MR
Md. Raihan
Author with expertise in Computational Methods in Drug Discovery
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(50% Open Access)
Cited by:
3
h-index:
10
/
i10-index:
10
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Effects of defined voluntary running distances coupled with high‐fat diet consumption on the skeletal muscle transcriptome of male mice

Afrina Brishti et al.Jan 1, 2025
Abstract Exercise counters many adverse health effects of consuming a high‐fat diet (HFD). However, complex molecular changes that occur in skeletal muscle in response to exercising while consuming a HFD are not yet known. We investigated the interplay between diverse exercise regimes and HFD consumption on the adaptation of skeletal muscle transcriptome. C57BL/6 male mice were randomized into five groups—one sedentary control group and four exercise groups. The exercise groups consisted of an unrestricted running group (8.3 km/day) and three groups that were restricted to 75%, 50%, or 25% of unrestricted running (6.3, 4.2, and 2.1 km/day, respectively). Total RNA was extracted from frozen gastrocnemius muscle for transcriptome analyses. DEG counts were 1347, 1823, 1103, and 1107 and there were 107, 169, 67, and 89 unique genes present in the HFD‐25%, HFD‐50%, HFD‐75%, and HFD‐U, respectively. Comparing exercise groups, we found that exercising at 50% resulted in the most differentially expressed transcripts with the MAPK and PPAR signaling pathways enriched in down‐ and up‐regulated genes, respectively. These results demonstrate that running distance impacts the adaptation of the skeletal muscle transcriptome to exercise and suggest that middle‐distance running may provide the greatest protection against high‐fat diet‐induced stress coupled with exercise.
0

Uncovering the Natural Inhibitors From Medicinal Plants to Alleviate Human Cancers Targeting the p53 Protein: An In Silico Approach

Md. Islam et al.Jan 1, 2025
Abstract The tumor suppressor p53 protein plays a key role in controlling several essential cellular responses, including cell growth, development, and apoptosis, helping to prevent cancer development. In various cancers, loss of p53 function results in prolonged cell replication and inhibition of programmed cell death. There are a few options available to target p53, but they come with limitations. For this reason, there is a need for novel drug candidates to maintain p53 functionality. Therefore, our study aims to identify potential natural bioactive compounds through comprehensive in silico methods such as molecular docking, MM/GBSA (molecular mechanics generalized born surface area), ADME/T (absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity), and molecular dynamics (MD) simulation against the targeted protein p53. Initially, 462 phytochemicals from 23 medicinal plants were screened using molecular docking and MM‐GBSA studies to find potential phytochemicals. From the studies, the top three compounds, CID‐3469, CID‐5280372, and CID‐591524, were selected based on their good binding affinities for further investigation, where all the compounds showed better drug‐likeness with no toxicity in ADME/T analysis. MD simulation depicted better structural stability of phytocompounds in complexes with p53 protein. This study shows novel insights into the development of novel bioactive compounds as drug candidates for cancer treatment.