N 6 -methyladenosine (m 6 A) is a fundamentally important RNA modification for gene regulation, whose function is achieved through m 6 A readers. However, whether and how m 6 A readers play regulatory roles during fruit ripening and quality formation remains unclear. Here, we characterized SlYTH2 as a tomato m 6 A reader protein and profiled the binding sites of SlYTH2 at the transcriptome-wide level. SlYTH2 undergoes liquid–liquid phase separation and promotes RNA–protein condensate formation. The target mRNAs of SlYTH2, namely m 6 A-modified SlHPL and SlCCD1B associated with volatile synthesis, are enriched in SlYTH2-induced condensates. Through polysome profiling assays and proteomic analysis, we demonstrate that knockout of SlYTH2 expedites the translation process of SlHPL and SlCCD1B , resulting in augmented production of aroma-associated volatiles. This aroma enrichment significantly increased consumer preferences for CRISPR-edited fruit over wild type. These findings shed light on the underlying mechanisms of m 6 A in plant RNA metabolism and provided a promising strategy to generate fruits that are more attractive to consumers.

Abstract Background Previous studies have implicated rheumatoid arthritis as an independent risk factor for bone density loss. However, whether there is a causal relationship between rheumatic diseases and bone mineral density (BMD) and fractures is still controversial. We employed a bidirectional Mendelian analysis to explore the causal relationship between rheumatic diseases and BMD or fractures. Methods The rheumatic diseases instrumental variables (IVs) were obtained from a large Genome-wide association study (GWAS) meta-analysis dataset of European descent. Analyses were performed for the three rheumatic diseases: ankylosing spondylitis (AS) ( n = 22,647 cases, 99,962 single nucleotide polymorphisms [SNPs]), rheumatoid arthritis (RA) ( n = 58,284 cases, 13,108,512 SNPs), and systemic lupus erythematosus (SLE) ( n = 14,267 cases, 7,071,163 SNPs). Two-sample Mendelian randomization (MR) analyses were carried out by using R language TwoSampleMR version 0.5.7. The inverse-variance weighted (IVW), MR-Egger, and weighted median methods were used to analyze the causal relationship between rheumatic diseases and BMD or fracture. Results The MR results revealed that there was absence of evidence for causal effect of AS on BMD or fracture. However, there is a positive causal relationship of RA with fracture of femur (95% CI = 1.0001 to 1.077, p = 0.046), and RA and fracture of forearm (95% CI = 1.015 to 1.064, p = 0.001). SLE had positive causal links for fracture of forearm (95% CI = 1.004 to 1.051, p = 0.020). Additionally, increasing in heel bone mineral density (Heel-BMD) and total bone mineral density (Total-BMD) can lead to a reduced risk of AS without heterogeneity or pleiotropic effects. The results were stable and reliable. There was absence of evidence for causal effect of fracture on RA (95% CI = 0.929 to 1.106, p = 0.759), and fracture on SLE (95% CI = 0.793 to 1.589, p = 0.516). Conclusions RA and SLE are risk factors for fractures. On the other hand, BMD increasing can reduce risk of AS. Our results indicate that rheumatic diseases may lead to an increased risk of fractures, while increased BMD may lead to a reduced risk of rheumatic diseases. These findings provide insight into the risk of BMD and AS, identifying a potential predictor of AS risk as a reduction in BMD.

The triglyceride-glucose (TyG) index is a new and good biomarker of insulin resistance (IR). The prognostic utility of the TyG index for patients with type 2 diabetes mellitus (T2DM) remains uncertain. Our study seeks to elucidate the connection between the TyG index and adverse renal outcomes within a T2DM population, while also examining if these relationships are influenced by subgroup variations.

