patient-derived neuronal cell lines.
0

RWD67 Influenza's Impact on Heart Failure Patients: A Ten-Year Analysis

Shaifali Garg et al.Jun 1, 2024
+3
A
A
S
0

Transcriptomic Dynamics of a non-coding trinucleotide repeat expansion disorder SCA12 in iPSC derived neuronal cells: signatures of interferon induced response

Deepak Kumar et al.Oct 11, 2017
+5
A
P
D
Spinocerebellar ataxia type-12 (SCA12) is a neurological disorder that exhibits a unique progressive tremor/ataxia syndrome induced by triplet (CAG) repeat expansion in 5 prime UTR of PPP2R2B. SCA12 is one of the most prominent SCA-subtype in India and till date no appropriate disease models have been described. Our aim was to establish human iPSC derived neuronal cell lines of SCA12 and study transcriptomic level alterations induced by CAG expansion. For translational application, peripheral blood transcriptomics of SCA12 patients was also performed. Lymphoblastoid cell lines of three SCA12 patients were reprogrammed to iPSCs and then re-differentiated into pan-neuronal lineage. RNA-sequencing based comparative transcriptomics was performed for disease and control cell lineages. Microarray based transcriptomic profiling of peripheral blood of SCA12 patients was performed in a case/control (n=15/9) design. We have successfully created human neuronal cell lines of SCA12 patient as exhibited by their molecular profiling. Differential expression analysis of RNA-Seq data has shown enrichment for type-I interferon signaling and other relevant cellular processes in SCA12-neurons. At the splice-isoform level, we observed an upregulation of expanded CAG containing non-coding transcript of PPP2R2B. Peripheral blood transcriptomics analysis and targeted validation of RNA-Seq data has allowed us to identify inflammatory signatures as potential markers of molecular pathology in SCA12. Our study has allowed us to establish first iPSC based neuronal cell lines of SCA12. We have identified pro-inflammatory signatures in SCA12-neurons suggestive of a dsRNA mediated activation of interferon signaling and that corroborates with the emerging evidence of neuronal atrophy due to neuro-inflammation in common neurodegenerative diseases. This study involved development of an iPSCs derived neuronal cells of SCA12 and look through signatures of neurodegeneration by whole RNA sequencing. This model sheds light upon key role of RNA mediated induced response in Interferon signaling for neurodegeneration.
Load More