AL
Anssi Lipponen
Author with expertise in Brain Fluid Dynamics and Waste Clearance Mechanisms
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(33% Open Access)
Cited by:
1
h-index:
12
/
i10-index:
13
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Risk Variants Associated With Normal Pressure Hydrocephalus

Joel Räsänen et al.Aug 14, 2024
+31
K
S
J
Large-scale genome-wide studies of chronic hydrocephalus have been lacking. We conducted a genome-wide association study (GWAS) in normal pressure hydrocephalus (NPH).
0

Simultaneous biomass concentration and subsequent quantitation of multiple infectious disease agents and antimicrobial resistance genes from community wastewater

Anniina Sarekoski et al.Sep 1, 2024
+7
A
A
A
Wastewater-based surveillance (WBS) of infectious disease agents is increasingly seen as a reliable source of population health data. To date, wastewater-based surveillance efforts have largely focused on individual pathogens. However, given that wastewater contains a broad range of pathogens circulating in the population, a more comprehensive approach could enhance its usability. We focused on the simultaneous detection of SARS-CoV-2, sapovirus, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Salmonella spp., pathogenic Escherichia coli, Cryptosporidium spp., Giardia spp. and antimicrobial resistance genes (ARGs) of clinical relevance. To achieve this goal, biomass concentration and nucleic acid extraction methods were optimized, and samples were analyzed by using a set of (RT)-qPCR and (HT)-qPCR methods. We determined the prevalence and the spatial and temporal trends of the targeted pathogens and collected novel information on ARGs in Finnish wastewater. In addition, the use of different wastewater concentrates, namely the ultrafiltered concentrate of the supernatant and the centrifuged pellet, and the effect of freezing and thawing wastewater prior to sample processing were investigated with the indicator microbe crAssphage. Freeze-thawing of wastewater decreased the gene copy count of crAssphage in comparison to analyzing fresh samples (p < 0.001). Campylobacters were most abundant in two of the four studied summer months (30 % detection rate) and in wastewaters from regions with intensive animal farming. Salmonella, however, was detected in 40 % of the samples without any clear seasonal trends, and the highest gene copy numbers were recorded from the largest wastewater treatment plants. Beta-lactamase resistance genes that have commonly been detected in bacteria isolated from humans in Finland, namely bla
0

Synapse protein signatures in cerebrospinal fluid and plasma predict cognitive maintenance versus decline in Alzheimers disease

Hamilton Oh et al.Jul 23, 2024
+30
L
D
H
Rates of cognitive decline in Alzheimers disease (AD) are extremely heterogeneous, with ages of symptom onset ranging from age 40 to 100 years and conversion from mild cognitive impairment to AD dementia taking 2 to 20 years. Development of biomarkers for amyloid-beta (AB) and tau protein aggregates, the hallmark pathologies of AD, have improved patient monitoring/stratification and drug development, but they still only explain 20 to 40% of the variance in cognitive impairment (CI) in AD. To discover additional molecular drivers and biomarkers of AD dementia, we perform cerebrospinal fluid (CSF) proteomics on 3,416 individuals from six deeply phenotyped prospective AD case-control cohorts. We identify synapse proteins as the strongest correlates of CI, independent of AB; and tau. Using machine learning we derive the CSF YWHAG:NPTX2 synapse protein ratio, a robust correlate of CI, which explains 27% of the variance in CI beyond CSF PTau181:AB42, 10% beyond tau PET, and 50% beyond CSF NfL in AB positive individuals. We find YWHAG:NPTX2 also increases with normal aging as early as age 20 and increases at a faster rate in APOE4 carriers and autosomal dominant AD mutation carriers. Most notably, YWHAG:NPTX2 positive individuals (top 25th percentile) are 15 times (HR=15.4 [10.6 to 22.2]) more likely to experience cognitive decline over 15 years compared to YWHAG:NPTX2 negative individuals (bottom 25th percentile), and this rises to 19 times (HR=18.9 [10.83 to 32.9]) with additional stratification by AB and phosphorylated tau status. Lastly, we perform plasma proteomics on 4,245 individuals to develop a plasma-based signature of CI which partly recapitulates CSF YWHAG:NPTX2. Overall, our findings underscore CSF YWHAG:NPTX2 and the corresponding plasma signature as robust prognostic biomarkers for AD onset and progression beyond gold-standard biomarkers of AB, tau, and neurodegeneration and implicate synapse dysfunction as a core driver of AD dementia.