Dengue virus (DENV) is an enveloped RNA virus that causes the most common arthropod-borne infection worldwide. The mechanism by which DENV infects the host cell remains unclear. In this work, we used live-cell imaging and single-virus tracking to investigate the cell entry, endocytic trafficking, and fusion behavior of DENV. Simultaneous tracking of DENV particles and various endocytic markers revealed that DENV enters cells exclusively via clathrin-mediated endocytosis. The virus particles move along the cell surface in a diffusive manner before being captured by a pre-existing clathrin-coated pit. Upon clathrin-mediated entry, DENV particles are transported to Rab5-positive endosomes, which subsequently mature into late endosomes through acquisition of Rab7 and loss of Rab5. Fusion of the viral membrane with the endosomal membrane was primarily detected in late endosomal compartments.

The underlying etiology of nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) is believed to be quite varied. Changes in the gut microbiota have been investigated and are believed to contribute to at least some cases of the disease, though a causal relationship remains unclear. Here, we show that high-alcohol-producing Klebsiella pneumoniae (HiAlc Kpn) is associated with up to 60% of individuals with NAFLD in a Chinese cohort. Transfer of clinical isolates of HiAlc Kpn by oral gavage into mice induced NAFLD. Likewise, fecal microbiota transplant (FMT) into mice using a HiAlc-Kpn-strain-containing microbiota isolated from an individual with NASH induced NAFLD. However, selective elimination of the HiAlc Kpn strain before FMT prevented NAFLD in the recipient mice. These results suggest that at least in some cases of NAFLD an alteration in the gut microbiome drives the condition due to excess endogenous alcohol production.

Letters30 March 2020SARS-CoV-2–Positive Sputum and Feces After Conversion of Pharyngeal Samples in Patients With COVID-19FREEChen Chen, PhD, Guiju Gao, MD, Yanli Xu, MD, Lin Pu, MD, Qi Wang, MD, Liming Wang, PhD, Wenling Wang, PhD, Yangzi Song, MS, Meiling Chen, MS, Linghang Wang, MD, PhD, Fengting Yu, MS, Siyuan Yang, MS, Yunxia Tang, PhD, Li Zhao, PhD, Huijuan Wang, PhD, Yajie Wang, PhD, Hui Zeng, MD, PhD, and Fujie Zhang, MD, PhDChen Chen, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Guiju Gao, MDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Yanli Xu, MDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Lin Pu, MDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Qi Wang, MDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Liming Wang, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Wenling Wang, PhDNHC Key Laboratory, National Institute for Viral Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, China (W.W., L.Z., H.W.), Yangzi Song, MSBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Meiling Chen, MSBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Linghang Wang, MD, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Fengting Yu, MSBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Siyuan Yang, MSBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Yunxia Tang, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Li Zhao, PhDNHC Key Laboratory, National Institute for Viral Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, China (W.W., L.Z., H.W.), Huijuan Wang, PhDNHC Key Laboratory, National Institute for Viral Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, China (W.W., L.Z., H.W.), Yajie Wang, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), Hui Zeng, MD, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.), and Fujie Zhang, MD, PhDBeijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.)Author, Article, and Disclosure Informationhttps://doi.org/10.7326/M20-0991 SectionsAboutVisual AbstractPDF ToolsAdd to favoritesDownload CitationsTrack CitationsPermissions ShareFacebookTwitterLinkedInRedditEmail Background: The outbreak of coronavirus disease 2019 (COVID-19) has become a global public health problem. In the absence of a specific therapy or vaccine, timely diagnosis and the establishment of a sufficient isolation period for infected individuals are critical to containment efforts. Real-time quantitative fluorescence polymerase chain reaction (RT-qPCR) testing of respiratory specimens for SARS-CoV-2 RNA is currently used for case diagnosis and to guide the duration of patient isolation or hospital discharge (1). Specimens that are positive on RT-qPCR have, however, also been reported from blood (2), feces (3), and urine (4). Whether testing of multiple body sites is important when considering patient isolation has not been thoroughly studied.Objective: To assess the results of RT-qPCR for SARS-CoV-2 RNA of sputum and fecal samples from a group of patients after conversion of their pharyngeal samples from positive to negative.Methods and Findings: We retrospectively identified a convenience sample of patients admitted to Beijing Ditan Hospital, Capital Medical University, with a diagnosis of COVID-19 and paired RT-qPCR testing of pharyngeal swabs with either sputum or feces samples. A diagnosis of COVID-19 required at least 2 