ClinVar (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/) is a freely available, public archive of human genetic variants and interpretations of their significance to disease, maintained at the National Institutes of Health. Interpretations of the clinical significance of variants are submitted by clinical testing laboratories, research laboratories, expert panels and other groups. ClinVar aggregates data by variant-disease pairs, and by variant (or set of variants). Data aggregated by variant are accessible on the website, in an improved set of variant call format files and as a new comprehensive XML report. ClinVar recently started accepting submissions that are focused primarily on providing phenotypic information for individuals who have had genetic testing. Submissions may come from clinical providers providing their own interpretation of the variant (‘provider interpretation’) or from groups such as patient registries that primarily provide phenotypic information from patients (‘phenotyping only’). ClinVar continues to make improvements to its search and retrieval functions. Several new fields are now indexed for more precise searching, and filters allow the user to narrow down a large set of search results.

ClinVar (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/) at the National Center for Biotechnology Information (NCBI) is a freely available archive for interpretations of clinical significance of variants for reported conditions. The database includes germline and somatic variants of any size, type or genomic location. Interpretations are submitted by clinical testing laboratories, research laboratories, locus-specific databases, OMIM®, GeneReviews™, UniProt, expert panels and practice guidelines. In NCBI's Variation submission portal, submitters upload batch submissions or use the Submission Wizard for single submissions. Each submitted interpretation is assigned an accession number prefixed with SCV. ClinVar staff review validation reports with data types such as HGVS (Human Genome Variation Society) expressions; however, clinical significance is reported directly from submitters. Interpretations are aggregated by variant-condition combination and assigned an accession number prefixed with RCV. Clinical significance is calculated for the aggregate record, indicating consensus or conflict in the submitted interpretations. ClinVar uses data standards, such as HGVS nomenclature for variants and MedGen identifiers for conditions. The data are available on the web as variant-specific views; the entire data set can be downloaded via ftp. Programmatic access for ClinVar records is available through NCBI's E-utilities. Future development includes providing a variant-centric XML archive and a web page for details of SCV submissions.

INTRODUCTION Our understanding of the pathophysiology of psychiatric disorders, including autism spectrum disorder (ASD), schizophrenia (SCZ), and bipolar disorder (BD), lags behind other fields of medicine. The diagnosis and study of these disorders currently depend on behavioral, symptomatic characterization. Defining genetic contributions to disease risk allows for biological, mechanistic understanding but is challenged by genetic complexity, polygenicity, and the lack of a cohesive neurobiological model to interpret findings. RATIONALE The transcriptome represents a quantitative phenotype that provides biological context for understanding the molecular pathways disrupted in major psychiatric disorders. RNA sequencing (RNA-seq) in a large cohort of cases and controls can advance our knowledge of the biology disrupted in each disorder and provide a foundational resource for integration with genomic and genetic data. RESULTS Analysis across multiple levels of transcriptomic organization—gene expression, local splicing, transcript isoform expression, and coexpression networks for both protein-coding and noncoding genes—provides an in-depth view of ASD, SCZ, and BD molecular pathology. More than 25% of the transcriptome exhibits differential splicing or expression in at least one disorder, including hundreds of noncoding RNAs (ncRNAs), most of which have unexplored functions but collectively exhibit patterns of selective constraint. Changes at the isoform level, as opposed to the gene level, show the largest effect sizes and genetic enrichment and the greatest disease specificity. We identified coexpression modules associated with each disorder, many with enrichment for cell type–specific markers, and several modules significantly dysregulated across all three disorders. These enabled parsing of down-regulated neuronal and synaptic components into a variety of cell type– and disease-specific signals, including multiple excitatory neuron and distinct interneuron modules with differential patterns of disease association, as well as common and rare genetic risk variant enrichment. The glial-immune signal demonstrates shared disruption of the blood-brain barrier and up-regulation of NFkB-associated genes, as well as disease-specific alterations in microglial-, astrocyte-, and interferon-response modules. A coexpression module associated with psychiatric medication exposure in SCZ and BD was enriched for activity-dependent immediate early gene pathways. To identify causal drivers, we integrated polygenic risk scores and performed a transcriptome-wide association study and summary-data–based Mendelian randomization. Candidate risk genes—5 in ASD, 11 in BD, and 64 in SCZ, including shared genes between SCZ and BD—are supported by multiple methods. These analyses begin to define a mechanistic basis for the composite activity of genetic risk variants. CONCLUSION Integration of RNA-seq and genetic data from ASD, SCZ, and BD provides a quantitative, genome-wide resource for mechanistic insight and therapeutic development at Resource.PsychENCODE.org. These data inform the molecular pathways and cell types involved, emphasizing the importance of splicing and isoform-level gene regulatory mechanisms in defining cell type and disease specificity, and, when integrated with genome-wide association studies, permit the discovery of candidate risk genes. The PsychENCODE cross-disorder transcriptomic resource. Human brain RNA-seq was integrated with genotypes across individuals with ASD, SCZ, BD, and controls, identifying pervasive dysregulation, including protein-coding, noncoding, splicing, and isoform-level changes. Systems-level and integrative genomic analyses prioritize previously unknown neurogenetic mechanisms and provide insight into the molecular neuropathology of these disorders.

