AT
Anne Thomas
Author with expertise in Genomic Landscape of Cancer and Mutational Signatures
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
12
(75% Open Access)
Cited by:
5,181
h-index:
53
/
i10-index:
148
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Human umbilical cord blood as a potential source of transplantable hematopoietic stem/progenitor cells.

H Broxmeyer et al.May 1, 1989
The purpose of this study was to evaluate human umbilical cord blood as an alternative to bone marrow in the provision of transplantable stem/progenitor cells for hematopoietic reconstitution. Although no direct quantitative assay for human hematopoietic repopulating cells is at present available, the granulocyte-macrophage progenitor cell (CFU-GM) assay has been used with success as a valid indicator of engrafting capability. We examined greater than 100 collections of human umbilical cord blood for their content of nucleated cells and granulocyte-macrophage, erythroid (BFU-E), and multipotential (CFU-GEMM) progenitor cells, in many cases both before and after cryopreservation. First it was determined that granulocyte-macrophage, erythroid, and multipotential progenitor cells remained functionally viable in cord blood untreated except for addition of anticoagulant for at least 3 days at 4 degrees C or 25 degrees C (room temperature), though not at 37 degrees C, implying that these cells could be satisfactorily studied and used or cryopreserved for therapy after transport of cord blood by overnight air freight carriage from a remote obstetrical service. Granulocyte-macrophage progenitor cells from cord blood so received responded normally to stimulation by purified recombinant preparations of granulocyte-macrophage, granulocyte, and macrophage colony-stimulating factors and interleukin 3. The salient finding, based on analysis of 101 cord blood collections, is that the numbers of progenitor cells present in the low-density (less than 1.077 gm/ml) fraction after Ficoll/Hypaque separation typically fell within the range that has been reported for successful engraftment by bone marrow cells. Another observation of practical importance is that procedures to remove erythrocytes or granulocytes prior to freezing, and washing of thawed cells before plating, entailed large losses of progenitor cells, the yield of unwashed progenitor cells from unfractionated cord blood being many times greater. The provisional inference is that human umbilical cord blood from a single individual is typically a sufficient source of cells for autologous (syngeneic) and for major histocompatibility complex-matched allogeneic hematopoietic reconstitution.
0
Citation1,220
0
Save
0

Control of mating preferences in mice by genes in the major histocompatibility complex.

Kenshi Yamasaki et al.Nov 1, 1976
When a male mouse is presented with two H-2 congenic two female in estrus, his choice of a mate is influenced by their H-2 types. The term "strain preference" is used to describe the general tendency of the male population of one inbred strain to prefer two female of one H-2 type rather than another. The term "consistency of choice" is used to describe the added tendency of particular two males of one inbred strain, in sequential mating trials, to prefer two females of the H-2 type they chose in previous trials. Statistical analysis showed trends in the data that support the following conclusions: (a) The choice is made by the male, not the female. (b) The strain preference of two males may favor two females of dissimilar H-2 type (four of six comparisons), or of similar H-2 type (one of six comparisons). (c) Consistency of choice does not always correspond with strain preference. In one of six comparisons of H-2 genotypes there was no strain preference but pronounced consistency of choice by individual two male.This suggests memory, but fortuitous bias is not excluded. (d) Strain preference of the same male population may favor two male of the same or a different H-2 type, depending on which different H-2 type is offered as the choice alternative to self.These findings conform to a provisional model in which olfactory mating preference is governed by two linked genes in the region of H-2, one for the female signal and one for the male receptor. These mating preferences could in natural populations serve the purpose of increasing the representation of particular H-2 haplotypes or of maintaining heterozygosity of genes in the region of H-2.
0
Citation677
0
Save
0

Dynamic Contrast-Enhanced Magnetic Resonance Imaging As a Biomarker for the Pharmacological Response of PTK787/ZK 222584, an Inhibitor of the Vascular Endothelial Growth Factor Receptor Tyrosine Kinases, in Patients With Advanced Colorectal Cancer and Liver Metastases: Results From Two Phase I Studies

