Plant intracellular nucleotide-binding and leucine-rich repeat immune receptors (NLRs) play a key role in activating a strong pathogen defense response. Plant NLR proteins are tightly regulated and accumulate at very low levels in the absence of pathogen effectors. However, little is known about how this low level of NLR proteins is able to induce robust immune responses upon recognition of pathogen effectors. Here, we report that, in the absence of effector, the inactive form of the tomato NLR Sw-5b is targeted for ubiquitination by the E3 ligase SBP1. Interaction of SBP1 with Sw-5b via only its N-terminal domain leads to slow turnover. In contrast, in its auto-active state, Sw-5b is rapidly turned over as SBP1 is upregulated and interacts with both its N-terminal and NB-LRR domains. During infection with the tomato spotted wilt virus, the viral effector NSm interacts with Sw-5b and disrupts the interaction of Sw-5b with SBP1, thereby stabilizing the active Sw-5b and allowing it to induce a robust immune response.

Abstract The process of epithelial-mesenchymal transition (EMT) is required for the progression of renal interstitial fibrosis (RIF). Ubiquitin-specific protease 4 (USP4) can facilitate development of transforming growth factor, beta 1 (TGF-β1) induced EMT in some cancer cells. However, the role of USP4 in EMT during RIF remains unknown. We aimed to explore the effect of USP4 on the EMT induced by TGF-β1 of renal tubular epithelial cells and involved mechanism in RIF. In vivo, on the 7th and 14th day after unilateral ureteral obstruction (UUO), the expression of USP4 protein in the obstructed kidneys was detected by immunohistochemistry and Western blot assay. In vitro, NRK-52E cells were stimulated with TGF-β1 10ng/ml. The protein expressions of USP4, E-cadherin and alpha smooth muscle actin (α-SMA) were detected at different time points by Western blot. After transfected with USP4 siRNA, the cells were cultured with TGF-β1 for additional 24 hours. The expressions of E-cadherin, α-SMA, and TGFβ receptor type I (TβRI) were detected by immunofluorescence. And the protein expressions of USP4, E-cadherin, α-SMA and TβRI were detected by Western blot assay. Compared with sham operation group, the expression of USP4 in UUO model group increased significantly with the prolongation of obstruction time. After NRK-52E was stimulated by TGF-β1, the expression of USP4 protein increased gradually. At 6h, 12h, and 24h, the difference between the experimental group and the control group was statistically significant. At the same time, E-cadherin decreased significantly, while α-SMA increased significantly. Compared with the TGF-β1 group, the cells in USP4 siRNA transfection group restored E-cadherin and weakened α-SMA expression. At the same time, protein expressions of USP4 and TβRI were also significantly decreased. These data imply that USP4 is a harmful molecule induced by TGF-β1, which plays an important role by upregulating the expression of TβRI and promoting EMT of renal tubular epithelial cells, thereby facilitating renal interstitial fibrosis.

Vitamin A is a crucial nutrient renowned for its role in visual health and cellular regulation. Its derivatives influence cell differentiation, proliferation, and tissue homeostasis, making them significant in cancer research due to their effects on both normal and tumour cells. This review explores the intricate relationship between vitamin A metabolism and the extracellular matrix (ECM) in cancer. The ECM profoundly affects tumour behaviour, including proliferation, invasion, and metastasis. Alterations in the ECM can facilitate tumour progression, and vitamin A derivatives have shown potential in modulating these changes. Through transcriptional regulation, vitamin A impacts ECM components and matrix metalloproteinases, influencing tumour dynamics. The review highlights the potential of vitamin A and its derivatives as adjunctive agents in cancer therapy. Despite promising laboratory findings, their clinical application remains limited due to challenges in translating these effects into therapeutic outcomes. Future research should focus on the modulation of retinol metabolism within tumours and the development of targeted therapies to enhance treatment efficacy and improve patient prognosis.

Understanding the internal laws of probiotic solid-state fermentation is important for improving the nutritional composition and utilization of soybean meal (SBM). The present study aims to investigate the mechanism of SBM solid-state fermented by Bacillus subtilis over a 24 h period. The microstructure of the SBM was decomposed during fermentation. Post fermentation, the cellulose and hemicellulose content were significantly reduced by 38.83% and 22.24%, and the concentrations of small peptides and amino acids remarkably increased to 12.11% and 41.90%, respectively (P < 0.05). Notably, the results of transcriptome and enzyme activity highlighted that endo-1,4-β-xylanase, endoglucanase and β-1,4-mannan endonuclease were significantly synthesized and played critical roles in fiber degradation during fermentation. Additionally, the polysaccharides of SBM and fermented soybean meal (FSBM) were extracted and characterized, and it was found that the polysaccharide structures of FSBM were significantly different compared to pre-fermentation. The in vitro fermentation results of polysaccharides further indicated that fermented soybean meal polysaccharides (FSPS) dramatically promoted the abundance of porcine gut commensal Bifidobacterium and Lactobacillus, and enhance the microbial functions of fructose and mannose metabolism. These findings elucidate the microbial genomic mechanism during fermentation to reveal the potential regulatory effects of FSPS on gut microbiota and expand the utilization of SBM.

