Insects are the most speciose group of animals, but the phylogenetic relationships of many major lineages remain unresolved. We inferred the phylogeny of insects from 1478 protein-coding genes. Phylogenomic analyses of nucleotide and amino acid sequences, with site-specific nucleotide or domain-specific amino acid substitution models, produced statistically robust and congruent results resolving previously controversial phylogenetic relations hips. We dated the origin of insects to the Early Ordovician [~479 million years ago (Ma)], of insect flight to the Early Devonian (~406 Ma), of major extant lineages to the Mississippian (~345 Ma), and the major diversification of holometabolous insects to the Early Cretaceous. Our phylogenomic study provides a comprehensive reliable scaffold for future comparative analyses of evolutionary innovations among insects.

We report here the genome sequence of an ancient human. Obtained from ∼4,000-year-old permafrost-preserved hair, the genome represents a male individual from the first known culture to settle in Greenland. Sequenced to an average depth of 20×, we recover 79% of the diploid genome, an amount close to the practical limit of current sequencing technologies. We identify 353,151 high-confidence single-nucleotide polymorphisms (SNPs), of which 6.8% have not been reported previously. We estimate raw read contamination to be no higher than 0.8%. We use functional SNP assessment to assign possible phenotypic characteristics of the individual that belonged to a culture whose location has yielded only trace human remains. We compare the high-confidence SNPs to those of contemporary populations to find the populations most closely related to the individual. This provides evidence for a migration from Siberia into the New World some 5,500 years ago, independent of that giving rise to the modern Native Americans and Inuit. For the first time, the sequence of a near-complete nuclear genome has been obtained from the tissue of an ancient human. It comes from permafrost-preserved hair, about 4,000 years old, of a male palaeo-Eskimo of the Saqqaq culture, the earliest known settlers in Greenland. Functional single-nucleotide polymorphism (SNP) assessment was used to assign possible phenotypic characteristics. The analysis provides evidence for a migration from Siberia into the New World some 5,500 years ago, independent of the migration that gave rise to the modern Native Americans and Inuit. Elsewhere in the issue we profile the paper's last author Eske Willerslev, who headed the project and found the lock of hair in a Copenhagen museum basement — after a fruitless search among the archaeological sites of Peary Land. The first genome sequence of an ancient human is reported. It comes from an approximately 4,000-year-old permafrost-preserved hair from a male from the first known culture to settle in Greenland. Functional single-nucleotide polymorphism (SNP) assessment is used to assign possible phenotypic characteristics and high-confidence SNPs are compared to those of contemporary populations to find those most closely related to the individual.

Differentiation of murine epidermal stem/progenitor cells involves the permanent withdrawal from the cell cycle, the synthesis of various protein and lipid components for the cornified envelope, and the controlled dissolution of cellular organelles and nuclei. Deregulated epidermal differentiation contributes to the development of various skin diseases, including skin cancers. With a genome-wide shRNA screen, we identified vesicle-associated membrane protein 2 (VAMP2) as a critical factor involved in skin differentiation. Deletion of VAMP2 leads to aberrant skin stratification and enucleation in vivo. With quantitative proteomics, we further identified an autophagy protein, focal adhesion kinase family interacting protein of 200 kDa (FIP200), as a binding partner of VAMP2. Additionally, we showed that both VAMP2 and FIP200 are critical for murine keratinocyte enucleation and epidermal differentiation. Loss of VAMP2 or FIP200 enhances cutaneous carcinogenesis in vivo. Together, our findings identify important molecular mechanisms underlying epidermal differentiation and skin tumorigenesis.

Purpose: To evaluate changes of hydroxyproline concentration and its influencing factors of small incision lenticule extraction (SMILE)-derived corneal stromal lenticules with different preservation methods. Methods: A total of 390 corneal stromal lenticules of 195 patients were derived from SMILE surgeries. Thirty of the lenticules were classified as the fresh (control) group, and the rest were randomly and evenly divided and stored in anhydrous glycerol, silicone oil, Optisol, and cryopreservation for 1 day, 1 week, or 1 month. A hydroxyproline assay kit (ab222941, Abcam) was used to measure the hydroxyproline concentration in each preservation method. Concentrations of MMP-2, TIMP-2, TNFα, TGFβ2, and reactive oxygen species were also evaluated. Results: In the anhydrous glycerol group, the concentration of hydroxyproline decreased within 1 week (fresh: 1 dΔ = 0.229, P < 0.001*; 1 d − 1 wΔ = 0.055, P < 0.001*) while that in the silicone oil group remained stable in 1 week (1 d − 1 wΔ = −0.005, P = 0.929) and decreased significantly in 1 m (1 m − 1 wΔ = −0.041, P = 0.003*). The sequence of hydroxyproline concentration in the Optisol group was 1 m > 1 day > 1 week. Hydroxyproline concentration in the cryopreservation group decreased within 1 m. Hydroxyproline concentration was highest in the Optisol group and lowest in the anhydrous glycerol group under the same preservation time. Hydroxyproline concentration was negatively correlated with MMP-2 (r = −0.16, P = 0.421) and TIMP-2 (r = −0.56, P = 0.002*) while MMP-2 and TNFα (r = 0.17, P = 0.242), TIMP-2 and TGFβ2 (r = 0.21, P = 0.207), and TNFα and reactive oxygen species (r = 0.52, P = 0.007*) were positively correlated. Conclusions: More collagen was retained in SMILE lenticules preserved in Optisol under the same preservation time. The mechanism of the changes of collagen in preserved SMILE-derived lenticules and oxidative stress requires additional investigation.

Sinocrassula Berger is a member of the Crassulaceae. Here, we have described and illustrated Sinocrassula ganluoensis, a new species distributed in Sichuan Province, based on both morphology and molecular evidence. The new species can be easily distinguished from other Sinocrassula species. Morphologically, S. ganluoensis is similar to S. ambigua, S. indica var. obtusifolia, and S. jiaozishanensis in having glabrous plant and reddish-purple petals, but the new species has plants compact rosettes, orbicular-lanceolate basal leaves, and nearly quadrate nectar scales. Phylogenetic analysis also showed that S. ganluoensis forms an independent branch.