Bruno Morgan et al.Sep 30, 2003
PTK787/ZK 222584 (PTK/ZK), an orally active inhibitor of vascular endothelial growth factor (VEGF) receptor tyrosine kinases, inhibits VEGF-mediated angiogenesis. The pharmacodynamic effects of PTK/ZK were evaluated by assessing changes in contrast-enhancement parameters of metastatic liver lesions using dynamic contrast-enhanced magnetic resonance imaging (DCE-MRI) in patients with advanced colorectal cancer treated in two ongoing, dose-escalating phase I studies.Twenty-six patients had DCE-MRI performed at baseline, day 2, and at the end of each 28-day cycle. Doses of oral PTK/ZK ranged from 50 to 2000 mg once daily. Tumor permeability and vascularity were assessed by calculating the bidirectional transfer constant (Ki). The percentage of baseline Ki (% of baseline Ki) at each time point was compared with pharmacokinetic and clinical end points.A significant negative correlation exists between the % of baseline Ki and increase in PTK/ZK oral dose and plasma levels (P =.01 for oral dose; P =.0001 for area under the plasma concentration curve at day 2). Patients with a best response of stable disease had a significantly greater reduction in Ki at both day 2 and at the end of cycle 1 compared with progressors (mean difference in % of baseline Ki, 47%, P =.004%; and 51%, P =.006; respectively). The difference in % of baseline Ki remained statistically significant after adjusting for baseline WHO performance status.These findings should help to define a biologically active dose of PTK/ZK. These results suggest that DCE-MRI may be a useful biomarker for defining the pharmacological response and dose of angiogenesis inhibitors, such as PTK/ZK, for further clinical development.
0

Panitumumab versus cetuximab in patients with chemotherapy-refractory wild-type KRAS exon 2 metastatic colorectal cancer (ASPECCT): a randomised, multicentre, open-label, non-inferiority phase 3 study

Timothy Price et al.Apr 14, 2014
Background The anti-EGFR monoclonal antibodies panitumumab and cetuximab are effective in patients with chemotherapy-refractory wild-type KRAS exon 2 metastatic colorectal cancer. We assessed the efficacy and toxicity of panitumumab versus cetuximab in these patients. Methods For this randomised, open-label, phase 3 head-to-head study, we enrolled patients (from centres in North America, South America, Europe, Asia, Africa, and Australia) aged 18 years or older with chemotherapy-refractory metastatic colorectal cancer, an Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) performance status of 2 or less, and wild-type KRAS exon 2 status. Using a computer-generated randomisation sequence, we assigned patients (1:1; stratified by geographical region and ECOG performance status, with a permuted block method) to receive panitumumab (6 mg/kg once every 2 weeks) or cetuximab (initial dose 400 mg/m2; 250 mg/m2 once a week thereafter). The primary endpoint was overall survival assessed for non-inferiority (retention of ≥50% of the cetuximab treatment effect; historical hazard ratio [HR] for cetuximab plus best supportive care vs best supportive care alone of 0·55). The primary analysis included patients who received one or more dose of panitumumab or cetuximab, analysed per allocated treatment. Recruitment for this trial is closed. The trial is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT01001377. Findings Between Feb 2, 2010, and July 19, 2012, we enrolled and randomly allocated 1010 patients, 999 of whom began study treatment: 499 received panitumumab and 500 received cetuximab. For the primary analysis of overall survival, panitumumab was non-inferior to cetuximab (Z score −3·19; p=0·0007). Median overall survival was 10·4 months (95% CI 9·4–11·6) with panitumumab and 10·0 months (9·3–11·0) with cetuximab (HR 0·97; 95% CI 0·84–1·11). Panitumumab retained 105·7% (81·9–129·5) of the effect of cetuximab on overall survival seen in this study. The incidence of adverse events of any grade and grade 3–4 was similar across treatment groups. Grade 3–4 skin toxicity occurred in 62 (13%) patients given panitumumab and 48 (10%) patients given cetuximab. The occurrence of grade 3–4 infusion reactions was lower with panitumumab than with cetuximab (one [<0·5%] patient vs nine [2%] patients), and the occurrence of grade 3–4 hypomagnesaemia was higher in the panitumumab group (35 [7%] vs 13 [3%]). We recorded one treatment-related fatal adverse event: a lung infection in a patient given cetuximab. Interpretation Our findings show that panitumumab is non-inferior to cetuximab and that these agents provide similar overall survival benefit in this population of patients. Both agents had toxicity profiles that were to be expected. In view of the consistency in efficacy and toxicity seen, small but meaningful differences in the rate of grade 3–4 infusion reactions and differences in dose scheduling can guide physician choice of anti-EGFR treatment. Funding Amgen Inc.
0
Citation417
0
Save
0

A Phase I, Multicenter, Open-Label, First-in-Human, Dose-Escalation Study of the Oral Smoothened Inhibitor Sonidegib (LDE225) in Patients with Advanced Solid Tumors

