Abstract Although the diverse impacts of elevated dissolved CO 2 and warming on organisms within various trophic levels in marine food webs are well documented, we have yet to explore the biological links across different levels of biological organization from primary producers to secondary producers on an evolutionary time scale in a high‐CO 2 ocean. Here, we cultured a model marine diatom Phaeodactylum tricornutum (primary producer) in predicted future high‐CO 2 and/or warming conditions for ~ 1250 d with an experimental evolution approach and then fed them to the clam Coelomactra antiquata (secondary producer). We present an in‐depth multi‐omics analysis along the methylome (primary producer)–transcriptome (primary producer)–metabolome (primary producer)–metabolome (secondary producer) continuum. Our results showed that the downregulated terpenoid backbone biosynthesis in the methylome and transcriptome lead to decreased pyruvate levels and upregulation of some pathways (such as phenylalanine metabolism) in the metabolome of the primary producer in the long‐term warming conditions. These changes in metabolomic profile in the primary producer were then transferred to the secondary producer, resulting in changes in abundance of some metabolites, such as decreases in pyruvate, and in pyruvaldhyde (also known as methylglyoxal), and increases in 2‐hydroxylamino‐4,6‐dinitrotoluene. Our study provides a new insight into the molecular mechanisms underlying the trophic transfer from primary to secondary producers in a future high‐CO 2 ocean and may provide more accurate projections of marine ecosystem services and functions over the next century.

While it is known that increased dissolved CO

Summary Marine microalgae demonstrate a notable capacity to adapt to high CO 2 and warming in the context of global change. However, the dynamics of their evolutionary processes under simultaneous high CO₂ and warming conditions remain poorly understood. Here, we analyze the dynamics of evolution in experimental populations of a model marine diatom Phaeodactylum tricornutum . We conducted whole‐genome resequencing of populations under ambient, high‐CO 2 , warming and high CO 2 + warming at 2‐yr intervals over a 4‐yr adaptation period. The common genes selected between 2‐ and 4‐yr adaptation were found to be involved in protein ubiquitination and degradation and the tricarboxylic acid (TCA) cycle, and were consistently selected regardless of the experimental conditions or adaptation duration. The unique genes selected only by 4‐yr adaptation function in respiration, fatty acid, and amino acid metabolism, facilitating adaptation to prolonged high CO 2 with warming conditions. Corresponding changes at the metabolomic level, with significant alterations in metabolites abundances involved in these pathways, support the genomic findings. Our study, integrating genomic and metabolomic data, demonstrates that long‐term adaptation of microalgae to high CO 2 and/or warming can be characterized by a complex and dynamic genetic process and may advance our understanding of microalgae adaptation to global change.