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Zhixiang Liu
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Development of Multiomicsin situPairwise Sequencing (MiP-Seq) for Single-cell Resolution Multidimensional Spatial Omics

Xiaofeng Wu et al.Jan 7, 2023
Abstract Delineating the spatial multiomics landscape will pave the way to understanding the molecular basis of physiology and pathology. However, current spatial omics technology development is still in its infancy. Here, we developed a high-throughput multiomics in situ pairwise sequencing (MiP-Seq) strategy to efficiently decipher multiplexed DNAs, RNAs, proteins, and small biomolecules at subcellular resolution. We delineated dynamic spatial gene profiles in the hypothalamus using MiP-Seq. Moreover, MiP-Seq was unitized to detect tumor gene mutations and allele-specific expression of parental genes and to differentiate sites with and without the m6A RNA modification at specific sites. MiP-Seq was combined with in vivo Ca 2+ imaging and Raman imaging to obtain a spatial multiomics atlas correlated to neuronal activity and cellular biochemical fingerprints. Importantly, we proposed a “signal dilution strategy” to resolve the crowded signals that challenge the applicability of in situ sequencing. Together, our method improves spatial multiomics and precision diagnostics and facilitates analyses of cell function in connection with gene profiles.
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Numerical investigations of mechanical behavior and permeability evolution in mine geothermal reservoir with blasting fractures using fully coupled thermal–hydraulic-mechanical modeling

Zhiying Chen et al.Jun 5, 2024
Geothermal extraction in mine mainly utilizes Enhanced Geothermal System to recovery heat from deep thermal reservoirs. The extraction potential of stimulated thermal reservoirs strongly depends on the efficient exploitation of fractures. The research is aimed to establish a multi-fracture model for mine reservoirs to reveal the mechanical response and evolution of thermal recovery performance under thermal–hydraulic-mechanical coupling. The existence of blast fractures improves the connectivity of the conventional fracture network, which enhances the thermal recovery capacity of the reservoir. The permeability changes of the rock matrix and blast fractures are more obviously affected by the pressure, and the process is divided into two phases: a rapid change phase (the first 5 years) and a stabilization phase (5–30 years). The range of thermal stress and pore pressure on the reservoir is directly related to the distribution of multiple fractures, and the thermal stress is lower than the pore pressure, and the maximum of both occurs at the fracture top connected with injection well. During the thermal recovery, the effective stress near the production well is higher than that near the injection well, and the cumulative displacement is 1.9 cm. In 1.5–––4 km depth, the ratio of porous elasticity effect of rock matrix fluctuates around 21 %, thermoelastic effect ranges from 7.6 % to 16.3 %, while the in-situ stress effect is the dominant factor, accounting for 65.7 % to 67.6 %.
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Dynamic Responses and Failure Characteristics of Deep Double U-Shaped Caverns under Disturbing Loads

Lisha Liang et al.May 25, 2024
The instability of double-cavern structure subjected to dynamic disturbances is a key issue for deep rock engineering. To investigate the dynamic responses of deep double U-shaped caverns, comprehensive analyses are conducted by Particle Flow Code (PFC2D), and the influences of incident directions of stress wave, cavern clearances, and cavern height ratios are discussed. The results indicate that the decreasing cavern clearance aggravates the static stress concentration on the intermediate rock pillar. When the stress wave is horizontally incident, the presence of the incident side cavern reduces peak tangential stress and kinetic energy on the non-incident side cavern; the higher the incident side cavern, the less damage on the non-incident side cavern. A vertically incident stress wave causes more severe damage in the intermediate rock pillar compared to a horizontally incident stress wave; the smaller the cavern clearance, the more violent the rockburst in the intermediate rock pillar. Comparatively, the cavern with a lower height exhibits more severe failure at the adjacent sidewall compared to the cavern with a higher height. This work can provide guidelines for disaster prevention of deep double-cavern structures.