RT-qPCR–positive pharyngeal swabs, and patients underwent treatments as well as initial and follow-up testing of pharyngeal, sputum, or fecal samples at the discretion of treating clinicians. Hospital discharge required meeting 4 criteria: afebrile for more than 3 days, resolution of respiratory symptoms, substantial improvement of chest computed tomographic findings, and 2 consecutive negative RT-qPCR tests for SARS-CoV-2 in respiratory samples obtained at least 24 hours apart (1). We report the findings of patients with at least 1 initial or follow-up RT-qPCR positive sputum or fecal sample obtained within 24 hours of a follow-up negative RT-qPCR pharyngeal sample. The RT-qPCR assay targeted the open reading frame 1ab (ORF1ab) region and nucleoprotein (N) gene with a negative control. A cycle threshold value of 37 or less was interpreted as positive for SARS-CoV-2, according to Chinese national guidelines.Among 133 patients admitted with COVID-19 from 20 January to 27 February 2020, we identified 22 with an initial or follow-up positive sputum or fecal sample paired with a follow-up negative pharyngeal sample. Of these patients, 18 were aged 15 to 65 years, and 4 were children; 14 were male; and 11 had a history of either travel to or exposure to an individual returning from Hubei Province in the past month. Fever was the most common initial onset symptom. Five patients had at least 1 preexisting medical condition (Table). All patients met criteria and were discharged from the hospital.Table. Characteristics of 22 Patients With Confirmed COVID-19 Who Had a Positive RT-qPCR Result for SARS-CoV-2 in Fecal and/or Sputum Samples After a Negative RT-qPCR Result on Pharyngeal SwabWe collected 545 specimens from 22 patients, including 209 pharyngeal swabs, 262 sputum samples, and 74 feces samples (Figure). In these patients, sputum and feces remained positive for SARS-CoV-2 on RT-qPCR up to 39 and 13 days, respectively, after the obtained pharyngeal samples were negative.Figure. Results of nucleic acid testing in 22 patients with confirmed COVID-19 infection, by timing of symptom onset.Infection was confirmed by RT-qPCR assay of pharyngeal swabs, sputum samples, and feces samples. Day 0 is the day of symptom onset for each patient. Patient 2 had RT-qPCR positive sputum samples after negative pharyngeal samples (although not paired within 24 hours); he was discharged from the hospital on the basis of sequential negative samples. N = negative; NA = not available; P = positive; RT-qPCR = real-time quantitative fluorescence polymerase chain reaction. Download figure Download PowerPoint Discussion: Pharyngeal swabs are widely used to determine the appropriateness of a patient's discharge from the hospital and whether isolation continues to be required. We observed 22 patients who had positive RT-qPCR results for SARS-CoV-2 in the sputum or feces after pharyngeal swabs became negative. These findings raise concern about whether patients with negative pharyngeal swabs are truly virus-free, or sampling of additional body sites is needed. It is important to emphasize, however, that it is not known whether the positive RT-qPCR results for SARS-CoV-2 observed here indicate that a patient continues to pose a risk for infection to others. Related, positive throat samples (after negative samples) after hospital discharge have been reported (5).Limitations of our study are that it is based on a convenience sample and that serial samples were not obtained from each patient on a defined schedule. These results warrant further study, including the systematic and simultaneous collection of samples from multiple body sites and evaluation of infectious risk.References1. China National Health Commission. Chinese Clinical Guidance For COVID-19 Pneumonia Diagnosis and Treatment. 7th ed. 4 March 2020. Accessed at http://kjfy.meetingchina.org/msite/news/show/cn/3337.html on 22 March 2020. Google Scholar2. Huang C, Wang Y, Li X, et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet. 2020;395:497-506. [PMID: 31986264] doi:10.1016/S0140-6736(20)30183-5 CrossrefMedlineGoogle Scholar3. Wang W, Xu Y, Gao R, et al. Detection of SARS-CoV-2 in different types of clinical specimens. JAMA. 2020. [PMID: 32159775] doi:10.1001/jama.2020.3786 CrossrefMedlineGoogle Scholar4. Wang L, Li X, Chen H, et al. SARS-CoV-2 infection does not significantly cause acute renal injury: an analysis of 116 hospitalized patients with COVID-19 in a single hospital, Wuhan, China. medRxiv. 