ABSTRACT Transfer RNAs (tRNAs) purified from non-pathogenic E. coli strain (NPECS) possess cytotoxic properties on colorectal cancer cells. In the present study, the bioactivity of tRNA halves and tRNA fragments (tRFs) derived from NPECS are investigated for their anticancer potential. Both tRNA halves and tRF mimics studied exhibited significant cytotoxicity on colorectal cancer cells, with the latter being more effective suggesting that tRFs may be important contributors to the bioactivities of tRNAs derived from gut microbiota. Through high-throughput screening, EC83 mimic, a double-strand RNA with a 22 nt 5’-tRF derived from tRNA-Leu(CAA) as antisense chain, was identified as one with the highest potency (IC 50 =52 nM). Structure-activity investigations revealed that 2’- O -methylation of the ribose of guanosine may enhance the cytotoxic effects of EC83 mimic via increasing the stability of its tertiary structure. Consistently, 4-thiouridine substitution reversed this increased stability and the enhanced cytotoxic effects. This provides the first evidence that the bioactivity of tRF mimics would be impacted by chemical modifications. Furthermore, the present study provides the first evidence to suggest that novel tRNA fragments derived from the gut microbiota may possess anti-cancer properties and have the potential to be potent and selective therapeutic molecules. IMPORTANCE While the gut microbiota has been increasingly recognized to be of vital importance to human health and disease, the current literature shows that there is a lack of attention given on the non-pathogenic Escherichia coli strain. Moreover, the biological activities of tRNA fragments (tRFs) derived from bacteria have rarely been investigated. The findings from this study revealed tRFs as a new class of bioactive constituents derived from gut microorganisms, suggesting that studies on biological functional molecules in intestinal microbiota should not neglect tRFs. The research of tRFs would play an important role in biological research of gut microorganisms, including bacteria-bacteria interaction, gut-brain axis, gut-liver axis, etc. Furthermore, the guidance on the rational design of tRF therapeutics provided in this study indicates that further investigations should pay more attention to these therapeutics from probiotics. The innovative drug research of tRFs as potent druggable RNA molecules derived from intestinal microorganisms would open a new area in biomedical sciences.

Vibrio parahaemolyticus can cause acute gastroenteritis, wound infections, and septicemia in humans. The overuse of antibiotics in aquaculture may lead to a high incidence of the multidrug-resistant (MDR) pathogen. Nevertheless, the genome evolution of V. parahaemolyticus in aquatic animals and the mechanism of its antibiotic tolerance remain to be further deciphered. Here, we investigated the molecular basis of the antibiotic tolerance of V. parahaemolyticus isolates (n = 3) originated from shellfish and crustaceans using comparative genomic and transcriptomic analyses. The genome sequences of the V. parahaemolyticus isolates were determined (5.0–5.3 Mb), and they contained 4709–5610 predicted protein-encoding genes, of which 823–1099 genes were of unknown functions. Comparative genomic analyses revealed a number of mobile genetic elements (MGEs, n = 69), antibiotic resistance-related genes (n = 7–9), and heavy metal tolerance-related genes (n = 2–4). The V. parahaemolyticus isolates were resistant to sub-lethal concentrations (sub-LCs) of ampicillin (AMP, 512 μg/mL), kanamycin (KAN, 64 μg/mL), and streptomycin (STR, 16 μg/mL) (p < 0.05). Comparative transcriptomic analyses revealed that there were significantly altered metabolic pathways elicited by the sub-LCs of the antibiotics (p < 0.05), suggesting the existence of multiple strategies for antibiotic tolerance in V. parahaemolyticus. The results of this study enriched the V. parahaemolyticus genome database and should be useful for controlling the MDR pathogen worldwide.

Abstract Purpose Vibrio parahaemolyticus is a leading seafood borne pathogen worldwide. The aim of this study was to decipher the response mechanism of V. parahaemolyticus isolates of clinical and aquatic animal origins to the hypoxic condition, which challenges the bacterial survival in the host and in the environment. Methods Growth profiles of V. parahaemolyticus isolates ( n = 5) of clinical and aquatic animal origins were examined at different stress conditions (osmolality, acid, temperature, and O 2 concentrations). Draft genomes of the V. parahaemolyticus isolates were determined using the Illumina sequencing technique. Comparative genomic analysis were performed to identify and validate the hypoxic tolerance-related genes. Results The V. parahaemolyticus isolates had an oxygen concentration-dependent growth mode, and the 10% O 2 condition strongly inhibited the bacterial growth, when incubated in TSB medium (pH 8.5, 3% NaCl) at 37 °C. Unexpectedly, in marked contrast to the normal 21% O 2 condition, the 10% O 2 treatment for 24 h significantly increased biofilm formation of V. parahaemolyticus isolates ( p < 0.05). Draft genome sequences of four V. parahaemolyticus isolates of aquatic animal origins were determined (4.914–5.3530 Mb), which carried mobile genetic elements (n = 12–29). Genome-wide gene expression changes triggered by the hypoxic condition were further examined. Comparative transcriptomic analyses unveiled multiple molecular strategies employed by the bacterium to mitigate the cell damage caused by the hypoxia. Of note, the pathogenic V. parahaemolyticus ATCC17802 down-regulated and/or shut down ten metabolic pathways to reduce cell viability and maintain cell structure under the hypoxic stress. Conclusions The results of this study fill prior gaps in the response mechanism of V. parahaemolyticus to the hypoxic condition. Different tolerance to hypoxia contributes to the persistence of pathogenic V. parahaemolyticus in the niches.