Abstract Glyphosate, widely used to manage weeds in cassava crops, simultaneously inhibits cassava growth, necessitating the development of herbicide-tolerant cassava varieties. In this study, screened 262 cassava varieties, identifying the glyphosate-resistant (GR) variety ZM8701 and the glyphosate-sensitive (GS) variety SC9. Transcriptomic analysis via Illumina sequencing revealed differentially expressed genes associated with resistance, including Cytochrome P450, GST, GT, ABC transporters, and others such as MIOX1, LHCA1, PPH, HSP26, HSP83A, and UGT73C5. Notably, the EMB3004 gene, involved in the biosynthesis of aromatic amino acids, was significantly upregulated in resistant varieties, suggesting a key role in countering glyphosate’s inhibition of the shikimic acid pathway. These genes are pivotal in enhancing cell wall biosynthesis, optimizing photosynthesis, and improving detoxification processes. This research elucidated the molecular mechanisms underlying cassava’s resistance to glyphosate, thereby laying the groundwork for breeding programs aimed at developing herbicide-resistant varieties. Graphical Abstract

Chicken coccidiosis is a protozoan disease that leads to considerable economic losses in the poultry industry. Live oocyst vaccination is currently the most effective measure for the prevention of coccidiosis. However, it provides limited protection with several drawbacks, such as poor immunological protection and potential reversion to virulence. Therefore, the development of effective and safe vaccines against chicken coccidiosis is still urgently needed.

Abstract This study tackles the persistent prognostic and management challenges of clear cell renal cell carcinoma (ccRCC), despite advancements in multimodal therapies. Focusing on anoikis, a critical form of programmed cell death in tumor progression and metastasis, we investigated its resistance in cancer evolution. Using single-cell RNA sequencing from seven ccRCC patients, we assessed the impact of anoikis-related genes (ARGs) and identified differentially expressed genes (DEGs) in Anoikis-related epithelial subclusters (ARESs). Additionally, six ccRCC RNA microarray datasets from the GEO database were analyzed for robust DEGs. A novel risk prognostic model was developed through LASSO and multivariate Cox regression, validated using BEST, ULCAN, and RT-PCR. The study included functional enrichment, immune infiltration analysis in the tumor microenvironment (TME), and drug sensitivity assessments, leading to a predictive nomogram integrating clinical parameters. Results highlighted dynamic ARG expression patterns and enhanced intercellular interactions in ARESs, with significant KEGG pathway enrichment in MYC + Epithelial subclusters indicating enhanced anoikis resistance. Additionally, all ARESs were identified in the spatial context, and their locational relationships were explored. Three key prognostic genes—TIMP1, PECAM1, and CDKN1A—were identified, with the high-risk group showing greater immune infiltration and anoikis resistance, linked to poorer prognosis. This study offers a novel ccRCC risk signature, providing innovative approaches for patient management, prognosis, and personalized treatment.

Soyasaponins, recognized for their anti-inflammatory and antioxidant effects, have not yet been fully explored for their role in combating enterotoxigenic

Abstract African swine fever virus (ASFV) belongs to nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs), the only member of Asfarviridae. So far, it is revealed that the ASFV uncoating is a pH-dependent process undergone in late endosomes. But, the research on how pH affects capsid stability is limited, and which protein plays an essential role in pH sensing remains unknown. In this study, we identified the main component of the ASFV capsid -- major capsid protein p72, as a pH sensitive residue abundance protein, and it is speculated that the conformational change of the p72 trimer is possibly responsible for the ASFV uncoating process. To test this speculation, we obtained recombinant p72 trimers, treated with the acidic environment that simulated endosomes and displayed structural analysis. The results showed that the p72 trimer depolymerized at low pH. The depolymerization of trimers rationally explains the disassembly mechanism of the ASFV icosahedral capsid in endosomes.

Helicobacter pylori (H. pylori), one of the most prevalent pathogenic bacteria worldwide, is the leading cause of gastritis, gastric intestinal metaplasia, and gastric cancer. Antibiotics, the conventional treatment for eliminating H. pylori, often lead to severe bacterial resistance, gut dysbiosis, and hepatic insufficiency and fail to address the inflammatory response or gastric mucosal damage caused by H. pylori infection. In this study, based on 10-week animal experiments, two models of L. salivarius NCUH062003 for the prophylaxis and therapy of H. pylori infection in C57BL/6 mice were established; a comprehensive comparative analysis was performed to investigate the anti-H. pylori effect of probiotics, the reduction in inflammation, and repair of gastric mucosal damage. ELISA, immunohistochemistry, and pathology analyses showed that NCUH062003 decreased the expression of pro-inflammatory cytokine interleukins (IL-1β, IL-6) and myeloperoxidase (MPO) and reduced neutrophil infiltration in the gastric mucosa lamina propria. Immunofluorescence and biochemical analysis showed that NCUH062003 resisted gastric epithelial cell apoptosis, increased the level of superoxide dismutase (SOD) in gastric mucosa, and promoted the expression of tight junction protein ZO1 and Occludin. In addition, through high-throughput sequencing, in the probiotic therapy and prophylactic mode, the diversity and composition of the gut microbiota of HP-infected mice were clarified, the potential functions of the gut microbiota were analyzed, the levels of short-chain fatty acids (SCFAs) were measured, and the effects of L. salivarius NCUH062003 on the gut microbiota and its metabolites in HP-infected mice treated with amoxicillin/metronidazole were revealed. This study provides functional strain resources for the development and application of microbial agents seeking to antagonize H. pylori beyond antibiotics.

Butterflies serve as valuable indicators of urban ecosystem quality. Due to their accessibility, they also provide urban residents with essential opportunities to connect with nature, fulfilling social functions such as education and recreation, which significantly contribute to city dwellers’ physical and mental well-being. Urban mountain parks are critical habitats for butterflies; analyzing their spatial and temporal distribution and the impact of plant elements is crucial for enhancing plant landscape quality and butterfly diversity. The main results were as follows: (1) A monthly butterfly survey was carried out over the course of a year in the seven urban mountain parks of Fuzhou City. This survey recorded 46 species of butterflies from 36 genera across 7 families, totaling 2506 butterflies. (2) Among the seven habitat types analyzed, TS-, T-, and SG-habitats exhibited elevated levels of butterfly diversity, richness, abundance, and evenness. There were variations in butterfly evenness, diversity, richness, and abundance observed between these habitats. With the exception of N-habitat, there was a consistent seasonal pattern in butterfly diversity across different habitat types. (3) Butterfly diversity and abundance were significantly correlated with vegetation habitat factors across the tree, shrub, and herb layers. Multiple regression modeling using the Akaike information criterion revealed that arbor layer vegetation factors were present in the top four models for butterfly diversity, richness, abundance, and evenness. (4) The quality assessment of different habitat types ranked habitats as follows: TS-habitat > SG-habitat > TSG-habitat > T-habitat > TG-habitat > G-habitat = N-habitat.

As practice patterns and hepatitis C virus (HCV) genotypes (GT) vary geographically, a global real-world study from both East and West covering all GTs can help inform practice policy toward the 2030 HCV elimination goal. This study aimed to assess the effectiveness and tolerability of DAA treatment in routine clinical practice in a multinational cohort for patients infected with all HCV GTs, focusing on GT3 and GT6.