James Brugarolas and colleagues identify recurrent BAP1 mutations in clear cell renal cell carcinoma (ccRCC). They show that BAP1 binds to HCF-1 and suppresses cell proliferation, and they find that BAP1 loss is associated with high tumor grade. The molecular pathogenesis of renal cell carcinoma (RCC) is poorly understood. Whole-genome and exome sequencing followed by innovative tumorgraft analyses (to accurately determine mutant allele ratios) identified several putative two-hit tumor suppressor genes, including BAP1. The BAP1 protein, a nuclear deubiquitinase, is inactivated in 15% of clear cell RCCs. BAP1 cofractionates with and binds to HCF-1 in tumorgrafts. Mutations disrupting the HCF-1 binding motif impair BAP1-mediated suppression of cell proliferation but not deubiquitination of monoubiquitinated histone 2A lysine 119 (H2AK119ub1). BAP1 loss sensitizes RCC cells in vitro to genotoxic stress. Notably, mutations in BAP1 and PBRM1 anticorrelate in tumors (P = 3 × 10−5), and combined loss of BAP1 and PBRM1 in a few RCCs was associated with rhabdoid features (q = 0.0007). BAP1 and PBRM1 regulate seemingly different gene expression programs, and BAP1 loss was associated with high tumor grade (q = 0.0005). Our results establish the foundation for an integrated pathological and molecular genetic classification of RCC, paving the way for subtype-specific treatments exploiting genetic vulnerabilities.

Physical forces activate apoptosis and gene expression, but the mechanism is unknown. For this purpose, adult myocytes were stretched in an equibiaxial stretch apparatus and the magnitude of cell death was examined 4 and 24 h later. The possibility of stretch-mediated activation of p53 and p53-dependent genes was evaluated at 30 min, 2, 4, 8, and 24 h. Myocyte apoptosis increased by 4.4- and 7.6-fold at 4 and 24 h after stretch. p53 binding to the promoter of angiotensinogen, AT1 receptor, and Bax also increased. Expression of angiotensinogen, AT1 receptor, p53, and Bax increased and Bcl-2 decreased in stretched myocytes. The changes in AT1 receptor, p53, Bax, and Bcl-2 became more apparent with the duration of stretch. Angiotensin II concentration in the medium increased at 10 min, reaching maximal levels at 1 and 20 h. The AT1 blocker, losartan, abolished apoptosis in stretched myocytes. Myocyte volume was not influenced by stretch. In conclusion, stretch-mediated release of angiotensin II is coupled with apoptosis and the activation of p53 which may be responsible for the prolonged upregulation of the local renin-angiotensin system and the increased susceptibility of myocytes to undergo apoptosis.

During COVID-19 pandemic, mutations of SARS-CoV-2 produce new strains that can be more infectious or evade vaccines. Viral RNA mutations can arise from misincorporation by RNA-polymerases and modification by host factors. Analysis of SARS-CoV-2 sequence from patients showed a strong bias toward C-to-U mutation, suggesting a potential mutational role by host APOBEC cytosine deaminases that possess broad anti-viral activity. We report the first experimental evidence demonstrating that APOBEC3A, APOBEC1, and APOBEC3G can edit on specific sites of SARS-CoV-2 RNA to produce C-to-U mutations. However, SARS-CoV-2 replication and viral progeny production in Caco-2 cells are not inhibited by the expression of these APOBECs. Instead, expression of wild-type APOBEC3 greatly promotes viral replication/propagation, suggesting that SARS-CoV-2 utilizes the APOBEC-mediated mutations for fitness and evolution. Unlike the random mutations, this study suggests the predictability of all possible viral genome mutations by these APOBECs based on the UC/AC motifs and the viral genomic RNA structure.Efficient Editing of SARS-CoV-2 genomic RNA by Host APOBEC deaminases and Its Potential Impacts on the Viral Replication and Emergence of New Strains in COVID-19 Pandemic.

Abstract Quantitative proteomics is an indispensable tool in life science research. However, there is a lack of reference materials for evaluating the reproducibility of label-free liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS)-based measurements among different instruments and laboratories. We developed the Quartet as a proteome reference material with built-in truths, and distributed the same aliquots to 15 laboratories with nine conventional LC-MS/MS platforms across six cities in China. Relative abundance of over 12,000 proteins on 816 MS files were obtained and compared for reproducibility among the instruments and laboratories to ultimately generate proteomics benchmark datasets. There was a wide dynamic range of proteomes spanning ~7 orders of magnitude (10 1 –10 8 copies/cell), and the injection order had marked effects on quantitative instead of qualitative. Overall, the Quartet offers valuable standard materials and data resources for improving the quality control of proteomic analyses as well as the reproducibility and reliability of research findings.

Developing anticancer drugs with low side effects is an ongoing challenge. Immunogenic cell death (ICD) has received extensive attention as a potential synergistic modality for cancer immunotherapy. However, only a limited set of drugs or treatment modalities can trigger an ICD response and none of them have cytotoxic selectivity. This provides an incentive to explore strategies that might provide more effective ICD inducers free of adverse side effects. Here, we report a metal-based complex ( Cu-1 ) that disrupts cellular redox homeostasis and effectively stimulates an antitumor immune response with high cytotoxic specificity. Upon entering tumor cells, this Cu(II) complex enhances the production of intracellular radical oxidative species while concurrently depleting glutathione (GSH). As the result of heightening cellular oxidative stress, Cu-1 gives rise to a relatively high cytotoxicity to cancer cells, whereas normal cells with low levels of GSH are relatively unaffected. The present Cu(II) complex initiates a potent ferroptosis-dependent ICD response and effectively inhibits in vivo tumor growth in an animal model (c57BL/6 mice challenged with colorectal cancer). This study presents a strategy to develop metal-based drugs that could synergistically potentiate cytotoxic selectivity and promote apoptosis-independent ICD responses through perturbations in redox homeostasis.

Abstract Objective The aim of this study was to investigate the role and mechanisms of miR-155 in chronic spontaneous urticaria (CSU). Methods The expression level of miR-155 in the skin tissues of patients with CSU and experimental rats were detected by RT-qPCR, followed by the measurement of the histamine release rate in the serum through the histamine release test. Besides, hematoxylin & eosin staining was used to observe the pathological changes of the skin tissues; Corresponding detection kits and flow cytometry to measure the changes of immunoglobulins, inflammatory cytokines and T cell subsets in the serum of rats in each group; and western blot to check the expression level of proteins related to JAK/STAT signaling pathway in the skin tissues. Results Knockdown of miR-155 reduced the number and duration of pruritus, alleviated the skin damage, and decreased the number of eosinophils in CSU rats. Moreover, knockdown of miR-155 elevated the serum levels of IgG and IgM, decreased the levels of IgA and inflammatory cytokines, and reduced the proportion of CD4 + and CD4 + CD25 + T cells, as well as the CD4+/CD8 + ratio in CSU rats. However, Tyr705 intervention could reverse the effects of knockdown of miR-155 on CSU model rats. Furthermore, we found that knockdown of miR-155 significantly reduced the protein expression of IRF-9, as well as the P-JAK2/JAK2 and P-STAT3/STAT3 ratios in the skin tissues of CSU rats. Conclusion Knockdown of miR-155 can alleviate skin damage and inflammatory responses and relieve autoimmunity in CSU rats by inhibiting the JAK/STAT3 signaling pathway.