Abstract MicroRNAs (miRNAs) are a novel class of small noncoding RNAs that modulate the expression of genes at the posttranscriptional level. These small molecules have been shown to be involved in cancer, apoptosis, and cell metabolism. In the present study we provide an informative profile of the expression of miRNAs in primary chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells using 2 independent and quantitative methods: miRNA cloning and quantitative real-time–polymerase chain reaction (qRT-PCR) of mature miRNAs. Both approaches show that miR-21 and miR-155 are dramatically overexpressed in patients with CLL, although the corresponding genomic loci are not amplified. miR-150 and miR-92 are also significantly deregulated in patients with CLL. In addition, we detected a marked miR-15a and miR-16 decrease in about 11% of cases. Finally, we identified a set of miRNAs whose expression correlates with biologic parameters of prognostic relevance, particularly with the mutational status of the IgVH genes. In summary, the results of this study offer for the first time a comprehensive and quantitative profile of miRNA expression in CLL and their healthy counterpart, suggesting that miRNAs could play a primary role in the disease itself.

The analysis of microbiota composition in humans, animals, and built environments is important because of emerging roles and applications in a broad range of disease and ecological phenotypes. Next Generation Sequencing is the current method of choice to characterize microbial community composition. The taxonomic profile of a microbial community can be obtained either by shotgun analysis of random DNA fragments or through 16S ribosomal RNA gene (rDNA) amplicon sequencing. It has been previously shown that the 16S rDNA amplicon sequencing approach yields quantitatively and qualitatively different results compared to shotgun metagenomics when the two techniques are used to assess microbial community composition on the same samples. However, most of such comparisons were either based on the recovery of 16S rDNA sequences in the shotgun metagenomics data or limited to a single microbiome or synthetic samples. Direct comparison of shotgun metagenomics and 16S rDNA amplicon sequencing on the same samples was performed only once in the recent literature, suggesting that the two methods yield comparable results. Here, we set out to compare the outcome of these two alternative approaches to the microbiome characterization in human gut microbiomes from stool samples. To this end, we processed six different samples with both techniques. We report here that shotgun next generation sequencing metagenomics allows much deeper characterization of the microbiome complexity, allowing identification of a larger number of species for each sample, compared to 16S rDNA amplicon sequencing. Further comparative studies in independent samples are called for.

Abstract Background and aims Intestinal fibrosis is a common complication of Inflammatory Bowel Disease (IBD), namely Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC), but the precise mechanism by which it occurs is incompletely understood hampering the development of effective therapeutic strategies. Here, we aimed at inducing and characterizing an inflammation-mediated fibrosis in patient-derived organoids (PDOs) issued from crypts isolated from colonic mucosal biopsies of IBD pediatric patients and age matched-control subjects (CTRLs). Methods Inflammatory-driven fibrosis was induced by exposing CTRL-, CD- and UC-PDOs to the pro-inflammatory cytokine TNF-α for one day, followed by a co-treatment with TNF-α and TGF-β1 for three days. Fibrotic response was proven by analyzing inflammatory and fibrotic markers by RT-qPCR and immunofluorescence. Transcriptomic changes were assessed by RNA-sequencing. Results Co-treatment with TNF-α and TGF-β1 caused in CTRL- and IBD-PDOs morphological changes towards a mesenchymal-like phenotype and up-regulation of inflammatory, mesenchymal, and fibrotic markers. Transcriptomic profiling highlighted that in all intestinal PDOs, regardless of the disease, the co-exposure to TNF-α and TGF-β1 regulated EMT genes and specifically increased genes involved in positive regulation of cell migration. Finally, we demonstrated that CD-PDOs display a specific response to fibrosis compared to both CTRL- and UC-PDOs, mainly characterized by upregulation of nuclear factors controlling transcription. Conclusions This study demonstrates that intestinal PDOs may develop an inflammatory-derived fibrosis thus representing a promising tool to study fibrogenesis in IBD. Fibrotic PDOs show increased expression of EMT genes. In particular, fibrotic CD-PDOs display a specific gene expression signature compared to UC and CTRL-PDOs.

Abstract Recently, several protocols repurposing the Illumina flow cells as an RNA capture device for spatial transcriptomics have been reported. These protocols yield high volumes of sequencing data which are usually analyzed through the use of HPC clusters. I report inhere a novel pipeline for the analysis of high resolution spatial transcriptomics datasets obtained on Illumina flow cells. FaST is compatible with OpenST, seq-scope and potentially other protocols. It allows full reconstruction of the spatially resolved transcriptome, including cell segmentation, of datasets consisting of more than 500 M million reads in as little as two hours on a standard multi core workstation with 32 Gb of RAM. The FaST pipeline returns RNA segmented ST datasets suitable for subsequent analysis through commonly used packages (e.g scanpy or seurat). Notably, the pipeline I present relies on the spateo-release package for RNA segmentation, and does not require Hematoxylin/Eosin or any other imaging procedure to guide cell segmentation. Nevertheless, integration with other software for imaging-guided cell segmentation is still possible.