Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
YL
Yanting Li
Author with expertise in Idiopathic Pulmonary Fibrosis: Diagnosis and Management
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
16
(38% Open Access)
Cited by:
446
h-index:
26
/
i10-index:
60
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Transcriptome analysis reveals the key network of axillary bud outgrowth modulated by topping in citrus

Yanting Li et al.May 29, 2024
Topping, an important tree shaping and pruning technique, can promote the outgrowth of citrus axillary buds. However, the underlying molecular mechanism is still unclear. In this study, spring shoots of Citrus reticulata 'Huagan No.2' were topped and transcriptome was compared between axillary buds of topped and untopped shoots at 6 and 11 days after topping (DAT). 1944 and 2394 differentially expressed genes (DEGs) were found at 6 and 11 DAT, respectively. KEGG analysis revealed that many DEGs were related to starch and sucrose metabolism, signal transduction of auxin, cytokinin and abscisic acid. Specially, transcript levels of auxin synthesis, transport, and signaling-related genes (SAURs and ARF5), cytokinin signal transduction related genes (CRE1, AHP and Type-A ARRs), ABA signal responsive genes (PYL and ABF) were up-regulated by topping; while transcript levels of auxin receptor TIR1, auxin responsive genes AUX/IAAs, ABA signal transduction related gene PP2Cs and synthesis related genes NCED3 were down-regulated. On the other hand, the contents of sucrose and fructose in axillary buds of topped shoots were significantly higher than those in untopped shoots; transcript levels of 16 genes related to sucrose synthase, hexokinase, sucrose phosphate synthase, endoglucanase and glucosidase, were up-regulated in axillary buds after topping. In addition, transcript levels of genes related to trehalose 6-phosphate metabolism and glycolysis/tricarboxylic acid (TCA) cycle, as well to some transcription factors including Pkinase, Pkinase_Tyr, Kinesin, AP2/ERF, P450, MYB, NAC and Cyclin_c, significantly responded to topping. Taken together, the present results suggested that topping promoted citrus axillary bud outgrowth through comprehensively regulating plant hormone and carbohydrate metabolism, as well as signal transduction. These results deepened our understanding of citrus axillary bud outgrowth by topping and laid a foundation for further research on the molecular mechanisms of citrus axillary bud outgrowth.
0
Citation1
0
Save
0

Identification of an inflammatory response-related gene prognostic signature and immune microenvironment for cervical cancer

Zhuna Wu et al.Jun 6, 2024
Background: Cervical cancer (CC) is the fourth most common cancer among women worldwide. As part of the brisk cross-talk between the host and the tumor, prognosis can be affected through inflammatory responses or the tumor microenvironment. However, further exploration of the inflammatory response-related genes that have prognostic value, microenvironment infiltration, and chemotherapeutic therapies in CC is needed. Methods: The clinical data and mRNA expression profiles of CC patients were downloaded from a public database for this study. In the TCGA cohort, a multigene prognostic signature was constructed by least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) and Cox analyses. CC patients from the GEO cohort were used for validation. K‒M analysis was used to compare overall survival (OS) between the high- and low-risk groups. Univariate and multivariate Cox analyses were applied to determine the independent predictors of OS. The immune cell infiltration and immune-related functional score were calculated by single-sample gene set enrichment analysis (GSEA). Immunohistochemistry was utilized to validate the protein expression of prognostic genes in CC tissues. Results: A genetic signature model associated with the inflammatory response was built by LASSO Cox regression analysis. Patients in the high-risk group had a significantly lower OS rate. The predictive ability of the prognostic genes was evaluated by means of receiver operating characteristic (ROC) curve analysis. The risk score was confirmed to be an independent predictor of OS by univariate and multivariate Cox analyses. The immune status differed between the high-risk and low-risk groups, and the cancer-related pathways were enriched in the high-risk group according to functional analysis. The risk score was significantly related to tumor stage and immune infiltration type. The expression levels of five prognostic genes (LCK, GCH1, TNFRSF9, ITGA5, and SLC7A1) were positively related to sensitivity to antitumor drugs. Additionally, the expression of prognostic genes was significantly different between CC tissues and myoma patient cervix (non-tumorous) tissues in the separate sample cohort. Conclusion: A model consisting of 5 inflammation-related genes can be used to predict prognosis and influence immune status in CC patients. Furthermore, the inhibition or enhancement of these genes may become a novel alternative therapy.
0

Diesel exhaust exposure induced squamous metaplasia of corneal epithelium via yes-associated protein activation