Despite progress in defining genetic risk for psychiatric disorders, their molecular mechanisms remain elusive. Addressing this, the PsychENCODE Consortium has generated a comprehensive online resource for the adult brain across 1866 individuals. The PsychENCODE resource contains ~79,000 brain-active enhancers, sets of Hi-C linkages, and topologically associating domains; single-cell expression profiles for many cell types; expression quantitative-trait loci (QTLs); and further QTLs associated with chromatin, splicing, and cell-type proportions. Integration shows that varying cell-type proportions largely account for the cross-population variation in expression (with >88% reconstruction accuracy). It also allows building of a gene regulatory network, linking genome-wide association study variants to genes (e.g., 321 for schizophrenia). We embed this network into an interpretable deep-learning model, which improves disease prediction by ~6-fold versus polygenic risk scores and identifies key genes and pathways in psychiatric disorders.

INTRODUCTION The brain is responsible for cognition, behavior, and much of what makes us uniquely human. The development of the brain is a highly complex process, and this process is reliant on precise regulation of molecular and cellular events grounded in the spatiotemporal regulation of the transcriptome. Disruption of this regulation can lead to neuropsychiatric disorders. RATIONALE The regulatory, epigenomic, and transcriptomic features of the human brain have not been comprehensively compiled across time, regions, or cell types. Understanding the etiology of neuropsychiatric disorders requires knowledge not just of endpoint differences between healthy and diseased brains but also of the developmental and cellular contexts in which these differences arise. Moreover, an emerging body of research indicates that many aspects of the development and physiology of the human brain are not well recapitulated in model organisms, and therefore it is necessary that neuropsychiatric disorders be understood in the broader context of the developing and adult human brain. RESULTS Here we describe the generation and analysis of a variety of genomic data modalities at the tissue and single-cell levels, including transcriptome, DNA methylation, and histone modifications across multiple brain regions ranging in age from embryonic development through adulthood. We observed a widespread transcriptomic transition beginning during late fetal development and consisting of sharply decreased regional differences. This reduction coincided with increases in the transcriptional signatures of mature neurons and the expression of genes associated with dendrite development, synapse development, and neuronal activity, all of which were temporally synchronous across neocortical areas, as well as myelination and oligodendrocytes, which were asynchronous. Moreover, genes including MEF2C , SATB2 , and TCF4 , with genetic associations to multiple brain-related traits and disorders, converged in a small number of modules exhibiting spatial or spatiotemporal specificity. CONCLUSION We generated and applied our dataset to document transcriptomic and epigenetic changes across human development and then related those changes to major neuropsychiatric disorders. These data allowed us to identify genes, cell types, gene coexpression modules, and spatiotemporal loci where disease risk might converge, demonstrating the utility of the dataset and providing new insights into human development and disease. Spatiotemporal dynamics of human brain development and neuropsychiatric risks. Human brain development begins during embryonic development and continues through adulthood (top). Integrating data modalities (bottom left) revealed age- and cell type–specific properties and global patterns of transcriptional dynamics, including a late fetal transition (bottom middle). We related the variation in gene expression (brown, high; purple, low) to regulatory elements in the fetal and adult brains, cell type–specific signatures, and genetic loci associated with neuropsychiatric disorders (bottom right; gray circles indicate enrichment for corresponding features among module genes). Relationships depicted in this panel do not correspond to specific observations. CBC, cerebellar cortex; STR, striatum; HIP, hippocampus; MD, mediodorsal nucleus of thalamus; AMY, amygdala.

