Abstract Cellular senescence (CS) is closely related to tumor progression. However, the studies about CS genes across human cancers have not explored the relationship between cancer senescence signature and telomere length. Additionally, single-cell analyses have not revealed the evolutionary trends of malignant cells and immune cells at the CS level. We defined a CS-associated signature, called “senescence signature”, and found that patients with higher senescence signature had worse prognosis. Higher senescence signature was related to older age, higher genomic instability, longer telomeres, increased lymphocytic infiltration, higher pro-tumor immune infiltrates (Treg cells and MDSCs), and could predict responses to immune checkpoint inhibitor therapy. Single-cell analysis further reveals malignant cells and immune cells share a consistent evolutionary trend at the CS level. MAPK signaling pathway and apoptotic processes may play a key role in CS, and senescence signature may effectively predict sensitivity of MEK1/2 inhibitors, ERK1/2 inhibitors and BCL-2 family inhibitors. We also developed a new CS prediction model of cancer survival and established a portal website to apply this model ( https://bio-pub.shinyapps.io/cs_nomo/ ).

Abstract Soybean is a photoperiod-sensitive staple crop. Its photoperiodic flowering has major consequences for latitudinal adaptation and grain yield. Here, we identify and characterise a flowering locus named Time of flower 4b ( Tof4b ), which encodes E1-Like b (E1Lb), a homologue of the key soybean floral repressor E1. Tof4b protein physically associates with the promoters of two FLOWERING LOCUS T ( FT ) genes to repress their transcription and delay flowering to impart soybean adaptation to high latitudes. Three E1 homologues undergo subfunctionalisation and show differential subcellular localisation. Moreover, they all possess self-repression capability and each suppresses the two homologous counterparts. Subfunctionalisation and the transcriptional regulation of E1 genes collectively finetune flowering time and high-latitude adaptation in soybean. We propose a model for the functional fate of the three E1 genes after the soybean whole-genome duplication events, refine the molecular mechanisms underlying high-latitude adaption, and provide a potential molecular-breeding resource.

Abstract The development of soybean ( Glycine max ) is regulated by photoperiod, with genes related to photoperiod sensitivity primarily focused on flowering time. However, their roles in post-flowering reproductive development and the mechanisms by which photoperiod affects them are not yet determined. In this study, we found that pod formation is sensitive to photoperiod. Long-day (LD) conditions tend to extend the time from flowering to pod formation (R1 to R3 stage), and the first wave of flowers tends to fall off. Additionally, photoperiod affects pistil morphology; under short-day (SD) conditions, the stigma has a curved hook-like structure that facilitates better interaction with the filaments when pollen is released, ultimately influencing the timing of pod formation. Photoperiod-insensitive mutants, lacking E1 family and Evening Complex genes, showed no difference in pod formation time under LD or SD conditions. Hormone content analysis and transcriptome data analysis indicated that various hormones, ROS signals, and the application of sucrose solution in vitro might influence floral organ abscission. Highlight Photoperiod sensitivity after flowering affects the pod-setting time in soybean.