Abstract Background A pangenome aims to capture the complete genetic diversity within a species and reduce bias in genetic analysis inherent in using a single reference genome. However, the current linear format of most plant pangenomes limits the presentation of position information for novel sequences. Graph pangenomes have been developed to overcome this limitation. However, there is a lack of bioinformatics analysis tools for graph format genomes. Results To overcome this problem, we have developed a novel pangenome construction strategy and a downstream pangenome analysis pipeline that captures position information while maintaining a linearized layout. We applied this strategy to construct a high-quality rice pangenome using 12 representative rice genomes and analyze an international rice panel with 413 diverse accessions using the pangenome reference. Our results provide insights into rice population structure and genomic diversity. Applying the pangenome for PAV-based GWAS analysis can identify causal structural variations for rice grain weight and plant height, while SNP-based GWAS can only identify approximate genomic locations. Additionally, a new locus (qPH8-1) was found to be associated with plant height on chromosome 8 that could not be detected using the SNP-based GWAS. Conclusions Our results demonstrate that the pangenome constructed by our pipeline combined with PAV-based GWAS can provide additional power for genomic and genetic analysis. The pangenome constructed in this study and associated genome sequence data provide valuable genomic resources for future rice crop improvement.

The endoplasmic reticulum (ER) stress is a crucial toxic signaling event triggered by chronic exposure to Ultraviolet B radiation (UVB), which significantly exacerbate photodamage responses in the irradiated skin. Therefore, the identification of agents capable of inhibiting ER stress could serve as a promising therapeutic strategy for addressing the unmet clinical needs in the treatment of UVB-induced photodamage.

With approximately 1080 species, Sonerileae is the second largest tribe in the Melastomataceae. Approximately 40% of Sonerileae species belong to fleshy-fruited genera (Catanthera, Heteroblemma, Kendrickia, Medinilla, Pachycentria, and Plethiandra). Relatively few species, especially of the fleshy-fruited taxa, have been sampled for phylogenetic study. Consequently, there is huge uncertainty resulting in many unanswered questions about their evolutionary history, including the monophyly of the largest genus, Medinilla. In this study, the phylogeny of the fleshy-fruited Sonerileae was reconstructed using 385 nuclear and 81 plastid protein-coding loci recovered from target capture. Our study revealed that the fleshy fruited Sonerileae are polyphyletic and belong to three lineages. Kendrickia is sister to an Afrotropical endemic clade. Heteroblemma and Catanthera belong to a second clade and are most closely related to some Phyllagathis and Driessenia species. Medinilla forms a third clade, and includes Pachycentria and Plethiandra. Within Medinilla, fifteen clades are identified and characterized. To make Medinilla monophyletic, the genus is redefined to include Pachycentria and Plethiandra. Major lineages identified within Medinilla lay the groundwork for an infrageneric classification system. Areas of the phylogenetic tree with high conflict or weak sampling are identified to aid further studies in the tribe.

Abstract With approximately 1080 species, Sonerileae is the second‐largest tribe in the Melastomataceae. Approximately 40% of the Sonerileae species belong to fleshy‐fruited genera ( Catanthera , Heteroblemma , Kendrickia , Medinilla , Pachycentria , Plethiandra ). Relatively few species, especially of the fleshy‐fruited taxa, have been sampled for phylogenetic study. Consequently, there is huge uncertainty resulting in many unanswered questions about their evolutionary history, including the monophyly of the largest genus, Medinilla . In this study, the phylogeny of the fleshy‐fruited Sonerileae was reconstructed using 385 nuclear and 81 plastid protein‐coding loci recovered from newly generated target capture and off‐target reads data, and previous studies. Our study revealed that the fleshy fruited Sonerileae belong to three lineages. Kendrickia is sister to an Afrotropical endemic clade. Heteroblemma and Catanthera belong to a second clade and are most closely related to some Phyllagathis and Driessenia species. Medinilla forms a third clade that also includes Pachycentria and Plethiandra . Within Medinilla , 15 clades are identified and characterized. To make Medinilla monophyletic, the genus is redefined to include Pachycentria and Plethiandra . Major lineages identified within Medinilla lay the groundwork for an infrageneric classification system. Areas of the phylogenetic tree with high conflict or weak sampling are identified to aid further studies in the tribe.

Lactarius hatsudake is a species of Lactarius commonly found in pine forests, is edible with a delicious and nutritious fruiting body and exhibits medicinal properties. It is an ideal natural multi-functional food with bioactive components including fungal polysaccharides, crude fiber, unsaturated fatty acids, nucleic acid derivatives, various amino acids, and vitamins. However, biological and genomic analyses of this mycorrhizal mushroom is sparse, thereby hindering large-scale cultivation. Previously, we isolated and screened L. hatsudake JH5 strains and have been applied our garnered knowledge to the large-scale cultivation of mycorrhizal seedlings. In this study we produced a high-quality genome assembly of L. hatsudake JH5 by combining Illumina paired-end (PE) and PacBio single molecule real-time (SMRT) sequencing which resulted in PacBio SMRT reads of 7.67Gb and Illumina Pair-End (PE) reads of 1560Mb. Based on the distribution of k-mer frequencies, the genome size of this strain was estimated to be 63.84Mb (1.14% heterozygosity). Based on de novo genome assembly, a final genome size was determined to be 73.16 Mb, with scaffold N50 of 223.2 kb and N90 of 54.5 kb, and a GC content of 54.38%. BUSCO assessment showed that genome completeness was 89.0%. The N50 length of the JH5 genome was 43.62% longer than that of the previously published L. hatsudake MG20 genome. This high-quality L. hatsudake genome assembly will facilitate research on the functional genome, molecular breeding, yield enhancement and sustainability of L. hatsudake cultivation.