Abstract ClinVar is a freely available, public archive of human genetic variants and interpretations of their relationships to diseases and other conditions, maintained at the National Institutes of Health (NIH). Submitted interpretations of variants are aggregated and made available on the ClinVar website (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/), and as downloadable files via FTP and through programmatic tools such as NCBI’s E-utilities. The default view on the ClinVar website, the Variation page, was recently redesigned. The new layout includes several new sections that make it easier to find submitted data as well as summary data such as all diseases and citations reported for the variant. The new design also better represents more complex data such as haplotypes and genotypes, as well as variants that are in ClinVar as part of a haplotype or genotype but have no interpretation for the single variant. ClinVar's variant-centric XML had its production release in April 2019. The ClinVar website and E-utilities both have been updated to support the VCV (variation in ClinVar) accession numbers found in the variant-centric XML file. ClinVar's search engine has been fine-tuned for improved retrieval of search results.

The expression microarray is a frequently used approach to study gene expression on a genome-wide scale. However, the data produced by the thousands of microarray studies published annually are confounded by “batch effects,” the systematic error introduced when samples are processed in multiple batches. Although batch effects can be reduced by careful experimental design, they cannot be eliminated unless the whole study is done in a single batch. A number of programs are now available to adjust microarray data for batch effects prior to analysis. We systematically evaluated six of these programs using multiple measures of precision, accuracy and overall performance. ComBat, an Empirical Bayes method, outperformed the other five programs by most metrics. We also showed that it is essential to standardize expression data at the probe level when testing for correlation of expression profiles, due to a sizeable probe effect in microarray data that can inflate the correlation among replicates and unrelated samples.

We have observed extensive interindividual differences in DNA methylation of 8590 CpG sites of 6229 genes in 153 human adult cerebellum samples, enriched in CpG island "shores" and at further distances from CpG islands. To search for genetic factors that regulate this variation, we performed a genome-wide association study (GWAS) mapping of methylation quantitative trait loci (mQTLs) for the 8590 testable CpG sites. cis association refers to correlation of methylation with SNPs within 1 Mb of a CpG site. 736 CpG sites showed phenotype-wide significant cis association with 2878 SNPs (after permutation correction for all tested markers and methylation phenotypes). In trans analysis of methylation, which tests for distant regulation effects, associations of 12 CpG sites and 38 SNPs remained significant after phenotype-wide correction. To examine the functional effects of mQTLs, we analyzed 85 genes that were with genetically regulated methylation we observed and for which we had quality gene expression data. Ten genes showed SNP-methylation-expression three-way associations—the same SNP simultaneously showed significant association with both DNA methylation and gene expression, while DNA methylation was significantly correlated with gene expression. Thus, we demonstrated that DNA methylation is frequently a heritable continuous quantitatively variable trait in human brain. Unlike allele-specific methylation, genetic polymorphisms mark both cis- and trans-regulatory genetic sites at measurable distances from their CpG sites. Some of the genetically regulated DNA methylation is directly connected with genetically regulated gene expression variation. We have observed extensive interindividual differences in DNA methylation of 8590 CpG sites of 6229 genes in 153 human adult cerebellum samples, enriched in CpG island "shores" and at further distances from CpG islands. To search for genetic factors that regulate this variation, we performed a genome-wide association study (GWAS) mapping of methylation quantitative trait loci (mQTLs) for the 8590 testable CpG sites. cis association refers to correlation of methylation with SNPs within 1 Mb of a CpG site. 736 CpG sites showed phenotype-wide significant cis association with 2878 SNPs (after permutation correction for all tested markers and methylation phenotypes). In trans analysis of methylation, which tests for distant regulation effects, associations of 12 CpG sites and 38 SNPs remained significant after phenotype-wide correction. To examine the functional effects of mQTLs, we analyzed 85 genes that were with genetically regulated methylation we observed and for which we had quality gene expression data. Ten genes showed SNP-methylation-expression three-way associations—the same SNP simultaneously showed significant association with both DNA methylation and gene expression, while DNA methylation was significantly correlated with gene expression. Thus, we demonstrated that DNA methylation is frequently a heritable continuous quantitatively variable trait in human brain. Unlike allele-specific methylation, genetic polymorphisms mark both cis- and trans-regulatory genetic sites at measurable distances from their CpG sites. Some of the genetically regulated DNA methylation is directly connected with genetically regulated gene expression variation.

