Whole-grain foods are rich in bound polyphenols (BPs) whose health benefits were largely underestimated compared with free polyphenols. We first found that DFBP (dietary fiber with BPs from oat bran) exhibited stronger colonic antioxidant activities than DF. 16S rRNA sequencing showed that DFBP selectively changed gut microbial composition, which reciprocally released BPs from DFBP. Released polyphenols from DFBP reduced excessive colonic ROS and exhibited colonic antioxidant activities via the ROS/Akt/Nrf2 pathway revealed by transcriptome and western blot analysis. Colonic antioxidant activities of DFBP mediated by gut microbiota were next proven by treating mice with broad-spectrum antibiotics. Next, Clostridium butyricum, as a distinguished bacterium after DFBP intervention, improved colonic antioxidant capacities synergistically with DFBP in HFD-fed mice. This was explained by the upregulated mRNA expression of esterase, and cellulase of Clostridium butyricum participated in releasing BPs. Our results would provide a solid basis for explaining the health benefits of whole grains.