Ship cyber-physical system (SCPS) is a complex system that integrates advanced information and communication technology to achieve efficient energy management and navigation plans. Thus, SCPS is susceptible to cyber attacks due to increased exposed attack surfaces, which poses significant risks to power and navigation management. The interdependence among the navigation, power, and communication management might amplify the impacts of cyber attacks to induce cascading failures. However, the existing research lacks a robust systematic strategy against cyber attacks considering interdependence features. Therefore, this paper proposes a transportation-energy-communication integrated architecture to collaboratively optimize navigation planning, power management, and networking scheduling. The network model integrates time-sensitive networking (TSN) to improve data transmission reliability and determinacy against cyber attacks. Based on the architecture, the impacts of two typical types of cyber attacks are modeled, including data availability and control signal attacks. A robust cyber-physical defense strategy is formulated into a tri-level MINLP problem to minimize load shedding and voyage distance reduction while saving operation costs by identifying the worst case. To reduce computation complexity, the problem after linearization is decomposed based on the time scale of cyber and physical layers. Case studies indicate that the proposed strategy improves system resilience to conventional strategies.