TL
Tingting Luo
Author with expertise in RNA Methylation and Modification in Gene Expression
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(50% Open Access)
Cited by:
2
h-index:
23
/
i10-index:
48
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

CRISPR-Cas9-mediated Editing of GmARM Improves Resistance to Multiple Stresses in Soybean

Tingting Luo et al.Jun 2, 2024
The growth and development of soybean plants can be affected by both abiotic and biotic stressors, such as saline-alkali stress and Phytophthora root rot. In this study, we identified a stress-related gene—GmARM—whose promoter contained several hormone-response and stress-regulatory elements, including ABRE, TCA element, STRE, and MBS. qRT-PCR analysis showed that the expression of GmARM was the highest in seeds at 55 days after flowering. Furthermore, this gene was upregulated after exposure to saline-alkali stress and Phytophthora root rot infection at the seedling stage. Thus, we generated GmARM mutants using the CRISPR-Cas9 system to understand the role of this gene in stress response. T3 plants showed significantly improved salt tolerance, alkali resistance, and disease resistance, with a significantly higher survival rate than the wildtype plants. Moreover, mutations in GmARM affected the expression of related stress-resistance genes, indicating that GmARM mutants achieved multiple stress tolerance. Therefore, this study provides a foundation for further exploration of the genes involved in resistance to multiple stresses in soybean that can be used for breeding multiple stress-resistance soybean varieties.
0
Citation2
0
Save
0

Generation of New β-Conglycinin-Deficient Soybean Lines by Editing the lincRNA lincCG1 Using the CRISPR/Cas9 System

Bo Song et al.Jun 22, 2024
Soybean β-conglycinin is a major allergen that adversely affects the nutritional properties of soybean. Soybean deficient in β-conglycinin is associated with low allergenicity and high nutritional value. Long intergenic noncoding RNAs (lincRNAs) regulate gene expression and are considered important regulators of essential biological processes. Despite increasing knowledge of the functions of lincRNAs, relatively little is known about the effects of lincRNAs on the accumulation of soybean β-conglycinin. The current study presents the identification of a lincRNA lincCG1 that was mapped to the intergenic noncoding region of the β-conglycinin α-subunit locus. The full-length lincCG1 sequence was cloned and found to regulate the expression of soybean seed storage protein (SSP) genes via both cis- and trans-acting regulatory mechanisms. Loss-of-function lincCG1 mutations generated using the clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9 (CRISPR/Cas9) system led to the deficiency of the allergenic α′-, α-, and β-subunits of soybean β-conglycinin as well as higher content of proteins, sulfur-containing amino acids, and free arginine. The dominant null allele LincCG1, and consequently, the β-conglycinin-deficient phenotype associated with the lincCG1-gene-edited line was stably inherited by the progenies in a Mendelian fashion. The dominant null allele LincCG1 may therefore be exploited for engineering/developing novel hypoallergenic soybean varieties. Furthermore, Cas9-free and β-conglycinin-deficient homozygous mutant lines were obtained in the T1 generation. This study is the first to employ the CRISPR/Cas9 technology for editing a lincRNA gene associated with the soybean allergenic protein β-conglycinin. Moreover, this study reveals that lincCG1 plays a crucial role in regulating the expression of the β-conglycinin subunit gene cluster, besides highlighting the efficiency of employing the CRISPR/Cas9 system for modulating lincRNAs, and thereby regulating soybean seed components.
0

Progress in The Application of Flexible and Wearable Electrochemical Sensors in Monitoring Biomarkers of Athletes

Yuteng Liu et al.Jun 11, 2024
Abstract Athletes continuously seek out creative methods and technologies to improve their physical fitness and overall performance. Wearable technology's progress offers a swift and eco‐conscious way to consistently observe physiological changes evidenced by biomarkers, stemming from an athlete's internal exertion or external workload. However, there is still a long distance to further understand the internal physiology of athletes which may bring hope to tailor training and recovery programs individually. The ongoing challenges faced by sports healthcare personnel are in finding biomarkers safely and continuously to control athletes' physical condition and tailor their recovery and eating patterns. The summary of this review encompasses the development of flexible and wearable electrochemical sensors. This article provides an overview of biofluids, commonly detected by wearable biochemical sensors and their mutual anatomical formations, with a focus on sweat and its associated biomarkers. Following this, its real‐world application in sports medicine becomes apparent, both theoretically and potentially. The paper ends by highlighting challenges and imagining the possible development of this exciting emerging field.
0

BASAL: a universal mapping algorithm for nucleotide base-conversion sequencing

Mingsheng Xu et al.Dec 10, 2024
Utilizing base-conversion (BC) techniques, single-base resolution profiling of RNA and DNA modifications has significantly advanced. BC strategies range from one-way conversions (e.g. cytosine-to-thymine for 5-methylcytosine, adenine-to-guanine for N6-methyladenosine), to multi-way conversions (e.g. adenine to cytosine/guanine/thymine for N1-methyladenosine) and deletion-induced conversions (e.g. pseudouridine-to-deletion). Existing sequence aligners struggle with these diverse conversions, often leading to misaligning or inefficiency. We introduce BASAL (BAse-conversion Sequencing ALigner), which leverages bit-masking technology to accurately calculate mismatch penalties and supports all BC strategies. BASAL outperforms state-of-the-art tools in both mapping accuracy and efficiency. Through simulated and real data testing, along with experimental validation, we demonstrate that BASAL excels at identifying reliable modification sites. Moreover, BASAL enhances single-cell m6A analysis, revealing cell subpopulations and a cell evolutionary direction that align with biological functions, which other aligners fall short. BASAL's versatility establishes it as a universal aligner for RNA and DNA modification sequencing, facilitating groundbreaking discoveries in epigenomics and epitranscriptomics.