Abstract Malus hybrid ‘SH6’ (M. honanensis × M. domestica )is a commonly used apple interstock in China, known for its excellent dwarfing characteristics and cold tolerance. In this study, a combined strategy utilizing PacBio HiFi, Hi-C and parental resequencing data were employed to assemble two haploid genomes for ‘SH6’. After chromosome anchoring, the final hapH genome size was 596.63 Mb, with a contig N50 of 34.38 Mb. The hapR genome was 649.37 Mb, with a contig N50 of 36.84 Mb. Further analysis predicted that repeated sequences made up 59.69% and 62.52% of the entire genome, respectively. Gene annotations revealed 45,435 genes for hapH and 48,261 genes for hapR. Combined with genomic synteny we suggest that the hapR genome originates from its maternal parent M. domestica cv. Ralls Janet, while the hapH genome comes from its paternal parent, M. honanensis . The assembled genome significantly contributes to the discovery of genes associated with apple dwarfing and the molecular mechanisms governing them.

Abstract The ‘Red Fuji’ apple ( Malus domestica ), is one of the most important and popular economic crops worldwide in the fruit industry. Using PacBio HiFi long reads and Hi-C reads, we assembled a high-quality haplotype-resolved genome of ‘Red Fuji’, with sizes of 668.7 and 668.8 Mb, and N50 sizes of 34.1 and 31.4 Mb. About 97.2% of sequences were anchored in 34 chromosomes. We annotated both haploid genomes, identifying a total of 95,439 protein-coding genes in the two haplotype genomes, with 98% functional annotation. The haplotype-resolved genome of ‘Red Fuji’ apple stands as a precise benchmark for an array of analyses, such as comparative genomics, transcriptomics, and allelic expression studies. This comprehensive resource is paramount in unraveling variations in allelic expression, advancing quality improvements, and refining breeding efforts.

摘要: 为了探讨拉萨地块晚白垩世岩浆作用的深部动力学机制,对中拉萨地块南缘门巴花岗闪长岩开展了岩相学、年代学、岩石地球化学及矿物化学研究. LA-ICP-MS锆石U-Pb定年表明门巴花岗闪长岩侵位于晚白垩世(83.2 Ma±0.9 Ma). 岩石地球化学特征显示门巴花岗闪长岩为埃达克质岩石,电子探针数据揭示斜长石属于中-奥长石(An:16.2~34.7). 综合分析本文认为门巴花岗闪长岩的母岩浆为幔源镁铁质岩浆底侵诱发加厚下地壳熔融并与之发生混合作用的结果. 结合晚白垩世岩浆岩成岩环境及时空分布特征,认为拉萨地块南部晚白垩世岩浆作用主要受新特提斯洋脊俯冲控制,软流圈地幔沿洋中脊裂隙板片窗上涌诱引了南拉萨地块南缘晚白垩世大规模岩浆作用,而软流圈物质沿切割洋中脊的转换断层撕裂板片窗上涌诱发了近似垂直前者分布的小规模板内岩浆作用. 关键词: 拉萨地块 / 晚白垩世 / 埃达克质岩石 / 岩浆混合 / 洋脊俯冲 / 板片窗 / 岩石学

The felsic volcanogenic tuff known as ‘green bean rock’ (GBR) and its carbonates are widely dispersed across the western Yangtze Block. This study investigates the origin, tectonic setting and genesis of GBR, as well as the environmental disruptions evident in carbonates from the western edge of the Yangtze Block. The analyses include mineralogy, whole‐rock geochemistry and the isotopic composition of zircon Hf, carbon and oxygen in GBR samples from the western edge of the Yangtze Block. The geochemical profile of GBR shows enriched LREE, Th and U content, depleted levels of Nb, Ta, Sr, Ba, K, Rb and Ti, and strong‐to‐moderate negative Eu anomalies (δEu = 0.15–0.18). Zircon Hf isotopes exhibit S‐type geochemical affinities with low negative εHf( t ) values (−13.3 to −5.7) and TDM 2 ages of 1684–2110 Ma. This suggests that the volcanic ashes originate from the magma of an intermediate to felsic composition. X‐ray directionality data show that the most prevalent clay minerals are illite and illite/smectite. Lithium fixed in these minerals is likely to have leached from brine. Early Triassic variances in δ 13 C profiles are reliable indicators of environmental disturbances, pointing to cycles of devastation and restoration in marine ecosystems, interspersed with extraneous events including volcanic activity. The study posits that volcano eruptions may have prolonged biotic recovery after the end‐Permian mass extinction.

