Abstract The development of new therapeutic targets for cancer immunotherapies and the development of new biomarkers require deep understanding of T cells. To date, the complete landscape and systematic characterization of long noncoding RNAs (lncRNAs) in T cells in cancer immunity are lacking. Here, by systematically analyzing full-length single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data of more than 20,000 T cell libraries across three cancer types, we provide the first comprehensive catalog and the functional repertoires of lncRNAs in human T cells. Specifically, we developed a custom pipeline for de novo transcriptome assembly obtaining 9,433 novel lncRNA genes that increased the number of current human lncRNA catalog by 16% and nearly doubled the number of lncRNAs expressed in T cells. We found that a portion of expressed genes in single T cells were lncRNAs which have been overlooked by the majority of previous studies. Based on metacell maps constructed by MetaCell algorithm that partition scRNA-seq datasets into disjointed and homogenous groups of cells (metacells), 154 signature lncRNAs associated with effector, exhausted, and regulatory T cell states are identified, 84 of which are functionally annotated based on co-expression network, indicating that lncRNAs might broadly participate in regulation of T cell functions. Our findings provide a new point of view and resource for investigating the mechanisms of T cell regulation in cancer immunity as well as for novel cancer-immune biomarker development and cancer immunotherapies.

Herein, a palladium-catalyzed diastereoselective dearomatization/cross-coupling cyclization reaction between

Background Few studies have analysed oxaliplatin-induced adverse events (ADEs) in the immune system and skin and subcutaneous tissues through pharmacovigilance. We used this approach to analyse the risk of such ADEs when oxaliplatin combined with immune checkpoint inhibitors (ICIs). Methods We evaluated the association between oxaliplatin and ADEs in the immune system and skin and subcutaneous tissues using the reporting odd ratio (ROR) for mining the ADE report signals in the FDA Adverse Event Reporting System database. Risk factors were analyzed using a binary logistic regression analysis using the sex and age of the patients. Results There were 40,474 reports of oxaliplatin as primary suspect drug or second suspect drug. The signal intensities of ADEs such as type II hypersensitivity, type I hypersensitivity, type III immune complex–mediated reaction, anaphylactoid shock and cytokine release syndrome were high in PTs classified by SOC as immune system disorders; in the PTs classified as skin and subcutaneous tissue disorders by SOC, the signal intensities of ADEs such as skin toxicity, skin reaction, rash maculo-papular and skin fissures were higher. In the risk assessment between the two groups, rash showed an increased risk in the oxaliplatin-ICI group, with an OR of 1.96. Nivolumab in combination with oxaliplatin had an OR of 2.196 and an adjusted OR of 2.231. Combined with pembrolizumab, OR was 2.762 and the adjusted OR was 2.678. Conclusion Type II hypersensitivity shows a stronger pharmacovigilance signal. Oxaliplatin in combination with nivolumab or pembrolizumab has been shown to increase the risk of rash.

This study investigates innovative approaches to improve the quality and aroma characteristics of Muscat Hamburg wine production by substituting the conventional