We have produced a draft sequence of the rice genome for the most widely cultivated subspecies in China, Oryza sativa L. ssp. indica , by whole-genome shotgun sequencing. The genome was 466 megabases in size, with an estimated 46,022 to 55,615 genes. Functional coverage in the assembled sequences was 92.0%. About 42.2% of the genome was in exact 20-nucleotide oligomer repeats, and most of the transposons were in the intergenic regions between genes. Although 80.6% of predicted Arabidopsis thaliana genes had a homolog in rice, only 49.4% of predicted rice genes had a homolog in A. thaliana . The large proportion of rice genes with no recognizable homologs is due to a gradient in the GC content of rice coding sequences.

To evaluate the efficacy and safety profile of S-1 combined with oxaliplatin (SOX) against unresectable advanced or metastatic gastric cancer.Oxaliplatin was administered intravenously at 100mg/m2 for two hours on day 1 and S-1 was administered b.i.d. at 80mg/m2/day on days 1-14 followed by a 7-day rest during the 3-week schedule.All 51 patients were assessed for efficacy and adverse events. The response and disease control rates were 41% and 90%, respectively. The response rate was significantly improved in patients with ECOG performance status of no more than 1, elevated CEA levels or unresected primary cancers. The median follow-up time was 11.8 months, the median time to progression was 6.8 months, the median overall survival was 11.8 months and the 1-year survival rate was 47.4%. Patients with diffused type exhibited significantly decreased time to progression and overall survival. The grade 3/4 adverse events were hematological toxicities, including neutropenia (13.7%), thrombocytopenia (13.7%) and anemia (11.8%). The incidence of grade 3/4 non-hematological events was low (≤2%).The SOX regimen (oxaliplatin, 100mg/m2 d1; S-1, 80mg/m2/day, b.i.d. d1-14, q3w) provided a favorable efficacy and safety profile in Chinese patients with advanced gastric cancer.

Preclinical studies suggest that Reed–Sternberg cells exploit the programmed death 1 (PD-1) pathway to evade immune detection. In classic Hodgkin's lymphoma, alterations in chromosome 9p24.1 increase the abundance of the PD-1 ligands, PD-L1 and PD-L2, and promote their induction through Janus kinase (JAK)–signal transducer and activator of transcription (STAT) signaling. We hypothesized that nivolumab, a PD-1–blocking antibody, could inhibit tumor immune evasion in patients with relapsed or refractory Hodgkin's lymphoma.

No adjuvant treatment has been established for patients who remain at high risk for recurrence after neoadjuvant chemoradiotherapy and surgery for esophageal or gastroesophageal junction cancer.

Purpose Cancer cells can exploit the programmed death-1 (PD-1) immune checkpoint pathway to avoid immune surveillance by modulating T-lymphocyte activity. In part, this may occur through overexpression of PD-1 and PD-1 pathway ligands (PD-L1 and PD-L2) in the tumor microenvironment. PD-1 blockade has produced significant antitumor activity in solid tumors, and similar evidence has emerged in hematologic malignancies. Methods In this phase I, open-label, dose-escalation, cohort-expansion study, patients with relapsed or refractory B-cell lymphoma, T-cell lymphoma, and multiple myeloma received the anti–PD-1 monoclonal antibody nivolumab at doses of 1 or 3 mg/kg every 2 weeks. This study aimed to evaluate the safety and efficacy of nivolumab and to assess PD-L1/PD-L2 locus integrity and protein expression. Results Eighty-one patients were treated (follicular lymphoma, n = 10; diffuse large B-cell lymphoma, n = 11; other B-cell lymphomas, n = 10; mycosis fungoides, n = 13; peripheral T-cell lymphoma, n = 5; other T-cell lymphomas, n = 5; multiple myeloma, n = 27). Patients had received a median of three (range, one to 12) prior systemic treatments. Drug-related adverse events occurred in 51 (63%) patients, and most were grade 1 or 2. Objective response rates were 40%, 36%, 15%, and 40% among patients with follicular lymphoma, diffuse large B-cell lymphoma, mycosis fungoides, and peripheral T-cell lymphoma, respectively. Median time of follow-up observation was 66.6 weeks (range, 1.6 to 132.0+ weeks). Durations of response in individual patients ranged from 6.0 to 81.6+ weeks. Conclusion Nivolumab was well tolerated and exhibited antitumor activity in extensively pretreated patients with relapsed or refractory B- and T-cell lymphomas. Additional studies of nivolumab in these diseases are ongoing.

