We performed the first proteogenomic characterization of hepatitis B virus (HBV)-related hepatocellular carcinoma (HCC) using paired tumor and adjacent liver tissues from 159 patients. Integrated proteogenomic analyses revealed consistency and discordance among multi-omics, activation status of key signaling pathways, and liver-specific metabolic reprogramming in HBV-related HCC. Proteomic profiling identified three subgroups associated with clinical and molecular attributes including patient survival, tumor thrombus, genetic profile, and the liver-specific proteome. These proteomic subgroups have distinct features in metabolic reprogramming, microenvironment dysregulation, cell proliferation, and potential therapeutics. Two prognostic biomarkers, PYCR2 and ADH1A, related to proteomic subgrouping and involved in HCC metabolic reprogramming, were identified. CTNNB1 and TP53 mutation-associated signaling and metabolic profiles were revealed, among which mutated CTNNB1-associated ALDOA phosphorylation was validated to promote glycolysis and cell proliferation. Our study provides a valuable resource that significantly expands the knowledge of HBV-related HCC and may eventually benefit clinical practice.

Protein-coding genes account for only a small part of the human genome, whereas the vast majority of transcripts make up the non-coding RNAs including long non-coding RNAs (lncRNAs). Accumulating evidence indicates that lncRNAs could play a critical role in regulation of cellular processes such as cell growth and apoptosis as well as cancer progression and metastasis. LncRNA loc285194 was previously shown to be within a tumor suppressor unit in osteosarcoma and to suppress tumor cell growth. However, it is unknown regarding the regulation of loc285194. Moreover, the underlying mechanism by which loc285194 functions as a potential tumor suppressor is elusive. In this study, we show that loc285194 is a p53 transcription target; ectopic expression of loc285194 inhibits tumor cell growth both in vitro and in vivo . Through deletion analysis, we identify an active region responsible for tumor cell growth inhibition within exon 4, which harbors two miR-211 binding sites. Importantly, this loc285194-mediated growth inhibition is in part due to specific suppression of miR-211. We further demonstrate a reciprocal repression between loc285194 and miR-211; in contrast to loc285194, miR-211 promotes cell growth. Finally, we detect downregulation of loc285194 in colon cancer specimens by quantitative PCR arrays and in situ hybridization of tissue microarrays. Together, these results suggest that loc285194 is a p53-regulated tumor suppressor, which acts in part through repression of miR-211.

It is well known that upon stress, the level of the tumor suppressor p53 is remarkably elevated. However, despite extensive studies, the underlying mechanism involving important inter-players for stress-induced p53 regulation is still not fully understood. We present evidence that the human lincRNA-RoR (RoR) is a strong negative regulator of p53. Unlike MDM2 that causes p53 degradation through the ubiquitin-proteasome pathway, RoR suppresses p53 translation through direct interaction with the heterogeneous nuclear ribonucleoprotein I (hnRNP I). Importantly, a 28-base RoR sequence carrying hnRNP I binding motifs is essential and sufficient for p53 repression. We further show that RoR inhibits p53-mediated cell cycle arrest and apoptosis. Finally, we demonstrate a RoR-p53 autoregulatory feedback loop where p53 transcriptionally induces RoR expression. Together, these results suggest that the RoR-hnRNP I-p53 axis may constitute an additional surveillance network for the cell to better respond to various stresses.

Abstract Ample attention has focused on cancer drug delivery via prodrug nanoparticles due to their high drug loading property and comparatively lower side effects. In this study, we designed a PEG-DOX-Cur prodrug nanoparticle for simultaneous delivery of doxorubicin (DOX) and curcumin (Cur) as a combination therapy to treat cancer. DOX was conjugated to PEG by Schiff’s base reaction. The obtained prodrug conjugate could self-assemble in water at pH 7.4 into nanoparticles (PEG-DOX NPs) and encapsulate Cur into the core through hydrophobic interaction (PEG-DOX-Cur NPs). When the PEG-DOX-Cur NPs are internalized by tumor cells, the Schiff’s base linker between PEG and DOX would break in the acidic environment that is often observed in tumors, causing disassembling of the PEG-DOX-Cur NPs and releasing both DOX and Cur into the nuclei and cytoplasma of the tumor cells, respectively. Compared with free DOX, free Cur, free DOX-Cur combination, or PEG-DOX NPs, PEG-DOX-Cur NPs exhibited higher anti-tumor activity in vitro . In addition, the PEG-DOX-Cur NPs also showed prolonged blood circulation time, elevated local drug accumulation and increased tumor penetration. Enhanced anti-tumor activity was also observed from the PEG-DOX-Cur-treated animals, demonstrating better tumor inhibitory property of the NPs. Thus, the PEG-DOX-Cur prodrug nanoparticle system provides a simple yet efficient approach of drug delivery for chemotherapy.

