Clinical and imaging examinations frequently have indeterminate results during cancer surveillance, which can lead to overtreatment and cause psychological and financial harm to the patient. This study addresses the critical need to enhance diagnostic precision and decision-making in the management of HPV-associated oropharyngeal cancer. This study evaluated the utility of tumor tissue-modified viral (TTMV)-HPV DNA to resolve indeterminate disease status following definitive treatment for HPV-associated oropharyngeal cancer.

Human papillomavirus (HPV) is causally linked to oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC). Testing for plasma tumor tissue modified viral (TTMV)-HPV DNA has emerged as a biomarker strategy for post-treatment surveillance to identify recurrent disease. We aimed to understand the prognostic and predictive potential of TTMV-HPV DNA when monitoring patients who had developed recurrent or metastatic (R/M) HPV+OPSCC.

e15045 Background: Human papillomavirus (HPV) is an oncogenic driver of several human cancers, including those of the anal canal, uterine cervix, and head and neck (predominantly oropharynx). Despite advancements in our understanding of HPV-related cancers, there remains an unmet need for a comprehensive biomarker-driven registry to establish correlations between biomarker detectability and clinicopathologic features in patients diagnosed and treated for HPV-driven cancers. To address this need, the NAVigate-HPV Registry has been established to systematically collect and analyze integrated biomarker and clinical data from many U.S. cancer centers. Methods: NavDx (Naveris, Inc.) is a clinically validated blood-based assay detecting circulating cell-free tumor tissue modified viral (TTMV)-HPV DNA. The NAVigate-HPV Registry is a web-based data platform based on a centrally IRB approved protocol. Participating investigators will include providers that order NavDx tests in the routine clinical care of their patients and agree to the terms and conditions for use of the registry. Eligible subjects will have or have had an HPV-driven cancer (with an initial focus on HPV-driven oropharynx cancer with confirmatory tissue testing) and have received one or more NavDx blood tests during routine clinical care. Clinical data and TTMV-HPV DNA scores will be collected at enrollment and defined intervals over five years or until death. Results: In the initial phase, the registry has enlisted participation and established a steering committee composed of a representative from each of 14 institutions. These institutions are geographically diverse centers ranging from community hospitals to clinics and academic medical facilities. An IRB protocol governing the registry will maintain ethical standards, ensuring compliance and ethical conduct throughout the registry process. Data extraction methods have been previously established to evaluate an initial cohort of 543 patients (Hanna GJ, Roof SA, et. al 2023). Conclusions: Naveris and collaborators have together successfully launched the NAVigate-HPV registry with the aim of creating a robust database linking tumor biomarker results from NavDx with clinical outcomes data for HPV-related cancers. The NAVigate-HPV database is expected to encompass more than 1,000 patients within 1 year and grow to > 5,000 patients within 5 years, serving as a powerful tool for precision cancer medicine in this patient cancer population. Establishing this registry will deepen insights into HPV-related cancers and advance diagnostic and therapeutic approaches to improve patient outcomes.

Background: The incidence and mortality of anal squamous cell carcinoma (ASCC) are rising, with greater than 80% of cases linked to human papillomavirus (HPV), primarily HPV16. Post-treatment surveillance can be challenging due to the limitations of anoscopy, digital anal rectal exam (DARE), and imaging. Plasma tumor tissue modified viral (TTMV)-HPV DNA has shown strong sensitivity, specificity, and predictive value in detecting the recurrence of HPV-driven oropharyngeal cancer. Here, we investigate the ability of TTMV-HPV DNA for the early recurrence detection of ASCC. Methods: This retrospective clinical case series included 117 patients with HPV-driven ASCC across 7 U.S. centers, monitored with TTMV-HPV DNA during routine clinical care between March 2020 and June 2024. Physician-reported clinical data and biomarker testing data were combined to create a comprehensive, longitudinal dataset for evaluating test performance metrics. Results: Patients had a median age of 63 years and median post-diagnosis follow-up of 19 months. HPV status was primarily confirmed by TTMV-HPV DNA (52%) or p16 immunohistochemistry (39%). Of those tested for TTMV-HPV DNA pretreatment, 85% had a positive result. TTMV-HPV DNA clearance during or within three months post-treatment was associated with significantly better recurrence-free survival. The per-patient surveillance sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV), and negative predictive value (NPV) were 82.8%, 98.4%, 96.0%, and 92.5%. Of 24 patients with a documented recurrence and a positive TTMV-HPV DNA test, the test was the first evidence of recurrence in 14 patients (58.3%), with a median lead time of 59 days (range: 10–536). TTMV-HPV DNA accurately resolved 94.3% of cases with indeterminate clinical findings. Conclusions: TTMV-HPV DNA testing provides a sensitive and specific approach for detecting patients with recurrent ASCC and resolving the status of patients with indeterminate clinical findings.