27 February 2020. Accessed at www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.19.20025288v1 on 24 March 2020. Google Scholar5. Lan L, Xu D, Ye G, et al. Positive RT-PCR test results in patients recovered from COVID-19. JAMA. 2020. [PMID: 32105304] doi:10.1001/jama.2020.2783 CrossrefMedlineGoogle Scholar Comments 0 Comments Sign In to Submit A Comment Neelesh GuptaUniversity of South Alabama Medical Center, Mobile, AL, USA1 April 2020 What about transmission Good to peruse this erudite study. The infectivity of sputum is of concern if the infection is air-borne like tuberculosis, and infectivity of stool is of concern only if the COVID-19 virus is not destroyed by gastric juices. Could authors shed light on these important issues. Disclosures: Nil Richard M Fleming, PhD, MD, JD (FHHI-OI-Camelot); Matthew R Fleming, BS, NRP (FHHI-OI-Camelot); Tapan K Chaudhuri, MD (Eastern Virginia Medical School)FHHI-OI-Camelot; Eastern Virginia Medical School31 March 2020 CoVid-19 Pneumonia Deaths - Exactly as defined - It's time to get serious about this! The deaths associated with CoVid-19 are exactly as we have previously defined and warned about [1].The inflammatory reaction precipitated by viruses - worsening coronary artery disease (CAD), cancer, and other chronic inflammatory diseases - was originally laid out in the mid-1990s, published in a Cardiology Textbook in 1999 [2] and later detailed on 20/20 [3] in 2004.The inflammatory changes, which occur within tissue can and must be measured to determine the severity of CoVid-19 pneumonia (CVP). FMTVDM must also be used if we are to measure the success or failure of proposed treatments for CVP [4-6] - directing individual patient treatment; saving time, money, resources and lives.You need only ask yourself if guessing is good enough [7] or should we be measuring treatment outcomes? Simply ask yourself, what would you want if the patient with CVP on a ventilator in a hospital were your friend or someone you loved?References:1. Fleming RM, Fleming MR, Chaudhuri TK. Hope and knowledge, after all, is very contagious – more contagious than this virus. 18 March 2020. BMJ 2020;368:m1087. https://www.bmj.com/content/368/bmj.m1087/rr 2. Fleming RM. Chapter 64. The Pathogenesis of Vascular Disease. Textbook of Angiology. John C. Chang Editor, Springer-Verlag New York, NY. 1999, pp. 787-798. doi:10.1007/978-1-4612-1190-7_64. 3. "Hidden Heart Disease. Could a simple, inexpensive test save your life?" 20/20 - ABC Network with Barbara Walters and Dr. Timothy Johnson 16 April 2004. https://www.youtube.com/watch?v=Hvb_Ced7KyA&t=22s 4. The Fleming Method for Tissue and Vascular Differentiation and Metabolism (FMTVDM) using same state single or sequential quantification comparisons. Patent Number 9566037. Issued 02/14/2017. 5. Mahase Elisabeth. Covid-19: what treatments are being investigated? BMJ 2020; 368:m1252 6. Sayburn Anna. Covid-19: trials of four potential treatments to generate "robust data" of what works BMJ 2020; 368 :m1206 7. Fleming RM, Fleming MR, Dooley WC, Chaudhuri TK. Invited Editorial. The Importance of Differentiating Between Qualitative, Semi-Quantitative and Quantitative Imaging – Close Only Counts in Horseshoes. Eur J Nucl Med Mol Imaging. 2020;47(4):753-755. DOI:10.1007/s00259-019-04668-y. Published online 17 January 2020 https://link.springer.com/article/10.1007/s00259-019- 04668-y https://rdcu.be/b22Dd Disclosures: FMTVDM issued to first author. Sheila Nguyen, MD(1), Srinivas R Vunnam, MD(2), Wallace H Greene, PhD(3), Rama Vunnam, MD(1)(1) Penn State Health Milton S. Hershey Medical Center, (2) University of Nebraska Medical Center, (3) Penn State College of Medicine14 July 2020 Time to advocate for Stool testing in hospitalized COVID-19 patients To the Editor: Dr. Chen and colleagues1 published on the detection of SARS-CoV-2 in the sputum or feces up to 39 and 13 days, respectively, after pharyngeal swabs became negative. This finding adds to growing evidence of prolonged viral shedding beyond the recommended isolation period for patients. To better understand fecal-oral and fecal-respiratory routes of transmission and to improve infection control strategies, we believe it's time to time to advocate for Stool testing in hospitalized COVID-19 patients. Existing data report increased prevalence of GI symptoms up to 12% of COVID-19 patients, with viral shedding observed in 40.5% of all patients2 . In a systematic review by Cheung et al., fecal viral shedding was reported in 70.3% of patients after respiratory specimens became negative3. Xiao et al. were able to isolate the SARS-CoV-2 virus from feces on two viral-RNA-positive patients, and the authors were able to show that the isolated virus was infectious to susceptible cells and could be neutralized by antibodies when the sample is exposed to the patient's serum4. This result may suggest evidence of fecal-oral transmission or fecal-respiratory transmission through aerosolized feces. Furthermore, on April 9, 2020 Food and Drug Administration (FDA) released a safety alert on the potential risk of transmission of SARS-CoV-2 by fecal microbiota for transplantation (FMT)5. Up-to-date isolation guidelines may be inadequate to mitigate the spread of infection in both clinical and community settings and thus we want to emphasize the following points: Despite the increased prevalence of GI symptoms and evolving evidence that prolonged viral shedding, to date, there is no FDA validated emergency use authorization (EUA) stool testing. Since the updated data on the increasing prevalence of GI symptoms, there has been no updated guideline from the Center for Disease Control (CDC), WHO or Gastroenterology societies on contact isolation for those patients with GI manifestations. Based on current data, we urge for the expansion of our testing of viral RNA detection to stool samples to understand viral shedding dynamics better. As hospitalists we recognize the limitations of current testing capabilities, feasibility to perform stool testing in all COVID-19 patients. However, a rigorous approach, such as stool testing in addition to nasopharyngeal swab testing to confirm disease recovery, may have implications, especially in moderate and severe covid-19 patients require hospitalization. Hospitalized patients who require gastrointestinal interventions, intraabdominal surgical procedures, and care transition, discharging patients to long term or short term health facilities. REFERENCES: Chen C, Gao G, Xu Y, et al. SARS-CoV-2-Positive Sputum and Feces After Conversion of Pharyngeal Samples in Patients With COVID-19. Annals of internal medicine. 