Abstract We screened fecal specimens of 4,758 bats from Ghana and 272 bats from 4 European countries for betacoronaviruses. Viruses related to the novel human betacoronavirus EMC/2012 were detected in 46 (24.9%) of 185 Nycteris bats and 40 (14.7%) of 272 Pipistrellus bats. Their genetic relatedness indicated EMC/2012 originated from bats.

ABSTRACT We previously showed that close relatives of human coronavirus 229E (HCoV-229E) exist in African bats. The small sample and limited genomic characterizations have prevented further analyses so far. Here, we tested 2,087 fecal specimens from 11 bat species sampled in Ghana for HCoV-229E-related viruses by reverse transcription-PCR (RT-PCR). Only hipposiderid bats tested positive. To compare the genetic diversity of bat viruses and HCoV-229E, we tested historical isolates and diagnostic specimens sampled globally over 10 years. Bat viruses were 5- and 6-fold more diversified than HCoV-229E in the RNA-dependent RNA polymerase ( RdRp ) and spike genes. In phylogenetic analyses, HCoV-229E strains were monophyletic and not intermixed with animal viruses. Bat viruses formed three large clades in close and more distant sister relationships. A recently described 229E-related alpaca virus occupied an intermediate phylogenetic position between bat and human viruses. According to taxonomic criteria, human, alpaca, and bat viruses form a single CoV species showing evidence for multiple recombination events. HCoV-229E and the alpaca virus showed a major deletion in the spike S1 region compared to all bat viruses. Analyses of four full genomes from 229E-related bat CoVs revealed an eighth open reading frame (ORF8) located at the genomic 3′ end. ORF8 also existed in the 229E-related alpaca virus. Reanalysis of HCoV-229E sequences showed a conserved transcription regulatory sequence preceding remnants of this ORF, suggesting its loss after acquisition of a 229E-related CoV by humans. These data suggested an evolutionary origin of 229E-related CoVs in hipposiderid bats, hypothetically with camelids as intermediate hosts preceding the establishment of HCoV-229E. IMPORTANCE The ancestral origins of major human coronaviruses (HCoVs) likely involve bat hosts. Here, we provide conclusive genetic evidence for an evolutionary origin of the common cold virus HCoV-229E in hipposiderid bats by analyzing a large sample of African bats and characterizing several bat viruses on a full-genome level. Our evolutionary analyses show that animal and human viruses are genetically closely related, can exchange genetic material, and form a single viral species. We show that the putative host switches leading to the formation of HCoV-229E were accompanied by major genomic changes, including deletions in the viral spike glycoprotein gene and loss of an open reading frame. We reanalyze a previously described genetically related alpaca virus and discuss the role of camelids as potential intermediate hosts between bat and human viruses. The evolutionary history of HCoV-229E likely shares important characteristics with that of the recently emerged highly pathogenic Middle East respiratory syndrome (MERS) coronavirus.

Noise pollution in developing countries such as Nigeria and Ghana is causing adverse effects on citizens, including hearing impairment, sleep disturbances, adverse social behavior, and cardiovascular diseases. This study assessed noise levels at the Kejetia Market in Ghana and the perceptions of health impact. A sound level meter (JD‐801A) was used to measure the noise levels at the various points in the market. Results showed that noise exposure levels were not within Ghana Environmental Protection Agency standards 2008, with sources including loud music, advertisements, human congestion, and vehicles. Respondents perceived noise pollution sources as annoyance, mental stress, sleep disturbances, lack of concentration, hearing, and cardiovascular effects. The study suggests that stakeholders and authorities should educate the public on the health effects of noise pollution.

The Northern part of Ghana lies within the African meningitis belt and has historically been experiencing seasonal meningitis outbreaks. Despite the continuous meningitis outbreak in the region, the risk factors contributing to the occurrence of these outbreaks have not been clearly identified. This study, therefore, sought to describe the clinical characteristics and possible risk factors associated with meningitis outbreaks in the Upper West Region (UWR). A 1:2 matched case-control study was conducted in May-December 2021 to retrospectively investigate possible risk factors for meningitis outbreak in the UWR of Ghana between January and December 2020. Cases were persons with laboratory confirmed meningitis, and controls were persons of similar age and sex without meningitis living in the same house or neighborhood with a confirmed case. Both primary and secondary data including clinical, socio-demographic and laboratory information were collected and entered on standard questionnaires. Data was analyzed using descriptive statistics and conditional logistic regression. Meningitis cases were mostly due to Streptococcus pneumoniae (67/98; 68.37%), followed by Neisseria meningitides serogroup X (27/98; 27.55%). Fever occurred in 94.03% (63/67) of Streptococcus pneumoniae cases and 100% in both Neisseria meningitidis serogroup X (27/27) and Neisseria meningitidis serogroup W groups (3/3). CSF white cell count was significantly associated with the causative agents of meningitis. Conditional logistic regression analysis showed that, passive exposure to tobacco [AOR = 3.65, 95%CI = 1.03–12.96], bedrooms with 3 or more people [AOR = 4.70, 95%CI = 1.48–14.89] and persons with sore throat infection [AOR = 8.97, 95%CI = 2.73–29.43] were independent risk factors for meningitis infection. Headache, fever and neck pain continue to be the most common symptoms reported by meningitis patients. Education and other preventive interventions targeting exposure to tobacco smoke and crowded rooms would be helpful in reducing meningitis outbreaks in the Upper West Region of Ghana.

Abstract Background Clinical trials in patients with COVID‐19 have exclusively used self‐ or proxy‐reporting to characterize alcohol consumption. The aim of this study was to measure an objective biomarker of recent alcohol use in patients hospitalized with severe COVID‐19‐associated respiratory failure who were enrolled in an investigational clinical trial to determine the prevalence of alcohol misuse, and to explore the relationship of alcohol use with outcomes. Methods We conducted a substudy of patients enrolled in the multicenter, phase 2, adaptive platform design, Investigation of Serial Studies to Predict Your Therapeutic Response with Imaging And molecular Analysis in COVID‐19 trial ( ClinicalTrials.gov : NCT04488081), conducted at 20 hospital systems across the United States. Three hundred and fifty‐five patients with available red blood cell (RBC) samples and 60‐day follow‐up assessments were included. RBCs were utilized to measure phosphatidylethanol (PEth). Prespecified thresholds of PEth were utilized to stratify patients into groups: low/no alcohol use (PEth < 20 ng/mL), significant alcohol use (PEth 20–200 ng/mL), and heavy alcohol use (PEth ≥ 200 ng/mL). Results In this cohort, 17% of patients met criteria for significant alcohol use, while 4% met criteria for heavy alcohol use. Alcohol misuse was associated with diminished odds for home discharge, though this finding did not achieve statistical significance. Conclusions In a cohort of patients with severe COVID‐19 enrolled in a clinical trial, alcohol consumption of two or more standard drinks per day was present among 21%, approximating the proportion of patients with diabetes, and raising the possibility that alcohol consumption alters risk for severe viral pneumonia. Undetected alcohol misuse among clinical trial participants has the potential to influence study outcomes or contribute to adverse events.