Lysosomes in astrocytes play vital roles in toxic protein degradation in the brain. Lysosomal dysfunction can lead to abnormal protein deposits, which further induce damage to neurons and the blood–brain barrier (BBB), and thereby affect the interaction between the nervous and vascular systems. Therefore, investigating the interactions between astrocytes with lysosomal dysfunction and BBB cells is of significant importance. However, the lack of effective in vitro models hinders the study of this complex system. Herein, an 8-well arrayed microfence multicell interculture chip (AMMIC) with a hydrophilically optimized surface is introduced for investigating the interactions between astrocytes and BBB cells. Then, a novel lysosome-targeted photosensitizer, IVQ-2Br, is synthesized for inducing controllable oxidative stress damage in the lysosomes of astrocytes. By the combination of the 8-well AMMIC and IVQ-2Br, a model for studying the interactions between astrocytes with lysosomal dysfunction and BBB cells has been constructed. Particularly, severe secondary injuries to BBB cells brought about by oxidative stress, including alterations in cell morphology and activity as well as notable DNA damage, are in situ observed on the 8-well AMMIC. The mediators involved in this oxidative stress injury-mediated intercellular communication are validated to be reactive oxygen species (ROS) and exosomes. This work not only presents an in vitro modeling method for studying cell–cell interactions but also demonstrates the potential of in vitro models constructed through the integration of complex microfluidic chip techniques and photosensitizers for advancing biomedical research.

Commercial pregnancy test strips (PTS) possess the advantages of lower price, higher stability, and better repeatability and have been popularized to integrate with novel sensing strategies to detect other disease biomarkers, which accelerates the commercialization process of those novel sensing strategies. However, the current integration of novel sensing strategies into commercial PTS still faced the problems of insufficient quantification, low sensitivity, and lack of multiple detection capabilities. Hence, we proposed the concept of "visual classification recognition, spectral signal subdivision" for multiple hepatocellular carcinoma biomarkers (miRNA122 and miRNA233) detection with dual signals based on asymmetric competitive CRISPR (acCRISPR) and surface-enhanced Raman spectroscopy coupling with PTS, named the acCRISPR-PTS-SERS assay. In this assay, acCRISPR was used as a nonamplified cascaded signal amplification method to improve the sensitivity of detection. Two AuNPs-based core-shell Raman tags, each corresponding to different miRNA biomarkers, were used to achieve both visual recognition and spectral segmentation to enhance the quantification of PTS detection and the capability for multiple detection. Under the optimal conditions, the LOD for miRNA122 and miRNA223 were 10.36 and 4.65 fM, respectively. The sensitivity was enhanced by nearly 2 orders of magnitude. In the future, simultaneous hand-held detection for fingerprint barcodes of different cancers can be achieved with the assistance of a microfluidic chip and smartphone.

Cultured meat needs edible bio-scaffolds that provide not only a growth milieu for muscle and adipose cells, but also biomimetic stiffness and tissue-sculpting topography. Current meat-engineering technologies struggle to achieve scalable cell production, efficient cell differentiation, and tissue maturation in one single culture system. Here we propose an autoclaving strategy to transform common vegetables into muscle- and adipose-engineering scaffolds, without undergoing conventional plant decellularization. We selected vegetables with natural anisotropic and isotropic topology mimicking muscle and adipose microstructures respectively. We further adjusted vegetable stiffness by autoclaving, to emulate the mechanical properties of animal tissues. Autoclaved vegetables preserve rich cell-affinitive moieties, yielding a good cell culture effect with simplified processing. Autoclaved Chinese chive and Shiitake mushroom with anisotropic micro-patterns support the scalable expansion of muscle cells, improved cell alignment and myogenesis. Autoclaved isotropic loofah encourages adipocyte proliferation and lipid accumulation. Our engineered muscle- and fat-on-vegetables can further construct meat stuffing or layered meat chips. Autoclaved vegetables possess tissue-mimicking stiffness and topology, and bring biochemical benefits, operational ease, cost reduction and bioreactor compatibility. Without needing decellularization, these natural biomaterials may see scale-up applications in meat analog bio-fabrication. Traditional cultured meat scaffolds employ animal-derived biomaterials or intricate manufacturing, but plant-based scaffolds offer an appealing alternative. Here the authors present a simple shortcut method to transform common vegetables into edible bioscaffolds via autoclaving, which mimics meat stiffness and microstructure.