2020;172(12):832-834. Parasa S, Desai M, Thoguluva Chandrasekar V, et al. Prevalence of Gastrointestinal Symptoms and Fecal Viral Shedding in Patients With Coronavirus Disease 2019: A Systematic Review and Meta-analysis. JAMA Network Open. 2020;3(6):e2011335-e2011335. Cheung KS, Hung IFN, Chan PPY, et al. Gastrointestinal Manifestations of SARS-CoV-2 Infection and Virus Load in Fecal Samples From a Hong Kong Cohort: Systematic Review and Meta-analysis. Gastroenterology. 2020. Xiao F, Sun J, Xu Y, et al. Infectious SARS-CoV-2 in Feces of Patient with Severe COVID-19. Emerg Infect Dis. 2020;26(8). Administration USFD. Information Pertaining to Additional Safety Protections Regarding Use of Fecal Microbiota for Transplantation - Screening Donors for COVID-19 and Exposure to SARS-CoV-2 and Testing for SARS-CoV-2. 2020, April 09; https://www.fda.gov/vaccines-blood-biologics/safety-availability-biologics/safety-alert-regarding-use-fecal-microbiota-transplantation-and-additional-safety-protections. Disclosures: NA Chen Chen, PhD, Liming Wang, PhD, Pengcheng Du, PhD, Hui Zeng, MD, Fujie Zhang, MDInstitute of Infectious Diseases, Beijing Ditan Hospital, Capital Medical University, Beijing27 July 2020 Time to advocate for stool testing in hospitalized COVID-19 patients. Thank you for your comments and continuous interest in our study. In addition to our observation on the positive test of SARS-CoV-2 in feces, authors noticed that the virus was isolated from feces and present as a high prevalence 1. Thus, it is important to understand the fecal-oral and fecal respiratory routes of transmission. Currently, the commonly recognized transmission route of COVID-19 is through droplets by airway breathing and close contact via contaminated hands2. Several recent outbreaks provided the contaminant food may also cause the infection, especially the reemergence of SARS-CoV-2 in Beijings Xinfadi Wholesale Market after 56 days silent of the virus3. Sparking concern that salmon could be contaminated with the deadly virus, and whether SARS-CoV-2 could transmitted from fish to humans is unclear. These evidences raised the potential risk of fecal-oral and fecal-respiratory transmitted routes in addition to respiratory route of SARS-CoV-2. There is dearth evidence to support the fecal-oral or fecal-respiratory transmission yet. Limited data of epidemic surveillance of SARS-CoV-2 in feces has been illustrated4. In our hospital, lack of the human source in clinic, the epidemic surveillance of SARS-CoV-2 in feces is still not carried out. However, there are increasing studies reporting GI manifestations among patients infected with COVID-19 especially among those who turned to be negative in pharyngeal swabs suggesting that the SARS-CoV-2 in not only confined to the lung but also to the other parts of respiratory tract and gastrointestinal system5. In addition, our recent study demonstrated two SARS-CoV-2 variant types co-infected in one patient, but might lead to different organs, subsequently. The further tropism of SARS-CoV-2 in gastrointestinal tract and respiratory tract should be cared for. These mutants of virus might play important roles for virus to evade the host immunity under different immune selective pressure. We agree it is time to conduct more research on exploration of consolidate evidence to support the establishment of other transmission route other than respiratory transmission. Under current situation without consolidate evidence of fecal-oral or fecal-respiratory transmission, stools monitoring is necessary to either for the confirmation of disease recovery or for the determination of the isolation. REFERENCES: Parasa S, Desai M, Thoguluva Chandrasekar V, et al. Prevalence of Gastrointestinal Symptoms and Fecal Viral Shedding in Patients With Coronavirus Disease 2019: A Systematic Review and Meta-analysis. JAMA Network Open. 2020; 3(6):e2011335-e2011335. Zhang R, Li Y, Zhang AL, Wang Y, et al. Identifying airborne transmission as the dominant route for the spread of COVID-19. Proceedings of the National Academy of sciences. 2020; 117(26):202009637. Bhowmick GD, Dhar D, Nath D, et al. Coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreak: some serious consequences with urban and rural water cycle. npj Clean Water. 