We describe a comprehensive genomic characterization of adrenocortical carcinoma (ACC). Using this dataset, we expand the catalogue of known ACC driver genes to include PRKAR1A, RPL22, TERF2, CCNE1, and NF1. Genome wide DNA copy-number analysis revealed frequent occurrence of massive DNA loss followed by whole-genome doubling (WGD), which was associated with aggressive clinical course, suggesting WGD is a hallmark of disease progression. Corroborating this hypothesis were increased TERT expression, decreased telomere length, and activation of cell-cycle programs. Integrated subtype analysis identified three ACC subtypes with distinct clinical outcome and molecular alterations which could be captured by a 68-CpG probe DNA-methylation signature, proposing a strategy for clinical stratification of patients based on molecular markers.

Hashimoto's thyroiditis (HT) is managed with thyroid hormone replacement to maintain a euthyroid state. A subset of patients have refractory symptoms, which improve with thyroidectomy (TT). There remains a reluctance to proceed with surgery due to perceptions of complications, and limited data availability regarding improvements in quality of life (QoL). This retrospective case control study aims to analyse the outcomes and QoL scores for symptomatic euthyroid HT patients who underwent TT.

Background: Noise, an unwanted variability in judgement, is ubiquitous in medicine, including in the prescription of radioactive iodine (RAI). Building upon our recently developed predictive risk model, we created an online clinical support tool to facilitate the translation of our model into clinical practice. The aim of this study is to assess the utility of an online clinical support tool to reduce noise in the treatment for patients with DTC. Methods: The tool was accessible via weblink or a QR code. Activity recommendations were applied to the calculators four risk catgeories: 0GBq for very low risk, 1GBq for low risk; 4GBq for intermediate risk, and 6GBq for high risk. The tool was applied prospectively to 103 patients who received RAI at Royal North Shore Hospital between 2021-2022, and retrospectively to 393 patients treated with RAI between 2017-2021. Results: A significant difference was observed in administered activity between the 2021-2022 vs 2017-2021cohorts in patients stratified as intermediate (median activity 3.95GBq, IQR 2.03-4.04 vs 4GBq, 4-4), and high risk (4.07GBq, 3.95-5.7 vs 6GBq, 6-6) with p-values of 0.01 and <0.01 respectively. No difference was seen in low risk patients (2.01GBq, 1.03-3.98 vs 1GBq, 1-4,p = 0.30). Additionally, no clinically significant recurrence was observed between the two cohorts (6.6% vs 4.5%,p = 0.628). Conclusion: Optimal risk classification and activity recommendation continues to be established; our data suggests providing risk stratification and activity recommendation in an easy to access online tool can reduce noise and variability in activity prescription for patients with DTC.

RNA polymerase (Pol) I, II, and III are most commonly described as having distinct roles in synthesizing ribosomal RNA (rRNA), messenger RNA (mRNA), and specific small noncoding (nc)RNAs, respectively. This delineation of transcriptional responsibilities is not definitive, however, as evidenced by instances of Pol II recruitment to genes conventionally transcribed by Pol III, including the co-transcription of RPPH1 - the catalytic RNA component of RNase P. A comprehensive understanding of the interplay between RNA polymerase complexes remains lacking, however, due to limited comparative analyses for all three enzymes. To address this gap, we applied a uniform framework for quantifying global Pol I, II, and III occupancies that integrates currently available human RNA polymerase ChIP-seq datasets. Occupancy maps are combined with a comprehensive multi-class promoter set that includes protein-coding genes, noncoding genes, and repetitive elements. While our genomic survey appropriately identifies recruitment of Pol I, II, and III to canonical target genes, we unexpectedly discover widespread recruitment of the Pol III machinery to promoters of specific protein-coding genes, supported by colocalization patterns observed for several Pol III-specific subunits. We show that Pol III-occupied Pol II promoters are enriched for small, nascent RNA reads terminating in a run of 4 Ts, a unique hallmark of Pol III transcription termination and evidence of active Pol III activity at these sites. Pol III disruption differentially modulates the expression of Pol III-occupied coding genes, which are functionally enriched for ribosomal proteins and genes broadly linked to unfavorable outcomes in cancer. Our map also identifies additional, currently unannotated genomic elements occupied by Pol III with clear signatures of nascent RNA species that are sensitive to disruption of La (SSB) - a Pol III-related RNA chaperone protein. These findings reshape our current understanding of the interplay between Pols II and III and identify potentially novel small ncRNAs with broad implications for gene regulatory paradigms and RNA biology.

Mosquito saliva plays a determining role in flavivirus transmission. Here, we discover and elucidate how salivary lipids enhance transmission. Building upon our discovery of salivary extracellular vesicles (EV), we determined that lipids within mosquito EVs, and neither within human EVs nor virions, enhance infection for flaviviruses in primary cell types relevant for transmission. Mechanistically, mosquito EV-lipids specifically promote viral protein levels by reducing ER-associated degradation. Infection enhancement is caused by sphingomyelins within mosquito salivary EVs that elevate sphingomyelin concentration within host cells. Transmission assays showed that mosquito EV-lipids exacerbate disease severity. Our study reveals that EV-associated sphingomyelins within mosquito saliva enhance transmission for multiple flaviviruses by reconfiguring the host lipidome to promote viral protein levels and the resulting skin infection. Our findings open a new dimension centered on lipids in the interplay between hosts, mosquitoes and flaviviruses that determine transmission, unveiling lipids as a new pan-flavivirus target.