Abstract Background Chronic kidney disease (CKD) is a progressive disease for which there is no effective cure. We aimed to identify potential drug targets for CKD and kidney function by integrating plasma proteome and transcriptome. Methods We designed a comprehensive analysis pipeline involving two-sample Mendelian randomization (MR) (for proteins), summary-based MR (SMR) (for mRNA), and colocalization (for coding genes) to identify potential multi-omics biomarkers for CKD and combined the protein–protein interaction, Gene Ontology (GO), and single-cell annotation to explore the potential biological roles. The outcomes included CKD, extensive kidney function phenotypes, and different CKD clinical types (IgA nephropathy, chronic glomerulonephritis, chronic tubulointerstitial nephritis, membranous nephropathy, nephrotic syndrome, and diabetic nephropathy). Results Leveraging pQTLs of 3032 proteins from 3 large-scale GWASs and corresponding blood- and tissue-specific eQTLs, we identified 32 proteins associated with CKD, which were validated across diverse CKD datasets, kidney function indicators, and clinical types. Notably, 12 proteins with prior MR support, including fibroblast growth factor 5 (FGF5), isopentenyl-diphosphate delta-isomerase 2 (IDI2), inhibin beta C chain (INHBC), butyrophilin subfamily 3 member A2 (BTN3A2), BTN3A3, uromodulin (UMOD), complement component 4A (C4a), C4b, centrosomal protein of 170 kDa (CEP170), serologically defined colon cancer antigen 8 (SDCCAG8), MHC class I polypeptide-related sequence B (MICB), and liver-expressed antimicrobial peptide 2 (LEAP2), were confirmed. To our knowledge, 20 novel causal proteins have not been previously reported. Five novel proteins, namely, GCKR (OR 1.17, 95% CI 1.10–1.24), IGFBP-5 (OR 0.43, 95% CI 0.29–0.62), sRAGE (OR 1.14, 95% CI 1.07–1.22), GNPTG (OR 0.90, 95% CI 0.86–0.95), and YOD1 (OR 1.39, 95% CI 1.18–1.64,) passed the MR, SMR, and colocalization analysis. The other 15 proteins were also candidate targets (GATM, AIF1L, DQA2, PFKFB2, NFATC1, activin AC, Apo A-IV, MFAP4, DJC10, C2CD2L, TCEA2, HLA-E, PLD3, AIF1, and GMPR1). These proteins interact with each other, and their coding genes were mainly enrichment in immunity-related pathways or presented specificity across tissues, kidney-related tissue cells, and kidney single cells. Conclusions Our integrated analysis of plasma proteome and transcriptome data identifies 32 potential therapeutic targets for CKD, kidney function, and specific CKD clinical types, offering potential targets for the development of novel immunotherapies, combination therapies, or targeted interventions.

Osteoarthritis is a leading cause of disability, and disease-modifying osteoarthritis drugs (DMOADs) could represent a pivotal advancement in treatment. Identifying the potential of antidiabetic medications as DMOADs could impact patient care significantly.

Sjogren syndrome (SS) is a chronic systemic autoimmune disease and its pathogenesis often involves the participation of numerous immune cells and inflammatory factors. Despite increased researches and studies recently focusing on this area, it remains to be fully elucidated. We decide to incorporate genetic insight into investigation of the causal link between various immune cells, inflammatory factors and pathogenesis of Sjogren syndrome (SS). Our study leveraged the genetic variants of multi-omics statistics extracted from genome-wide association study (GWAS), the University of Bristol and the FinnGen study. We performed a bidirectional Mendelian randomization and mediation study based on randomly allocated instrumental variables to infer causality, followed by external validation with UK Biobank data and Bayesian colocalization. We demonstrated that an elevated level of CD27 on IgD + CD24 + B cell, a subset of B cells expressing both IgD and CD24, was associated with a higher risk of SS (OR = 1.119, 95% CI: 1.061–1.179, P < 0.001), while CD3 on CD45RA + CD4 + Treg was a protective factor (OR = 0.917, 95%CI: 0.877–0.959, P < 0.001). Results of meta-analysis and colocalization further supported the significant results identified in the primary analysis. A total of 4 inflammatory cytokines and 7 circulating proteins exhibited potential causal relationships with SS despite no significant result achieved after FDR correction. Finally, results of mediation analysis indicated that CD40L receptor levels had significant mediating effects (β = 0.0314, 95% CI: 0.0004–0.0624, P = 0.0471) at a mediation proportion of 28% (95% CI: 0.364%-55.6%) in causal relationship between CD27 on IgD + CD24 + B cell and SS. By providing a novel genetic insight into unveiling the roles of autoimmunity and inflammation in Sjogren syndrome, our findings may potentially lead to identifying new clinical biomarkers for disease monitoring and therapeutic targets that offer more effective alternatives for treating this condition. Therefore, our study may provide valuable evidence for future clinical intervention and targeted immunotherapy.