2020. Wenjie Tan, Peihua Niu, Xiang Zhao, et al. Reemergent Cases of COVID-19 — Xinfadi Wholesales Market, Beijing Municipality, China, June 11, 2020[J]. China CDC Weekly, 2020, 2(27): 502-504. doi: 10.46234/ccdcw2020.132. Xiao F, Tang M, Zheng X, Li C, Shan H. Evidence for gastrointestinal infection of SARS-CoV-2. Gastroenterology. 2020; 158(6):1831-3. Author, Article, and Disclosure InformationAuthors: Chen Chen, PhD; Guiju Gao, MD; Yanli Xu, MD; Lin Pu, MD; Qi Wang, MD; Liming Wang, PhD; Wenling Wang, PhD; Yangzi Song, MS; Meiling Chen, MS; Linghang Wang, MD, PhD; Fengting Yu, MS; Siyuan Yang, MS; Yunxia Tang, PhD; Li Zhao, PhD; Huijuan Wang, PhD; Yajie Wang, PhD; Hui Zeng, MD, PhD; Fujie Zhang, MD, PhDAffiliations: Beijing Ditan Hospital, Capital Medical University, and Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Beijing, China (C.C., G.G., Y.X., L.P., Q.W., L.W., Y.S., M.C., L.W., F.Y., S.Y., Y.T., Y.W., H.Z., F.Z.)NHC Key Laboratory, National Institute for Viral Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, China (W.W., L.Z., H.W.)Note: Authors indicated with an asterisk (Drs. C. Chen, G. Gao, Y. Xu, L. Pu, Q. Wang, L. Wang, and W. Wang) contributed equally to this article. Authors indicated with a dagger (Drs. H. Zeng and F. Zhang) were co–senior authors of the article.Acknowledgment: The authors thank all health care workers involved in the diagnosis and treatment of patients in China. They also thank Professor Ang Li for guidance in study design and coordination.Financial Support: This work is funded by Beijing Science and Technology Commission.Disclosures: Authors have disclosed no conflicts of interest. Forms can be viewed at www.acponline.org/authors/icmje/ConflictOfInterestForms.do?msNum=M20-0991.Reproducible Research Statement:Study protocol, statistical code, and data set: Available from Dr. Fujie Zhang (e-mail, treatment@chinaaids.cn) and Dr. Hui Zeng (e-mail, zenghui@ccmu.edu.cn).This article was published at Annals.org on 30 March 2020. PreviousarticleNextarticle Advertisement FiguresReferencesRelatedDetails Metrics Cited byBioaerosols as emerging sustainability indicatorsQuantitative SARS-CoV-2 exposure assessment for workers in wastewater treatment plants using Monte-Carlo simulationTracking community infection dynamics of COVID-19 by monitoring SARS-CoV-2 RNA in wastewater, counting positive reactions by qPCRAssessment of thermal and temporal stability of SARS-CoV-2 samples using real-time qRT-PCRCorrelation between wastewater and COVID-19 case incidence rates in major California sewersheds across three variant periodsDetection of Monkeypox Using Modified ResNet50Interlaboratory comparison using inactivated SARS-CoV-2 variants as a feasible tool for quality control in COVID-19 wastewater monitoringApplication of Pre-Trained CNN Methods to Identify COVID-19 Pneumonia from Chest X-RayDuration of Replication-Competent Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Shedding Among Patients With Severe or Critical Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)Post-COVID-19 cholangiopathy: A systematic reviewCOVID-19 surveillance in wastewater: An epidemiological tool for the monitoring of SARS-CoV-2Implementation of a National Wastewater Surveillance System in France as a Tool to Support Public Authorities During the Covid Crisis: The Obepine ProjectDuration of SARS-CoV-2 RNA positivity from various specimens and clinical characteristics in patients with COVID-19: a systematic review and meta-analysisClinical and epidemiological investigation of a child with asymptomatic COVID-19 infection following reoccurrenceCRISPR-based systems for sensitive and rapid on-site COVID-19 diagnosticsA Systematic Review on Tracheostomy in COVID-19 Patients: Current Guidelines and Safety MeasuresHigh prevalence of SARS-CoV-2 detection and prolonged viral shedding in stools: A systematic review and cohort studyHigh prevalence of SARS-CoV-2 detection and prolonged viral shedding in stools: A systematic review and cohort studyPredictors of intensive care unit admission and mortality in SARS-CoV-2 infection: A cross sectional study at a tertiary care hospitalTherapeutic Targeting of Innate Immune Receptors Against SARS-CoV-2 InfectionStrategies for Scaling up SARS-CoV-2 Molecular Testing CapacityThe importance of fecal nucleic acid detection in patients with coronavirus disease (COVID‐19): A systematic review and meta‐analysisEarly warning of a COVID-19 surge on a university campus based on wastewater surveillance for SARS-CoV-2 at residence hallsOn male urination and related environmental disease transmission in restrooms: From the perspectives of fluid dynamicsNetwork Pharmacology and Bioinformatics Analyses Identify Intersection Genes of Vitamin D3 and COVID-19 as Potential Therapeutic TargetsFerrate (VI), Fenton Reaction and Its Modification: An Effective Method of Removing SARS-CoV-2 RNA from Hospital WastewaterReview and Meta‐Analysis: SARS‐CoV‐2 and Enveloped Virus Detection in Feces and WastewaterAdvances in laboratory detection methods and technology application of SARS‐CoV‐2Percutaneous tracheostomy in COVID-19 patients: a new apneic approachCOVID-19 Diagnosis from Chest X-ray Images Using a Robust Multi-Resolution Analysis Siamese Neural Network with Super-Resolution Convolutional Neural NetworkWMR-DepthwiseNet: