Abstract The design and preparation of novel quantum materials with atomic precision are crucial for exploring new physics and for device applications. Electron irradiation has demonstrated as an effective method for preparing novel quantum materials and quantum structures that could be challenging to obtain otherwise. It features the advantages of precise control over the patterning of such new materials and their integration with other materials with different functionalities. Here, we present a new strategy for fabricating freestanding monolayer SiC within nanopores of a graphene membrane. By regulating the energy of the incident electron beam and the in-situ heating temperature in a scanning transmission electron microscope (STEM), we can effectively control the patterning of nanopores and subsequent growth of monolayer SiC within the graphene lattice. The resultant SiC monolayers seamlessly connect with the graphene lattice, forming a planar structure distinct by a wide direct bandgap. Our in-situ STEM observations further uncover that the growth of monolayer SiC within the graphene nanopore is driven by a combination of bond rotation and atom extrusion, providing new insights into the atom-by-atom self-assembly of freestanding two-dimensional (2D) monolayers.