YL
Yifu Liu
Author with expertise in Population Genetic Structure and Dynamics
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(43% Open Access)
Cited by:
3
h-index:
17
/
i10-index:
32
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Adaptive divergence, historical population dynamics, and simulation of suitable distributions for Picea Meyeri and P. Mongolica at the whole-genome level

Yifu Liu et al.May 30, 2024
Abstract The taxonomic classification of Picea meyeri and P. mongolica has long been controversial. To investigate the genetic relatedness, evolutionary history, and population history dynamics of these species, genotyping-by-sequencing (GBS) technology was utilized to acquire whole-genome single nucleotide polymorphism (SNP) markers, which were subsequently used to assess population structure, population dynamics, and adaptive differentiation. Phylogenetic and population structural analyses at the genomic level indicated that although the ancestor of P. mongolica was a hybrid of P. meyeri and P. koraiensis , P. mongolica is an independent Picea species. Additionally, P. mongolica is more closely related to P. meyeri than to P. koraiensis , which is consistent with its geographic distribution. There were up to eight instances of interspecific and intraspecific gene flow between P. meyeri and P. mongolica . The P. meyeri and P. mongolica effective population sizes generally decreased, and Maxent modeling revealed that from the Last Glacial Maximum (LGM) to the present, their habitat areas decreased initially and then increased. However, under future climate scenarios, the habitat areas of both species were projected to decrease, especially under high-emission scenarios, which would place P. mongolica at risk of extinction and in urgent need of protection. Local adaptation has promoted differentiation between P. meyeri and P. mongolica . Genotype‒environment association analysis revealed 96,543 SNPs associated with environmental factors, mainly related to plant adaptations to moisture and temperature. Selective sweeps revealed that the selected genes among P. meyeri , P. mongolica and P. koraiensis are primarily associated in vascular plants with flowering, fruit development, and stress resistance. This research enhances our understanding of Picea species classification and provides a basis for future genetic improvement and species conservation efforts.
0
Citation2
0
Save
0

Antibiotic-induced gut microbiota disruption promotes vascular calcification by reducing short-chain fatty acid acetate

Shi-Yu Zeng et al.Aug 24, 2024
Abstract Background Vascular calcification is a common vascular lesion associated with high morbidity and mortality from cardiovascular events. Antibiotics can disrupt the gut microbiota (GM) and have been shown to exacerbate or attenuate several human diseases. However, whether antibiotic-induced GM disruption affects vascular calcification remains unclear. Methods Antibiotic cocktail (ABX) treatment was utilized to test the potential effects of antibiotics on vascular calcification. The effects of antibiotics on GM and serum short-chain fatty acids (SCFAs) in vascular calcification mice were analyzed using 16 S rRNA gene sequencing and targeted metabolomics, respectively. Further, the effects of acetate, propionate and butyrate on vascular calcification were evaluated. Finally, the potential mechanism by which acetate inhibits osteogenic transformation of VSMCs was explored by proteomics. Results ABX and vancomycin exacerbated vascular calcification. 16 S rRNA gene sequencing and targeted metabolomics analyses showed that ABX and vancomycin treatments resulted in decreased abundance of Bacteroidetes in the fecal microbiota of the mice and decreased serum levels of SCFAs. In addition, supplementation with acetate was found to reduce calcium salt deposition in the aorta of mice and inhibit osteogenic transformation in VSMCs. Finally, using proteomics, we found that the inhibition of osteogenic transformation of VSMCs by acetate may be related to glutathione metabolism and ubiquitin-mediated proteolysis. After adding the glutathione inhibitor Buthionine sulfoximine (BSO) and the ubiquitination inhibitor MG132, we found that the inhibitory effect of acetate on VSMC osteogenic differentiation was weakened by the intervention of BSO, but MG132 had no effect. Conclusion ABX exacerbates vascular calcification, possibly by depleting the abundance of Bacteroidetes and SCFAs in the intestine. Supplementation with acetate has the potential to alleviate vascular calcification, which may be an important target for future treatment of vascular calcification.