A Wavelet Multi-Resolution Depthwise Separable Convolutional Neural Network for COVID-19 DiagnosisTrue or false: what are the factors that influence COVID-19 diagnosis by RT-qPCR?The Public Health Governance of the COVID-19 Pandemic: A Bibliometric AnalysisPerformance Analysis of Convolutional Neural Network Architectures for the Identification of COVID-19 from Chest X-ray ImagesGlobal internet search trends related to gastrointestinal symptoms predict regional COVID-19 outbreaksExperimental Models of SARS-COV-2 Infection in the Central Nervous SystemFeatures of capsule endoscopy in COVID‐19 patients with a six‐month follow‐up: A prospective observational studyPrevention of pulmonary complications in sedated patients undergoing interventional procedures in the nonoperating room anesthesia settingPortable and visual assays for the detection of SARS‐CoV‐2Can SARS-CoV-2 be transmitted via faeces?COVID-19 Detection Model on Chest CT Scan and X-ray Images Using VGG16 Convolutional Neural NetworkCOVID-19 wastewater epidemiology: a model to estimate infected populationsGuidelines for otorhinolaryngologists and head neck surgeons in coronavirus disease 2019 pandemicStandardized preservation, extraction and quantification techniques for detection of fecal SARS-CoV-2 RNASensitive detection and quantification of SARS-CoV-2 in salivaDetection of three pandemic causing coronaviruses from non-respiratory samples: systematic review and meta-analysisViral Infectivity in Patients Undergoing Tracheotomy With COVID‐19: A Preliminary StudyPrepNet: A Convolutional Auto-Encoder to Homogenize CT Scans for Cross-Dataset Medical Image AnalysisDetection of COVID-19 on Lung CT Images Using Semi Supervised LearningTransfer Learning Based Method for Automatic COVID-19 Cases Detection in Chest X-Ray ImagesTransmission of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 via fecal-oral: Current knowledgeUsing new technicque in sigmoid volvulus surgery in patients affected by COVID19Data-driven estimation of COVID-19 community prevalence through wastewater-based epidemiologyCurrent State and Future of Infection Prevention in EndoscopyTracheostomy in COVID-19 Pandemic EraddPCR increases detection of SARS-CoV-2 RNA in patients with low viral loadsWhat GI Physicians Need to Know During COVID-19 PandemicCritical appraisal of the mechanisms of gastrointestinal and hepatobiliary infection by COVID-19Molecular Epidemiology of SARS-CoV-2 in Diverse Environmental Samples GloballySewage Systems Surveillance for SARS-CoV-2: Identification of Knowledge Gaps, Emerging Threats, and Future Research NeedsCross-validation of ELISA and a portable surface plasmon resonance instrument for IgG antibody serology with SARS-CoV-2 positive individualsSARS-CoV-2 (COVID-19), viral load and clinical outcomes; lessons learned one year into the pandemic: A systematic reviewBronchoscopy during the COVID-19 pandemic: A Canadian Thoracic Society position statementReal-world SARS CoV-2 testing in Northern England during the first wave of the COVID-19 pandemicAnimal Transmission of SARS-CoV-2 and the Welfare of Animals during the COVID-19 PandemicFirst surveillance of SARS-CoV-2 and organic tracers in community wastewater during post lockdown in Chennai, South India: Methods, occurrence and concurrenceSafety and protection in endoscopic services during phase II of COVID-19 pandemic: a national surveySARS-CoV-2 Viral Shedding and Transmission Dynamics: Implications of WHO COVID-19 Discharge GuidelinesManagement of tracheostomy in COVID-19 patients: The Japanese experienceEarly and consecutive RT-PCR tests with both oropharyngeal swabs and sputum could improve testing yield for patients with COVID-19: An observation cohort study in ChinaConcordance of Upper and Lower Respiratory Tract Samples for SARS-CoV-2 in Pediatric Patients: Research LetterWastewater-Based Epidemiology as an Early Warning System for the Spreading of SARS-CoV-2 and Its Mutations in the PopulationSeveral forms of SARS-CoV-2 RNA can be detected in wastewaters: Implication for wastewater-based epidemiology and risk assessmentRisk factors for SARS-CoV-2 re-positivity in COVID-19 patients after dischargeA novel percutaneous tracheostomy technique to reduce aerosolisation during the COVID-19 pandemic: A description and case seriesTracheostomy During the COVID‐19 Pandemic: Comparison of International Perioperative Care Protocols and Practices in 26 CountriesRole of wastewater treatment in COVID-19 controlComparative analysis of various clinical specimens in detection of SARS-CoV-2 using rRT-PCR in new and follow up cases of COVID-19 infection: Quest for the best choiceTwo cases of COVID‐19 with positive salivary and negative pharyngeal or respiratory swabs at hospital discharge: A rising concernInfection with SARS-CoV-2 in primary care health care workers assessed by antibody testingStability of SARS‐CoV‐2 and other coronaviruses in the environment and on common touch surfaces and the influence of climatic conditions: A reviewCOVID-19: Test, Test and TestAn overview of the effect of bioaerosol size in coronavirus disease 2019 transmissionChest CT for rapid triage of patients in multiple