Jordi Rodón et al.Feb 13, 2014
Abstract Purpose: This phase I trial was undertaken to determine the maximum tolerated dose (MTD), dose-limiting toxicities (DLT), safety, tolerability, pharmacokinetics, pharmacodynamics, and preliminary antitumor activity of the novel smoothened inhibitor sonidegib (LDE225), a potent inhibitor of hedgehog signaling, in patients with advanced solid tumors. Experimental Design: Oral sonidegib was administered to 103 patients with advanced solid tumors, including medulloblastoma and basal cell carcinoma (BCC), at doses ranging from 100 to 3,000 mg daily and 250 to 750 mg twice daily, continuously, with a single-dose pharmacokinetics run-in period. Dose escalations were guided by a Bayesian logistic regression model. Safety, tolerability, efficacy, pharmacokinetics, and biomarkers in skin and tumor biopsies were assessed. Results: The MTDs of sonidegib were 800 mg daily and 250 mg twice daily. The main DLT of reversible grade 3/4 elevated serum creatine kinase (18% of patients) was observed at doses ≥ the MTD in an exposure-dependent manner. Common grade 1/2 adverse events included muscle spasm, myalgia, gastrointestinal toxicities, increased liver enzymes, fatigue, dysgeusia, and alopecia. Sonidegib exposure increased dose proportionally up to 400 mg daily, and displayed nonlinear pharmacokinetics at higher doses. Sonidegib exhibited exposure-dependent reduction in GLI1 mRNA expression. Tumor responses observed in patients with medulloblastoma and BCC were associated with evidence of hedgehog pathway activation. Conclusions: Sonidegib has an acceptable safety profile in patients with advanced solid tumors and exhibits antitumor activity in advanced BCC and relapsed medulloblastoma, both of which are strongly associated with activated hedgehog pathway, as determined by gene expression. Clin Cancer Res; 20(7); 1900–9. ©2014 AACR.
0

An optimised patient-derived explant platform for breast cancer reflects clinical responses to chemotherapy and antibody-directed therapy

Constantinos Demetriou et al.Jun 4, 2024
Abstract Breast Cancer is the most common cancer among women globally. Despite significant improvements in overall survival, many tumours are refractory to therapy and so novel approaches are required to improve patient outcomes. We have evaluated patient-derived explants (PDEs) as a novel preclinical platform for breast cancer (BC) and implemented cutting-edge digital pathology and multi-immunofluorescent approaches for investigating biomarker changes in both tumour and stromal areas at endpoint. Short-term culture of intact fragments of BCs as PDEs retained an intact immune microenvironment, and tumour architecture was augmented by the inclusion of autologous serum in the culture media. Cell death/proliferation responses to FET chemotherapy in BC-PDEs correlated significantly with BC patient progression-free survival ( p = 0.012 and p = 0.0041, respectively) and cell death responses to the HER2 antibody therapy trastuzumab correlated significantly with HER2 status ( p = 0.018). These studies show that the PDE platform combined with digital pathology is a robust preclinical approach for informing clinical responses to chemotherapy and antibody-directed therapies in breast cancer. Furthermore, since BC-PDEs retain an intact tumour architecture over the short-term, they facilitate the preclinical testing of anti-cancer agents targeting the tumour microenvironment.
0
Citation1
0
Save
0

Clear cell adenocarcinoma of the cervix and its mimickers - A series of 19 cases from a tertiary care referral centre in India

Anne Thomas et al.Jun 4, 2024
ABSTRACT Clear cell adenocarcinoma (CCAC) of cervix is a rare subtype of endocervical adenocarcinoma that accounts for 4% of all cervical adenocarcinoma with many morphological mimickers. Retrospectively study cases of cervical clear cell adenocarcinoma of the cervix. Clinical profile and pathological features of CCAC of the cervix diagnosed between 2018-2022 were retrospectively analyzed.The database of the Department of Pathology of our institute was systematically searched for patients diagnosed with clear cell adenocarcinoma of the cervix during 2018-2022.A total of 19 patients were studied with the mean age of patients being 53.72 years (range 25 -84 yrs,standard deviation-25.9) and median tumor size being 5.6cm. Lymph node metastasis was identified in 33.3% and distant metastasis were seen in 20% of the cases. Staging could not be done in 4 cases.FIGO staging of the cases included IB1(2 cases), IB2(2 cases), IIB (3 cases),IIIA (1 case)IIIB(4 cases),and IV(3 cases). On histopathological evaluation, heterogeneous architectural pattern comprising of tubulocystic, solid, and papillary patterns were seen in 13 cases (13/19,68.4%). Pure tubulocystic (3/19,15.7%), pure papillary (2/19,10.5%), and pure solid patterns (1/19,5.3%) were also identified. Tumor cells with clear cytoplasm ranged from 5% to 95%. Nuclear atypia was moderate to marked in all the cases (19/19,100%). Mitotic activity varied from 1/10hpf to 20-22/10hpf. By immunohistochemistry, tumor was positive for Napsin A in all the cases,p16INK4a was negative in majority of cases (15/19,78.9%) and ER was negative in 14 cases (14/19,73.7%) .p53 showed wild type staining except for one case . Clear cell adenocarcinoma being a rare subtype of cervical adenocarcinoma, needs to be differentiated from other Human Papilloma Virus(HPV) independent adenocarcinomas (gastric and mesonephric types) and benign entities such as endocervical glandular Arias-Stella reaction. Judicious use of a panel of immunostains is often helpful.
Load More