Fruit trees provide significant economic and ecological benefits and have become an important source of income for many rural households. However, orchards are known to be hotspots for reactive nitrogen loss, including N2O emissions and NH3 volatilization. Despite this, there is a lack of quantitative understanding regarding N2O emissions and NH3 volatilization associated with different nitrogen fertilizer (NF) management practices (fertilizer source, fertilizer method, fertilizer frequency, and fertilizer rate), as well as the key influencing factors. Therefore, we conducted a comprehensive meta-analysis of 285 observations from 42 published articles. Our results showed that NF significantly increased N2O emissions and NH3 volatilization in orchards by 236.1% and 233.7%, respectively, compared to no N fertilizer (NNF). The most important influencing factors were management practices (especially NF rate), climate factors (especially mean annual temperature and mean annual precipitation), and soil properties (soil bulk density and soil organic matter). We also found a linear positive correlation between NF rates and N2O emissions and NH3 volatilization. The responses of different fruit species (apple, citrus, grape, olive, peach, and banana) orchards to N2O emissions and NH3 volatilization varied under NF, and the risk of N2O emissions and NH3 volatilization in olive and grape orchards under NF was smaller. Soil with <1.4 g cm−3 bulk density and ≤ 10 g kg–1 organic matter is beneficial for mitigating the risk of N2O emissions and NH3 volatilization under NF. It was recommended that one-time application of organic manure be used for fruit cultivation in regions with a mean annual temperature (MAT) ranging from 10 to 15 ℃ and mean annual precipitation (MAP) ranging from 0 to 600 mm, particularly under irrigated conditions. Our findings provide guidance for optimizing NF management in orchards to improve N use efficiency and mitigate environmental pollution risks.