emergency departments during COVID-19 epidemic: experience report from a large French university hospitalAntibody response and the clinical presentation of patients with COVID-19 in Croatia: the importance of a two-step testing approachProlonged viral shedding of SARS-CoV-2 in an immunocompromised patientDetection profile of SARS‐CoV‐2 using RT‐PCR in different types of clinical specimens: A systematic review and meta‐analysisDiarrhea and altered inflammatory cytokine pattern in severe coronavirus disease 2019: Impact on disease course and in‐hospital mortalitySARS-CoV-2 RNA in Wastewater Settled Solids Is Associated with COVID-19 Cases in a Large Urban SewershedA review on human body fluids for the diagnosis of viral infections: scope for rapid detection of COVID-19Gastrointestinal Manifestations of COVID-19Gastrointestinal Manifestations of COVID-19Is recurrence possible in coronavirus disease 2019 (COVID-19)? Case series and systematic review of literatureRecurrence of SARS-CoV-2 viral RNA in recovered COVID-19 patients: a narrative reviewAnalysis of sputum/tracheal aspirate and nasopharyngeal samples for SARS-CoV-2 detection by laboratory-developed test and Panther Fusion systemGenetics and genomics of SARS-CoV-2: A review of the literature with the special focus on genetic diversity and SARS-CoV-2 genome detectionInsights into the management of anorectal disease in the coronavirus 2019 disease eraMass screening of COVID-19 cases by sputum testing: An Indian perspectiveEnvironmental virus detection associated with asymptomatic SARS-CoV-2-infected individuals with positive anal swabsDiagnostic Tests for COVID-19The gut microbiome of COVID-19 recovered patients returns to uninfected status in a minority-dominated United States cohortDischarged COVID‐19 patients testing positive again for SARS‐CoV‐2 RNA: A minireview of published studies from ChinaPediatric Endoscopy During the COVID‐19 PandemicEvaluation of lockdown effect on SARS-CoV-2 dynamics through viral genome quantification in waste water, Greater Paris, France, 5 March to 23 April 2020SARS-CoV-2: The Growing Case for Potential Transmission in a Building via Wastewater Plumbing SystemsMichael Gormley, PhD, CEngSummary of the Detection Kits for SARS-CoV-2 Approved by the National Medical Products Administration of China and Their Application for Diagnosis of COVID-19MINERVA: A Facile Strategy for SARS-CoV-2 Whole-Genome Deep Sequencing of Clinical SamplesMolecular and serological characterization of SARS-CoV-2 infection among COVID-19 patientsAutomatic Detection of COVID-19 Disease in Chest X-Ray Images using Deep Neural NetworksAt what times during infection is SARS-CoV-2 detectable and no longer detectable using RT-PCR-based tests? A systematic review of individual participant dataWastewater-Based Epidemiology (WBE) and Viral Detection in Polluted Surface Water: A Valuable Tool for COVID-19 Surveillance—A Brief ReviewGenomic surveillance of COVID-19 cases in BeijingSevere acute respiratory syndrome coronavirus‐2 infection and the gut–liver axisProteomics and Informatics for Understanding Phases and Identifying Biomarkers in COVID-19 DiseaseDifferences of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Shedding Duration in Sputum and Nasopharyngeal Swab Specimens Among Adult Inpatients With Coronavirus Disease 2019SARS CoV-2 Detection From Upper and Lower Respiratory Tract SpecimensLimited effectiveness of systematic screening by nasopharyngeal RT-PCR of medicalized nursing home staff after a first case of COVID-19 in a residentComment on: Abdominal fluid samples (negative for SARS-CoV-2) from a critically unwell patient with respiratory COVID-19Analytical and Clinical Evaluation of the Automated Elecsys Anti–SARS-CoV-2 Antibody Assay on the Roche cobas e602 AnalyzerImplementation of environmental surveillance for SARS-CoV-2 virus to support public health decisions: Opportunities and challengesThe Yield and Consistency of the Detection of SARS-CoV-2 in Multiple Respiratory SpecimensSystematic review with meta‐analysis: SARS‐CoV‐2 stool testing and the potential for faecal‐oral transmissionObservations about symptomatic and asymptomatic infections of 494 patients with COVID-19 in Shanghai, ChinaThe Use of Bronchoscopy During the Coronavirus Disease 2019 PandemicSARS-CoV-2 detection in different respiratory sites: A systematic review and meta-analysisCOVID-19 and Advanced Practice Registered Nurses: Frontline UpdateOropharyngeal Secretion as Alternative for SARS-CoV-2 DetectionCOVID‐19: Focus on the lungs but do not forget the gastrointestinal tractIncidence and Persistence of Viral Shedding in COVID-19 Post-acute Patients With Negativized Pharyngeal Swab: A Systematic ReviewImpact of the COVID-19 pandemic on Gastroenterology Divisions in Italy: A national surveyImpact of SARS-CoV-2 on a high volume endoscopy center in ItalyDetection of SARS-CoV-2 RNA in fecal specimens of patients with confirmed COVID-19: A meta-analysisCOVID-19 paraclinical diagnostic tools: Updates and future trendsRe-Detectable Positive RT-PCR Test Results in Recovered COVID-19 Patients: The Potential Role of ACE2Challenges in the management of patients with systemic