Evolview is an online visualization and management tool for customized and annotated phylogenetic trees. It allows users to visualize phylogenetic trees in various formats, customize the trees through built-in functions and user-supplied datasets and export the customization results to publication-ready figures. Its ‘dataset system’ contains not only the data to be visualized on the tree, but also ‘modifiers’ that control various aspects of the graphical annotation. Evolview is a single-page application (like Gmail); its carefully designed interface allows users to upload, visualize, manipulate and manage trees and datasets all in a single webpage. Developments since the last public release include a modern dataset editor with keyword highlighting functionality, seven newly added types of annotation datasets, collaboration support that allows users to share their trees and datasets and various improvements of the web interface and performance. In addition, we included eleven new ‘Demo’ trees to demonstrate the basic functionalities of Evolview, and five new ‘Showcase’ trees inspired by publications to showcase the power of Evolview in producing publication-ready figures. Evolview is freely available at: http://www.evolgenius.info/evolview/.

Abstract The Para rubber tree ( Hevea brasiliensis ) is an economically important tropical tree species that produces natural rubber, an essential industrial raw material. Here we present a high-quality genome assembly of this species (1.37 Gb, scaffold N50 = 1.28 Mb) that covers 93.8% of the genome (1.47 Gb) and harbours 43,792 predicted protein-coding genes. A striking expansion of the REF/SRPP (rubber elongation factor/small rubber particle protein) gene family and its divergence into several laticifer-specific isoforms seem crucial for rubber biosynthesis. The REF/SRPP family has isoforms with sizes similar to or larger than SRPP1 (204 amino acids) in 17 other plants examined, but no isoforms with similar sizes to REF1 (138 amino acids), the predominant molecular variant. A pivotal point in Hevea evolution was the emergence of REF1, which is located on the surface of large rubber particles that account for 93% of rubber in the latex (despite constituting only 6% of total rubber particles, large and small). The stringent control of ethylene synthesis under active ethylene signalling and response in laticifers resolves a longstanding mystery of ethylene stimulation in rubber production. Our study, which includes the re-sequencing of five other Hevea cultivars and extensive RNA-seq data, provides a valuable resource for functional genomics and tools for breeding elite Hevea cultivars.

Infant botulism is caused by botulinum neurotoxin (BoNT), which is mainly produced by

Recombination is one of the most important mechanisms of prokaryotic species evolution but its exact roles are still in debate. Here we try to infer genome-wide recombination events within a species utilizing a dataset of 104 complete genomes of Escherichia coli from diverse origins, among which 45 from world-wide animal-hosts are in-house sequenced using SMRT (single-molecular real time) technology. Two major clades are identified based on evidences of ecological and physiological characteristics, as well as distinct genomic features implying scarce inter-clade genetic exchange. By comparing the synteny of identical fragments genome-widely searched for each genome pair, we achieve a fine-scale map of recombination within the population. The recombination is rather extensive within clade, which is able to break linkages between genes but does not interrupt core genome framework and primary metabolic portfolios possibly due to natural selection for physiological compatibility and ecological fitness. Meanwhile, the recombination between clades declines drastically as the phylogenetic distance increases, generally 10-fold reduced than those of the intra-clade, which establishes genetic barrier between clades. These empirical data of recombination suggest its critical role in the early stage of speciation, where recombination rate differs according to phylogentic distance. The extensive intra-clade recombination coheres sister strains into a quasi-sexual group and optimizes genes or alleles to streamline physiological activities, whereas shapely declined inter-clade recombination split the population into clades adaptive to divergent ecological niches.

Background Numerous studies have confirmed that gut microbiota plays a crucial role in the progression of cirrhosis. However, the contribution of gut fungi in cirrhosis is often overlooked due to the relatively low abundance. Methods We employed 16S ribosomal RNA sequencing, internal transcribed spacer sequencing, and untargeted metabolomics techniques to investigate the composition and interaction of gut bacteria, fungi, and metabolites in cirrhotic patients. Results Cirrhotic patients exhibited significant differences in the diversity and composition of gut microbiota and their metabolites in cirrhotic patients compared to healthy individuals. Increase in pathogenic microbial genera and a decrease in beneficial microbial genera including bacteria and fungi were observed. Various clinical indexes were closely connected with these increased metabolites, bacteria, fungi. Additionally, endoscopic treatment was found to impact the gut microbiota and metabolites in cirrhotic patients, although it did not significantly alter the gut ecology. Finally, we constructed a cirrhosis diagnostic model based on different features (bacteria, fungi, metabolites, clinical indexes) with an AUC of 0.938. Conclusion Our findings revealed the characteristics of gut microbial composition and their intricate internal crosstalk in cirrhotic patients, providing cutting-edge explorations of potential roles of gut microbes in cirrhosis.