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Hongwei Chen
Author with expertise in Role of Neutrophil Extracellular Traps in Immunity
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Insights from multi-omic modeling of neurodegeneration in xeroderma pigmentosum using an induced pluripotent stem cell system

Cherif Badja et al.May 27, 2024
Xeroderma pigmentosum (XP) is caused by defective nucleotide excision repair of DNA damage. This results in hypersensitivity to ultraviolet light and increased skin cancer risk, as sunlight-induced photoproducts remain unrepaired. However, many XP patients also display early-onset neurodegeneration, which leads to premature death. The mechanism of neurodegeneration is unknown. Here, we investigate XP neurodegeneration using pluripotent stem cells derived from XP patients and healthy relatives, performing functional multi-omics on samples during neuronal differentiation. We show substantially increased levels of 5′,8-cyclopurine and 8-oxopurine in XP neuronal DNA secondary to marked oxidative stress. Furthermore, we find that the endoplasmic reticulum stress response is upregulated and reversal of the mutant genotype is associated with phenotypic rescue. Critically, XP neurons exhibit inappropriate downregulation of the protein clearance ubiquitin-proteasome system (UPS). Chemical enhancement of UPS activity in XP neuronal models improves phenotypes, albeit inadequately. Although more work is required, this study presents insights with intervention potential.
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Genome-Wide Analysis of the PLATZ Gene Family in Oryza Genus: Evolution, Expression During Inflorescence Development and Stress Responses

Hongwei Chen et al.Jan 4, 2025
The PLATZ gene family, known for its pivotal roles in regulating plant growth, development, and stress responses, is of great significance in rice biology and crop improvement efforts. In this study, we undertook a comprehensive identification and analysis of the PLATZ gene family across 10 Oryza genus species, including both cultivated and wild rice varieties. A total of 144 PLATZ genes were identified, demonstrating their widespread distribution. Phylogenetic analysis revealed six distinct groups among these genes, with high sequence similarity among members indicating a common evolutionary origin and potential functional conservation. Further analysis of conserved motifs, domains, and promoter regions provided insights into the transcriptional regulation and potential functions of PLATZ genes. Notably, expression profiling showed differential expression patterns of specific PLATZ genes, such as OsPLATZ7, OsPLATZ9, and OsPLATZ11, under various abiotic stress conditions and hormone treatments, highlighting their important roles in stress adaptation and hormone signaling. Additionally, the consistently high expression of OsPLATZ9 across multiple tissues suggests its involvement in multiple developmental processes. Overall, this study provides a detailed characterization of the PLATZ gene family in rice, laying the foundation for future functional studies and potential applications in agricultural biotechnology.
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Isolation of Human BAMBI<sup>high</sup>MFGE8<sup>high</sup> Umbilical Cord-Derived Mesenchymal Stromal Cells

Shanshan Liu et al.Jan 10, 2025
Umbilical cord-derived mesenchymal stromal/stem cells (UC-MSCs) present low immunogenicity and potent immunomodulatory effects for treating various diseases. Human UC-MSCs are a heterogeneous population consisting of three main subpopulations with different cell shapes, proliferation rates, differentiation abilities, and immune regulatory functions. Previously, BAMBIhighMFGE8high UC-MSCs, the first subgroup successfully isolated from UC-MSCs were found to fail to alleviate lupus nephritis. Hence, the function and underlying mechanism of this subgroup in MSC therapy for diseases remains unknown. It is necessary to isolate and further investigate BAMBIhighMFGE8high UC-MSCs in terms of their phenotype, metabolism, and function to completely understand the nature of this MSC subgroup. In this protocol, we describe a detailed method for isolating the BAMBIhighMFGE8high subpopulation from human UC-MSCs. The subpopulation of UC-MSCs is labeled with two surface markers, BAMBI and MFGE8, by flow cytometry sorting. The isolated cells are cultured and verified by flow cytometry analysis. The specific genes expressed in the BAMBIhighMFGE8high UC-MSCs are identified by RT-qPCR. This protocol results in highly efficient and pure cell sorting and describes the marker profiles of the BAMBIhighMFGE8high UC-MSCs.