Low carbon aldehydes and ketones are typical substances harmful to human body produced during cigarette smoking. Their contents in cigarette smoke are important indicators for evaluating its toxicity and the filtration effect of cigarette filter tips, which provides important guidance for its rational design. In this work, MXene membrane with unique lamellar structure was synthesized and loaded onto glass fiber filters to achieve effective enrichment of low carbon aldehydes and ketones. Compared to commercial Cambridge filters, the MXene-loaded filters exhibited higher extraction efficiency towards low-carbon aldehydes and ketones, making viable the detection of butyraldehyde, which was not detected by that enriched with Cambridge filters. Therefore, a MXene-based membrane enrichment-HPLC method was developed for the determination of low-carbon aldehydes and ketones in cigarette smoke with detection limits ranging from 0.133 μg/mL to 0.285 μg/mL. The applicability of the method was verified by analyzing three different types of filter cigarettes with the concentration in the range of 0.5–140 μg/branch for all the analytes, which were in good agreement with the manufacturer's results. The method is accurate and sensitive, and can be used for the quantitative determination of low carbon aldehydes and ketones in cigarette smoke.