INTRODUCTION The human cerebral cortex has undergone an extraordinary increase in size and complexity during mammalian evolution. Cortical cell lineages are specified in the embryo, and genetic and epidemiological evidence implicates early cortical development in the etiology of neuropsychiatric disorders such as autism spectrum disorder (ASD), intellectual disabilities, and schizophrenia. Most of the disease-implicated genomic variants are located outside of genes, and the interpretation of noncoding mutations is lagging behind owing to limited annotation of functional elements in the noncoding genome. RATIONALE We set out to discover gene-regulatory elements and chart their dynamic activity during prenatal human cortical development, focusing on enhancers, which carry most of the weight upon regulation of gene expression. We longitudinally modeled human brain development using human induced pluripotent stem cell (hiPSC)–derived cortical organoids and compared organoids to isogenic fetal brain tissue. RESULTS Fetal fibroblast–derived hiPSC lines were used to generate cortically patterned organoids and to compare oganoids’ epigenome and transcriptome to that of isogenic fetal brains and external datasets. Organoids model cortical development between 5 and 16 postconception weeks, thus enabling us to study transitions from cortical stem cells to progenitors to early neurons. The greatest changes occur at the transition from stem cells to progenitors. The regulatory landscape encompasses a total set of 96,375 enhancers linked to target genes, with 49,640 enhancers being active in organoids but not in mid-fetal brain, suggesting major roles in cortical neuron specification. Enhancers that gained activity in the human lineage are active in the earliest stages of organoid development, when they target genes that regulate the growth of radial glial cells. Parallel weighted gene coexpression network analysis (WGCNA) of transcriptome and enhancer activities defined a number of modules of coexpressed genes and coactive enhancers, following just six and four global temporal patterns that we refer to as supermodules, likely reflecting fundamental programs in embryonic and fetal brain. Correlations between gene expression and enhancer activity allowed stratifying enhancers into two categories: activating regulators (A-regs) and repressive regulators (R-regs). Several enhancer modules converged with gene modules, suggesting that coexpressed genes are regulated by enhancers with correlated patterns of activity. Furthermore, enhancers active in organoids and fetal brains were enriched for ASD de novo variants that disrupt binding sites of homeodomain, Hes1, NR4A2, Sox3, and NFIX transcription factors. CONCLUSION We validated hiPSC-derived cortical organoids as a suitable model system for studying gene regulation in human embryonic brain development, evolution, and disease. Our results suggest that organoids may reveal how noncoding mutations contribute to ASD etiology. Summary of the study, analyses, and main results. Data were generated for iPSC-derived human telencephalic organoids and isogenic fetal cortex. Organoids modeled embryonic and early fetal cortex and show a larger repertoire of enhancers. Enhancers could be divided into activators and repressors of gene expression. We derived networks of modules and supermodules with correlated gene and enhancer activities, some of which were implicated in autism spectrum disorders (ASD).

Much has changed in the last two years at DGVa (http://www.ebi.ac.uk/dgva) and dbVar (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar). We are now processing direct submissions rather than only curating data from the literature and our joint study catalog includes data from over 100 studies in 11 organisms. Studies from human dominate with data from control and case populations, tumor samples as well as three large curated studies derived from multiple sources. During the processing of these data, we have made improvements to our data model, submission process and data representation. Additionally, we have made significant improvements in providing access to these data via web and FTP interfaces.