ABSTRACT DNA synthesis in vitro has enabled the rapid production of reference standards. These are used as controls, and allow measurement and improvement of the accuracy and quality of diagnostic tests. Current reference standards typically represent target genetic material, and act only as positive controls to assess test sensitivity. However, negative controls are also required to evaluate test specificity. Using a pair of chimeric A/B RNA standards, this allowed incorporation of positive and negative controls into diagnostic testing for the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2). The chimeric standards constituted target regions for RT-PCR primer/probe sets that are joined in tandem across two separate synthetic molecules. Accordingly, a target region that is present in standard A provides a positive control, whilst being absent in standard B, thereby providing a negative control. This design enables cross-validation of positive and negative controls between the paired standards in the same reaction, with identical conditions. This enables control and test failures to be distinguished, increasing confidence in the accuracy of results. The chimeric A/B standards were assessed using the US Centers for Disease Control real-time RT-PCR protocol, and showed results congruent with other commercial controls in detecting SARS CoV-2 in patient samples. This chimeric reference standard design approach offers extensive flexibility, allowing representation of diverse genetic features and distantly related sequences, even from different organisms.

Abstract Studies of sex chromosome dosage compensation have historically focussed on therian mammals which have a conserved XY sex determination system. In contrast, lizards have sex determination systems that can differ between even closely related species that include XY and ZW systems and thermolabile systems where genetic and temperature interact to various degrees to determine sex. The eastern three-lined skink ( Bassiana duperreyi ) has a differentiated XY sex determination system, in which low temperature incubation during development can cause female to male sex reversal, producing XX males. This provides a unique opportunity to investigate how genotype and phenotype affect dosage compensation. We generated transcriptomes from brain and heart tissue of normal adult males and females, along with brain tissue of sex-reversed XX males. We observed partial dosage compensation between XX females and XY males in both brain and heart, with median gene expression from the X in normal males being 0.7 times that of normal females. Surprisingly, in brain of sex reversed XX males the median X chromosome output did not match that of either normal males or females, but instead was 0.89 times that of the normal XX female level. This suggests that not just genotype, but also sexual phenotype, influences gene dosage of the X chromosome. This has profound implications for our understanding of the evolution of dosage compensation.

Abstract Background Loss‐of‐function variants in MME (membrane metalloendopeptidase) are a known cause of recessive Charcot–Marie–Tooth Neuropathy (CMT). A deep intronic variant, MME c.1188+428A>G (NM_000902.5), was identified through whole genome sequencing (WGS) of two Australian families with recessive inheritance of axonal CMT using the seqr platform. MME c.1188+428A>G was detected in a homozygous state in Family 1, and in a compound heterozygous state with a known pathogenic MME variant (c.467del; p.Pro156Leufs*14) in Family 2. Aims We aimed to determine the pathogenicity of the MME c.1188+428A>G variant through segregation and splicing analysis. Methods The splicing impact of the deep intronic MME variant c.1188+428A>G was assessed using an in vitro exon‐trapping assay. Results The exon‐trapping assay demonstrated that the MME c.1188+428A>G variant created a novel splice donor site resulting in the inclusion of an 83 bp pseudoexon between MME exons 12 and 13. The incorporation of the pseudoexon into MME transcript is predicted to lead to a coding frameshift and premature termination codon (PTC) in MME exon 14 (p.Ala397ProfsTer47). This PTC is likely to result in nonsense mediated decay (NMD) of MME transcript leading to a pathogenic loss‐of‐function. Interpretation To our knowledge, this is the first report of a pathogenic deep intronic MME variant causing CMT. This is of significance as deep intronic variants are missed using whole exome sequencing screening methods. Individuals with CMT should be reassessed for deep intronic variants, with splicing impacts being considered in relation to the potential pathogenicity of variants.

Indigenous Australians harbour rich and unique genomic diversity. However, Aboriginal and Torres Strait Islander ancestries are historically under-represented in genomics research and almost completely missing from reference databases. Addressing this representation gap is critical, both to advance our understanding of global human genomic diversity and as a prerequisite for ensuring equitable outcomes in genomic medicine. Here, we apply population-scale whole genome long-read sequencing to profile genomic structural variation across four remote Indigenous communities. We uncover an abundance of large indels (20-49bp; n=136,797) and structural variants (SVs; ≥50bp; n=159,912), the majority of which are composed of tandem repeat or interspersed mobile element sequences (90%) and have not been previously annotated (73%). A large fraction of SVs appear to be exclusive to Indigenous Australians (>30%) and the majority of these are found in only a single community, underscoring the need for broad and deep sampling to achieve a comprehensive catalogue of genomic structural variation across the Australian continent. Finally, we explore short-tandem repeats (STRs) throughout the genome to characterise allelic diversity at 50 known disease loci, uncover hundreds of novel repeat expansion sites within protein-coding genes, and identify unique patterns of diversity and constraint among STR sequences. Our study sheds new light on the dimensions, diversity and evolutionary trajectories of genomic structural variation within and beyond Australia.

As Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa são instituições estatais que recebem recursos financeiros para exercer o fomento da produção científica do Brasil. Dada a sua relevância e influência nos estados em que estão estabelecidas, é pertinente analisar a cobertura midiática dessas fundações, a fim de identificar como elas dialogam com a sociedade e como contribuem para o progresso científico, tecnológico e social. Neste sentido, o objetivo deste estudo é analisar a cobertura midiática relacionada às Fundações de Amparo à Pesquisa dos estados do Amazonas, Pará e Maranhão por meio de análise de notícias. Para tal, foram utilizadas técnicas de mineração de texto, que incluiu modelagem de tópicos utilizando BERTopic e a correlação de notícias com os Objetivos de Desenvolvimento Sustentável utilizando representação em grafos. Com os resultados obtidos, foi possível extrair insights relevantes, que podem fornecer subsídio para os gestores tomarem decisões baseadas em dados, possibilitando a construção de políticas públicas mais eficientes, dialógicas e que publicizem as pesquisas para além dos muros das universidades.