In this study, potassium-doped carbon dots (K-CDs) were added to sodium alginate (NaAlg) hydrogel to yield high-strength, antibacterial, antioxidant NaAlg hydrogel absorbent pads (NaAlg/K-CDs) to absorb chilled pork exudate during storage. The results revealed that the swelling rates of the NaAlg/K-CDs peaked at 3,286.83%, a figure exceeding that of the commercial absorbent pads. Based on the bacterial diversity and richness results, Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) was evidently the dominant spoilage organism during chilled pork storage. On storage day 6, the P. aeruginosa population in the NaAlg/K-CDs hydrogel absorbent pad group was 82% of that in the control group. The total volatile basic nitrogen (TVB-N) value of the NaAlg/K-CDs group remained lower than 0.15 mg/g on day 8. The pH, TVB-N, total viable count (TVC), cooking loss, and volatile odour values of the chilled pork in the NaAlg/K-CDs hydrogel absorbent pad group were significantly lower than those in other absorbent pad groups. Moreover, the colour change and shear force values of the chilled pork in the NaAlg/K-CDs hydrogel absorbent pad group were lower than those in the control and wood fiber paper absorbent pad groups. These results indicate that the shelf life of the NaAlg/K-CDs-packaged chilled pork was extended by 2 days compared with that of the control. Therefore, the NaAlg/K-CDs hydrogel absorbent pads potentially inhibited microbial growth and improved the storage quality of chilled pork. This study provides an alternative solution against traditional chilled pork absorbent pads, further promoting the advancement of fresh meat preservation techniques.

Abstract Uncaria rhynchophylla is an important traditional herbal medicine in China, and the yield and quality of Uncaria rhynchophylla can be improved by suitable soil conditioners because of changing the soil properties. In this paper, Uncaria rhynchophylla associated alkaloids and soil microbial communities were investigated. The field experiment was set up with the following control group: (M1, no soil conditioner) and different soil conditioner treatment groups (M2, biomass ash; M3, water retention agent; M4, biochar; M5, lime powder and M6, malic acid). The results showed that M2 significantly increased the fresh and dry weight and the contents of isorhynchophylline, corynoxeine, isocorynoxeine, and total alkaloids. Acidobacteria, Proteobacteria, Actinobacteria , and Chloroflexi were major bacterial phyla. Correlation analysis showed that fresh and dry weight was significantly positively correlated with Acidobacteria , while alkali-hydrolyzable nitrogen, phosphatase activity, fresh and dry weight, corynoxeine, and isocorynoxeine were significantly negatively correlated with Chloroflexi . The application of soil conditioner M2 increased the abundance of Acidobacteria and decreased the abundance of Chloroflexi , which contributed to improving the soil nutrient content, yield, and quality of Uncaria rhynchophylla . In summary, biomass ash may be a better choice of soil conditioner in Uncaria rhynchophylla growing areas.

Abstract Although self‐assembly has emerged as an effective tool for fabricating biomaterials, achieving precise control over the morphologies and functionalities of the resultant assemblies remains an ongoing challenge. Inspired by the copper peptide naturally present in human plasma, in this study, we designed a synthetic precursor, FcGH. FcGH can self‐assemble via two distinct pathways: spontaneous and Cu 2+ ‐induced. These two assembly pathways enabled the formation of assemblies with tunable morphologies by adjusting the amount of added Cu 2+ . We found that the nanoparticles formed by Cu 2+ ‐induced self‐assembly exhibited a significantly higher cellular uptake efficiency than the wormlike fibers formed spontaneously. Moreover, this Cu 2+ ‐induced assembly process occurred spontaneously at a 1 : 1 molar ratio of Cu 2+ to FcGH, avoiding the excessive use of Cu 2+ and a tedious preparation procedure. By co‐assembling with 10‐hydroxycamptothecin (HCPT)‐conjugated FcGH, Cu 2+ ‐induced supramolecular nanodrugs elicited multiple cell death modalities in cancer cells with elevated immunogenicity, enhancing the therapeutic effect compared to free HCPT. This study highlights Cu 2+ ‐induced self‐assembly as an efficient tool for directing the assembly of nanodrugs and for synergistic tumor therapy.