Set2 methylates Lys36 of histone H3. We show here that yeast Set2 copurifies with RNA polymerase II (RNAPII). Chromatin immunoprecipitation analyses demonstrated that Set2 and histone H3 Lys36 methylation are associated with the coding regions of several genes that were tested and correlate with active transcription. Both depend, as well, on the Paf1 elongation factor complex. The C terminus of Set2, which contains a WW domain, is also required for effective Lys36 methylation. Deletion of CTK1, encoding an RNAPII CTD kinase, prevents Lys36 methylation and Set2 recruitment, suggesting that methylation may be triggered by contact of the WW domain or C terminus of Set2 with Ser2-phosphorylated CTD. A set2 deletion results in slight sensitivity to 6-azauracil and much less beta-galactosidase produced by a reporter plasmid, resulting from a defect in transcription. In synthetic genetic array (SGA) analysis, synthetic growth defects were obtained when a set2 deletion was combined with deletions of all five components of the Paf1 complex, the chromodomain elongation factor Chd1, the putative elongation factor Soh1, the Bre1 or Lge1 components of the histone H2B ubiquitination complex, or the histone H2A variant Htz1. SET2 also interacts genetically with components of the Set1 and Set3 complexes, suggesting that Set1, Set2, and Set3 similarly affect transcription by RNAPII.

Deletions of three yeast genes, SET2, CDC73, and DST1, involved in transcriptional elongation and/or chromatin metabolism were used in conjunction with genetic array technology to screen ∼4700 yeast deletions and identify double deletion mutants that produce synthetic growth defects. Of the five deletions interacting genetically with all three starting mutations, one encoded the histone H2A variant Htz1 and three encoded components of a novel 13 protein complex, SWR-C, containing the Snf2 family ATPase, Swr1. The SWR-C also copurified with Htz1 and Bdf1, a TFIID-interacting protein that recognizes acetylated histone tails. Deletions of the genes encoding Htz1 and seven nonessential SWR-C components caused a similar spectrum of synthetic growth defects when combined with deletions of 384 genes involved in transcription, suggesting that Htz1 and SWR-C belong to the same pathway. We show that recruitment of Htz1 to chromatin requires the SWR-C. Moreover, like Htz1 and Bdf1, the SWR-C promotes gene expression near silent heterochromatin.

A remarkably large collection of evolutionarily conserved proteins has been implicated in processing of noncoding RNAs and biogenesis of ribonucleoproteins. To better define the physical and functional relationships among these proteins and their cognate RNAs, we performed 165 highly stringent affinity purifications of known or predicted RNA-related proteins from Saccharomyces cerevisiae. We systematically identified and estimated the relative abundance of stably associated polypeptides and RNA species using a combination of gel densitometry, protein mass spectrometry, and oligonucleotide microarray hybridization. Ninety-two discrete proteins or protein complexes were identified comprising 489 different polypeptides, many associated with one or more specific RNA molecules. Some of the pre-rRNA-processing complexes that were obtained are discrete subcomplexes of those previously described. Among these, we identified the IPI complex required for proper processing of the ITS2 region of the ribosomal RNA primary transcript. This study provides a high-resolution overview of the modular topology of noncoding RNA-processing machinery.

Extenuating circumstances can trigger unplanned changes to randomized trials and introduce methodological, ethical, feasibility, and analytical challenges that can potentially compromise the validity of findings. Numerous randomized trials have required changes in response to the COVID-19 pandemic, but guidance for reporting such modifications is incomplete.As a joint extension for the CONSORT and SPIRIT reporting guidelines, CONSERVE (CONSORT and SPIRIT Extension for RCTs Revised in Extenuating Circumstances) aims to improve reporting of trial protocols and completed trials that undergo important modifications in response to extenuating circumstances.A panel of 37 international trial investigators, patient representatives, methodologists and statisticians, ethicists, funders, regulators, and journal editors convened to develop the guideline. The panel developed CONSERVE following an accelerated, iterative process between June 2020 and February 2021 involving (1) a rapid literature review of multiple databases (OVID Medline, OVID EMBASE, and EBSCO CINAHL) and gray literature sources from 2003 to March 2021; (2) consensus-based panelist meetings using a modified Delphi process and surveys; and (3) a global survey of trial stakeholders.The rapid review yielded 41 673 citations, of which 38 titles were relevant, including emerging guidance from regulatory and funding agencies for managing the effects of the COVID-19 pandemic on trials. However, no generalizable guidance for all circumstances in which trials and trial protocols might face unanticipated modifications were identified. The CONSERVE panel used these findings to develop a consensus reporting guidelines following 4 rounds of meetings and surveys. Responses were received from 198 professionals from 34 countries, of whom 90% (n = 178) indicated that they understood the concept definitions and 85.4% (n = 169) indicated that they understood and could use the implementation tool. Feedback from survey respondents was used to finalize the guideline and confirm that the guideline's core concepts were applicable and had utility for the trial community. CONSERVE incorporates an implementation tool and checklists tailored to trial reports and trial protocols for which extenuating circumstances have resulted in important modifications to the intended study procedures. The checklists include 4 sections capturing extenuating circumstances, important modifications, responsible parties, and interim data analyses.CONSERVE offers an extension to CONSORT and SPIRIT that could improve the transparency, quality, and completeness of reporting important modifications to trials in extenuating circumstances such as COVID-19.

Since the publication of the 2011 European Alliance of Associations for Rheumatology (EULAR) recommendations for patient research partner (PRP) involvement in rheumatology research, the role of PRPs has evolved considerably. Therefore, an update of the 2011 recommendations was deemed necessary.

Little is known about patient and the public perspectives on decentralized and hybrid clinical trials in Canada.

SummaryEarly phase dose-finding (EPDF) trials are key in the development of novel therapies, with their findings directly informing subsequent clinical development phases and providing valuable insights for reverse translation. Comprehensive and transparent reporting of these studies is critical for their accurate and critical interpretation, which may improve and expedite therapeutic development. However, quality of reporting of design characteristics and results from EPDF trials is often variable and incomplete. The international consensus-based CONSORT-DEFINE (Consolidated Standards for Reporting Trials Dose-finding Extension) statement, an extension of the CONSORT statement for randomised trials, was developed to improve the reporting of EPDF trials. The CONSORT-DEFINE statement introduced 21 new items and modified 19 existing CONSORT items.This CONSORT-DEFINE Explanation and Elaboration (E&E) document provides important information to enhance understanding and facilitate the implementation of the CONSORT-DEFINE checklist. For each new or modified checklist item, we provide a detailed description and its rationale with supporting evidence, and present examples from EPDF trial reports published in peer-reviewed scientific journals. When reporting the results of EPDF trials, authors are encouraged to consult the CONSORT-DEFINE E&E document, together with the CONSORT and CONSORT-DEFINE statement papers, and adhere to their recommendations. Widespread adoption of the CONSORT-DEFINE statement is likely to enhance the reporting quality of EPDF trials, thus facilitating the peer review of such studies and their appraisal by researchers, regulators, ethics committee members, and funders.FundingThis work is a further extension of the CONSORT-DEFINE study, which was funded by the UK Medical Research Council (MRC)-National Institute for Health and Care Research (NIHR) Methodology Research Programme (MR/T044934/1). The Clinical Trials and Statistics Unit at The Institute of Cancer Research (ICR-CTSU) receives programmatic infrastructure funding from Cancer Research UK (C1491/A25351; CTUQQR-Dec 22/100 004), which has contributed to accelerating the advancement and successful completion of this work.