Acute kidney injury (AKI) is a major worldwide health concern that currently lacks effective medical treatments. PSMP is a damage-induced chemotactic cytokine that acts as a ligand of CCR2 and has an unknown role in AKI. We have observed a significant increase in PSMP levels in the renal tissue, urine, and plasma of patients with AKI. PSMP deficiency improved kidney function and decreased tubular damage and inflammation in AKI mouse models induced by kidney ischemia-reperfusion injury, glycerol, and cisplatin. Single-cell RNA sequencing analysis revealed that Ly6C

Magnetic Resonance Imaging (MRI) plays a pivotal role in the accurate measurement of brain subcortical structures in macaques, which is crucial for unraveling the complexities of brain structure and function, thereby enhancing our understanding of neurodegenerative diseases and brain development. However, due to significant differences in brain size, structure, and imaging characteristics between humans and macaques, computational tools developed for human neuroimaging studies often encounter obstacles when applied to macaques. In this context, we propose an Anatomy Attentional Fusion Network (AAF-Net), which integrates multimodal MRI data with anatomical constraints in a multi-scale framework to address the challenges posed by the dynamic development, regional heterogeneity, and age-related size variations of the juvenile macaque brain, thus achieving precise subcortical segmentation. Specifically, we generate a Signed Distance Map (SDM) based on the initial rough segmentation of the subcortical region by a network as an anatomical constraint, providing comprehensive information on positions, structures, and morphology. Then we construct AAF-Net to fully fuse the SDM anatomical constraints and multimodal images for refined segmentation. To thoroughly evaluate the performance of our proposed tool, over 700 macaque MRIs from 19 datasets were used in this study. Specifically, we employed two manually labeled longitudinal macaque datasets to develop the tool and complete four-fold cross-validations. Furthermore, we incorporated various external datasets to demonstrate the proposed tool's generalization capabilities and promise in brain development research. We have made this tool available as an open-source resource at https://github.com/TaoZhong11/Macaque_subcortical_segmentation for direct application.

Oryza longistaminata (OL), an AA-genome African wild rice which can propagate clonally via rhizome, is an important germplasm for improvement of Asian cultivated rice, however recessive lethal alleles can hitchhike clonal propagation in heterozygous state. Selfing of OL is difficult due to its self-incompatibility, but simple selfing of hybrid progeny between OL and O. sativa is effective to disclose and eliminate recessive lethal alleles. Here, we identified an exhibited albino-lethal phenotype mutant, from an F

Hypoxia has become a common phenomenon in aquatic environments. Golden pompano (Trachinotus blochii) are sensitive to fluctuations in dissolved oxygen concentration and are seriously affected by hypoxic stress. When facing hypoxia in aquaculture areas, it may be effective to alleviate the adverse effects of low oxygen by increasing dissolved oxygen through physical and chemical means. However, it is not known whether different reoxygenation rates have different physiological consequences. In this study, we utilized RNA-seq and miRNA-seq to investigate the effects of various hypoxia and reoxygenation treatments: normoxia, hypoxia, rapid reoxygenation (RRG; dissolved oxygen [DO] recovery within 10 mins), and gradual reoxygenation (GRG; DO recovery within 3 h). Under hypoxic conditions, the miR-130b-5p∼IDH3 pair was involved in the regulation of the TCA cycle and activation of HIF-1α expression in response to insufficient oxygen levels. Additionally, in RRG, under the regulation of the miR-132–5p∼PGAM, miR-8485∼LIPA, and miR-212–5p∼GAPDHS pairs, the energy supply came to increase relative to hypoxia. In GRG, the miR-130b-5p∼IDH3 pair regulated metabolism, which returned to the normal level. These findings provide new data for clarifying the metabolic regulatory pathways of golden pompano during hypoxia and reoxygenation processes.

Fas‑activated serine/threonine kinase domain 1 (FASTKD1), a known modulator of mitochondrial‑mediated cell death and survival processes, has garnered attention for its potential role in various biological contexts. However, its involvement in gastric cancer remains unclear. Thus, the present study aimed to investigate the relationship between FASTKD1 expression and key factors, including clinicopathological characteristics, immune infiltration and m6A modification in stomach adenocarcinoma (STAD). The expression of FASTKD1 was analyzed in STAD and normal adjacent tissues to assess its association with clinicopathological characteristics and survival prognosis. Data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and Gene Expression Omnibus (GEO) databases were used in this study. Additionally, the findings were validated through immunohistochemical staining. Co‑expression analysis of FASTKD1 was performed using Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (GO/KEGG) enrichment analysis, Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) and LinkedOmics database analysis. An in‑depth analysis was conducted using databases, such as Tumor Immune Estimation Resource (TIMER), Gene Expression Profiling Interactive Analysis (GEPIA), GEO and TCGA to explore the potential correlation between FASTKD1 expression and immune infiltration and m6A modification in STAD. The results revealed that FASTKD1 was significantly upregulated across different tumor types, including STAD. Notably, FASTKD1 was able to distinguish between tumor and normal tissue samples with accuracy. Furthermore, the expression levels of FASTKD1 were significantly associated with clinical stage and survival. Through GO/KEGG enrichment analysis and GSEA, it was revealed that the genes co‑expressed with FASTKD1 were active in a variety of biological processes. Within the TIMER, GEPIA and TCGA databases, a notable inverse correlation was observed between FASTKD1 expression and the abundance of immune cell subsets. Notably, significant correlations were established between FASTKD1 and m6A modification genes, YTHDF1 and LRPPRC, in both TCGA and GEO datasets. In conclusion, FASTKD1 may serve a significant role in m6A modification and immune infiltration processes, making it a potentially valuable diagnostic and prognostic biomarker in STAD.