Summary Searching for an effective dimension reduction space is an important problem in regression, especially for high dimensional data. We propose an adaptive approach based on semiparametric models, which we call the (conditional) minimum average variance estimation (MAVE) method, within quite a general setting. The MAVE method has the following advantages. Most existing methods must undersmooth the nonparametric link function estimator to achieve a faster rate of consistency for the estimator of the parameters (than for that of the nonparametric function). In contrast, a faster consistency rate can be achieved by the MAVE method even without undersmoothing the nonparametric link function estimator. The MAVE method is applicable to a wide range of models, with fewer restrictions on the distribution of the covariates, to the extent that even time series can be included. Because of the faster rate of consistency for the parameter estimators, it is possible for us to estimate the dimension of the space consistently. The relationship of the MAVE method with other methods is also investigated. In particular, a simple outer product gradient estimator is proposed as an initial estimator. In addition to theoretical results, we demonstrate the efficacy of the MAVE method for high dimensional data sets through simulation. Two real data sets are analysed by using the MAVE approach.

Background. Candida species are the fourth most common cause of bloodstream infection and are the leading cause of invasive fungal infection among hospitalized patients in the United States. However, the frequency and outcomes attributable to the infection are uncertain. This retrospective study set out to estimate the incidence of candidemia in hospitalized adults and children in the United States and to determine attributable mortality, length of hospital stay, and hospital charges related to candidemia.

A hybridized self-powered textile for simultaneously collecting solar energy and random body motion energy was demonstrated.

Carbon nanomaterials are novel manufactured materials, having widespread potential applications. Adsorption of hydrophobic organic compounds (HOCs) by carbon nanomaterials may enhance their toxicity and affect the fate, transformation, and transport of HOCs in the environment. In this research, adsorption of naphthalene, phenanthrene, and pyrene onto six carbon nanomaterials, including fullerenes, single-walled carbon nanotubes , and multiwalled carbon nanotubes was investigated, which is the first systematic study on polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) sorption by various carbon nanomaterials. All adsorption isotherms were nonlinear and were fitted well by the Polanyi−Manes model (PMM). Through both isotherm modeling and constructing "characteristic curve", Polanyi theory was useful to describe the adsorption process of PAHs by the carbon nanomaterials. The three fitted parameters (Q0, a, and b) of PMM depended on both PAH properties and the nature of carbon nanomaterials. For different PAHs, adsorption seems to relate with their molecular size, i.e., the larger the molecular size, the lower the adsorbed volume capacity (Q0), but higher a and b values. For different carbon nanomaterials, adsorption seems to relate with their surface area, micropore volume, and the volume ratios of mesopore to micropore. Quantitative relationships between these sorbent properties and the estimated parameters of PMM were obtained. These relationships may represent a first fundamental step toward establishing empirical equations for quantitative prediction of PAH adsorption by carbon nanomaterials and possibly other forms of carbonaceous (geo-) sorbents, and for evaluating their environmental impact. In addition, high adsorption capacity of PAHs by carbon nanotubes may add to their high environmental risks once released to the environment, and result in potential alteration of PAHs fate and bioavailability in the environment.

Water chemistry can be a major factor regulating the toxicity mechanism of ZnO nanoparticles (nano-ZnO) in water. The effect of five commonly used aqueous media with various chemical properties on the toxicity of nano-ZnO to Escherichia coli O111 (E. coli) was investigated, including ultrapure water, 0.85% NaCl, phosphate-buffered saline (PBS), minimal Davis (MD), and Luria−Bertani (LB). Combined results of physicochemical characterization and antibacterial tests of nano-ZnO in the five media suggest that the toxicity of nano-ZnO is mainly due to the free zinc ions and labile zinc complexes. The toxicity of nano-ZnO in the five media deceased as follows: ultrapure water > NaCl > MD > LB > PBS. The generation of precipitates (Zn3(PO4)2 in PBS) and zinc complexes (of zinc with citrate and amino acids in MD and LB, respectively) dramatically decreased the concentration of Zn2+ ions, resulting in the lower toxicity in these media. Additionally, the isotonic and rich nutrient conditions improved the tolerance of E. coli to toxicants. Considering the dramatic difference of the toxicity of nano-ZnO in various aqueous media, the effect of water chemistry on the physicochemical properties of nanoparticles should be paid more attention in future nanotoxicity evaluations.