Abstract Purpose: Detecting minimal residual disease (MRD) has emerged as a key strategy in oncology for identifying those at high risk of relapse. Circulating tumor tissue modified viral (TTMV)-HPV DNA has emerged as a promising biomarker in HPV-driven oropharyngeal cancer. Prior studies have largely focused on detection beyond three months post-treatment. This study evaluated the ability of TTMV-HPV DNA to detect MRD immediately after initial or salvage treatment. Patients and Methods: This IRB-approved, retrospective cohort study included 171 patients across eight U.S. centers who had pathologically confirmed HPV-driven oropharyngeal cancer. Patients received at least one TTMV-HPV DNA test (NavDx®, Naveris, Inc.) done between zero and three months of treatment between February 2020 and April 2022. Minimum four months of follow-up was required for patient inclusion. Test results were correlated with physician-reported exams, imaging studies, and biopsies. Results: Patients were primarily White (94%) and male (86%) and were a median age at diagnosis of 60 years (range: 31 - 81). Primary tumors were located in the tonsil or base of tongue (94%) and were mostly T1-T2 (77%), N1 (66%), and M0 (98%). Patients had a median follow-up of 17 months after the completion of initial definitive treatment (range: 4-96 months). In this cohort, 198 tests conducted in 171 patients were evaluable. A total of 14 patients had both biopsy-confirmed pathologic recurrences and relevant post-treatment testing data in relation to the recurrence, with a median disease-free interval of three months (range: 1-16). Within this cohort, TTMV-HPV DNA testing demonstrated a per-patient sensitivity of 85.7% (12/14, 95% CI: 67-100). The positive predictive value (PPV) of a single TTMV-HPV DNA test within the first three months following treatment was 86.7% (13/15, 95% CI: 69.5-100). Six of the positive tests (46.2%) preceded clinical recurrence detection by a median lead-time of 36 days (range: 21-97). Test positivity following initial definitive treatment was significantly associated with worse recurrence-free survival (log-rank test, p<0.0001; hazard ratio: 21). The two patients with false positive test results had their TTMV-HPV DNA testing performed just four days after completing CRT. Their test scores returned to negative on the subsequent test, and both patients have remained disease-free. Of the 157 patients who remained TTMV-HPV DNA negative throughout the duration of follow-up, only two (1.3%) had biopsy-confirmed, HPV-positive recurrence before or within three months of a negative test. The specificity and negative predictive value (NPV) per-test were each 98.9% (181/183, 95% CI: 97.4-100). Conclusion: TTMV-HPV DNA demonstrates strong potential as a prognostic biomarker for detecting MRD in the immediate post-treatment setting, with a high PPV and NPV for recurrence. These findings support the integration of TTMV-HPV DNA into routine surveillance protocols to enhance early detection of recurrence and guide timely interventions. Citation Format: Scott A Roof, James Jabalee, Eleni M Rettig, Rocco Ferrandino, Sida Chen, Marshall R Posner, Krzysztof J Misiukiewicz, Eric M Gender, Raymond L Chai, John Sims, Elaine Thrash, Scott J Stern, Noah S Kalman, Sreenija Yarlagadda, Adam Raben, Lydia Clements, Abie Mendelsohn, John M Kaczmar, Yadav Pandey, Mihir Bhayani, Catherine DV Fitz, Glenn J Hanna. Immediate post-treatment detection of minimal residual disease in HPV-Driven oropharyngeal cancer is associated with high risk of recurrence [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference: Liquid Biopsy: From Discovery to Clinical Implementation; 2024 Nov 13-16; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2024;30(21_Suppl):Abstract nr B022.