Xiaoya Ji et al.Aug 1, 2024
Atmospheric pollution has been demonstrated to be associated with ocular surface diseases characterized by corneal epithelial damage, including impaired barrier function and squamous metaplasia. However, the specific mechanisms underlying the impact of atmospheric pollution on corneal damage are still unknow. To address this gap in knowledge, we conducted a study using a whole-body exposure system to investigate the detrimental effects of traffic-related air pollution, specifically diesel exhaust (DE), on corneal epithelium in C57BL/6 mice over a 28-day period. Following DE exposure, the pathological alterations in corneal epithelium, including significant increase in corneal thickness and epithelial stratification, were observed in mice. Additionally, exposure to DE was also shown to disrupt the barrier functions of corneal epithelium, leading to excessive proliferation of basal cells and even causing squamous metaplasia in corneal epithelium. Further studies have found that the activation of yes-associated protein (YAP), characterized by nuclear translocation, may play a significant role in DE-induced corneal squamous metaplasia. In vitro assays confirmed that DE exposure triggered the YAP/β-catenin pathway, resulting in squamous metaplasia and destruction of barrier functions. These findings provide the preliminary evidence that YAP activation is one of the mechanisms of the damage to corneal epithelium caused by traffic-related air pollution. These findings contribute to the knowledge base for promoting eye health in the context of atmospheric pollution.
0

A Study of the Relationship Between the Severity of Posterior Capsular Opacification Detected by Objective Detection Techniques and Visual Acuity

Ziyue Song et al.May 24, 2024
Purpose: To explore the severity of posterior capsule opacification (PCO) using objective detection techniques and its relationship with visual acuity. Setting: The First Affiliated Hospital of Soochow University, Suzhou, Jiangsu, China. Design: Prospective cohort study. Methods: All patients underwent slit-lamp examination, intraocular pressure measurement (IOP), best-corrected visual acuity (BCVA) before neodymium: yttrium aluminium garnet (Nd:YAG) laser capsulotomy, followed by examination after fully dilated, including IOLMaster 700, optical coherence tomography (OCT), Sirius anterior segment analysis system (Sirius), color fundus photography (CFP). Conducting BCVA and IOP post-treatment again. Recording the thickness and density of posterior capsule, color fundus photography quality (CFPQ) and OCT Signal Strength (OCTSS). Analysis using Spearman correlation analysis, heatmaps, and ROC curves. Results: A total of 83 eyes in 78 patients were included in this study. Spearman correlation analysis revealed correlations between pre-treatment BCVA and IOLMaster 700 PCO thickness (MT), IOLMaster 700 cumulative effect (MCE), Sirius PCO thickness (ST), Sirius maximum density (SMD), Sirius cumulative effect (SCE), OCTSS, and CFPQ (correlation coefficients were 0.500, 0.484, 0.465, -0.256, 0.317, -0.442, -0.412, all P<0.05). The improvement of Vision Acuity (ImpVA) showed correlations with MT, MCE, ST, SCE, OCTSS, and CFPQ (correlation coefficients were -0.452, -0.471, -0.346, -0.278, 0.320, 0.381, all P<0.05). For ImpVA, the predictive ability of IOLMaster 700 was superior to Sirius, and the joint model was significantly better than single factors. Conclusions: Posterior capsule thickness and cumulative effect were reliable indicators for evaluating PCO. Compared to Sirius, IOLMaster 700 demonstrates superior predictive ability and higher correlation.
0

Trans-kingdom sRNA silencing in the prevention and control of crop Fusarium wilt disease

Xinmin Huang et al.Jan 17, 2025
Abstract The Fusarium oxysporum species complex (FOSC), comprising a multitude of soil borne fungal pathogens, represent a major group of plant invaders that cause vascular wilt diseases of crops worldwide. Although sexual reproduction is nebulous in the FOSC, horizontal gene transfer (also well known as trans-kingdom) may contribute to the observed diversity in pathogenic strains. Concerning the safety and costly process of generating genetically modified crops, a plant-disease management strategy not reliant on transgenic approaches remains the most economic and environmental-friendly option. Here, we highlight the current scenario via beginning with F. oxysporum formae speciales and races as well as caused Fusarium wilt disease in field. Subsequently, based on the mechanisms by which small RNA (sRNA) acts in gene silencing, especially in bidirectionally trans-kingdom sRNA silencing between F. oxysporum and their hosts in the development of disease, we summarize technological breakthroughs like Spray-Induced Gene Silencing (SIGS) technology in the developing and applying to protect crops from Fusarium wilt disease. Given that SIGS has been developed and recently applied in controlling crop Fusarium wilt diseases, we propose a potential prevention and control system to exploit crop Fusarium -vasculature interaction leading to further study trans-kingdom sRNA silencing.
Load More