light chain (AL) amyloidosis during the COVID‐19 pandemicCluster of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in the French Alps, February 2020Extent of infectious SARS-CoV-2 aerosolisation as a result of oesophagogastroduodenoscopy or colonoscopyClinical Best Practice Advice for Hepatology and Liver Transplant Providers During the COVID‐19 Pandemic: AASLD Expert Panel Consensus StatementDetect to protect: pneumoperitoneum gas samples for SARS-CoV-2 and biohazard testingTracheostomy in the COVID-19 era: global and multidisciplinary guidanceManifestations and prognosis of gastrointestinal and liver involvement in patients with COVID-19: a systematic review and meta-analysisMask wearing in pre-symptomatic patients prevents SARS-CoV-2 transmission: An epidemiological analysisIs SARS-CoV-2 Also an Enteric Pathogen With Potential Fecal–Oral Transmission? A COVID-19 Virological and Clinical ReviewCOVID-19 Serosurveillance May Facilitate Return-to-Work DecisionsFecal‐oral transmission of COVID‐19Delivering Safe and Effective Hemodialysis in Patients with Suspected or Confirmed COVID-19 Infection: A Single-Center Perspective from ItalyUpdate for Anaesthetists on Clinical Features of COVID-19 Patients and Relevant ManagementCOVID-19 Detection Through Transfer Learning Using Multimodal Imaging DataCOVID-19 Control by Computer Vision Approaches: A SurveyCOVID-19: A 2020 update 16 June 2020Volume 172, Issue 12 Page: 832-834 Keywords COVID-19 Patients Polymerase chain reaction Prevention, policy, and public health RNA Sputum Statistical data Thorax Urine Vaccines ePublished: 30 March 2020 Issue Published: 16 June 2020 Copyright & PermissionsCopyright © 2020 by American College of Physicians. All Rights Reserved.PDF downloadLoading ...

Abstract With the relatively serious global epidemic outbreak of SARS-CoV-2 infection, public concerns focus on not only clinical therapeutic measures and public quarantine for this disease but also the development of vaccines. The technical design of our SARS-CoV-2 inactivated vaccine provides a viral antigen that enables the exposure of more than one structural protein based upon the antibody composition of COVID-19 patients’ convalescent serum. This design led to valid immunity with increasing neutralizing antibody titers and a CTL response detected post-immunization of this vaccine by two injections in rhesus macaques. Further, this elicited immunoprotection in macaques enables not only to restrain completely viral replication in tissues of immunized animals, compared to the adjuvant control and those immunized by an RBD peptide vaccine, but also to significantly alleviate inflammatory lesion in lung tissues in histo-pathologic detection, compared to the adjuvant control with developed interstitial pneumonia. The data obtained from these macaques immunized with the inactivated vaccine or RBD peptide vaccine suggest that immunity with a clinically protective effect against SARS-CoV-2 infection should include not only specific neutralizing antibodies but also specific CTL responses against at least the S and N antigens.

Abstract The standard practice of presenting one viral sequence for each infected individual implicitly assumes low within-host genetic diversity. It places the emphasis on the viral evolution between, rather than within, hosts. To determine this diversity, we collect SARS-CoV-2 samples from the same patient multiple times. Our own data in conjunction with previous reports show that two viral samples collected from the same individual are often very different due to the substantial within-host diversity. Each sample captures only a small part of the total diversity that is transiently and locally released from infected cells. Hence, the global SARS-CoV-2 population is a meta-population consisting of the viruses in all the infected hosts, each of which harboring a genetically diverse sub-population. Advantageous mutations must be present first as the within-host diversity before they are revealed as between-host polymorphism. The early detection of such diversity in multiple hosts could be an alarm for potentially dangerous mutations. In conclusion, the main forces of viral evolution, i.e., mutation, drift, recombination and selection, all operate within hosts and should be studied accordingly. Several significant implications are discussed.

Abstract The novel coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic poses a serious public health risk. Analyzing the genome of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) from clinical samples is crucial for the understanding of viral spread and viral evolution, as well as for vaccine development. Existing sample preparation methods for viral genome sequencing are demanding on user technique and time, and thus not ideal for time-sensitive clinical samples; these methods are also not optimized for high performance on viral genomes. We have developed M etagenom I c R N A E n R ichment V ir A l sequencing (MINERVA), a facile, practical, and robust approach for metagenomic and deep viral sequencing from clinical samples. This approach uses direct tagmentation of RNA/DNA hybrids using Tn5 transposase to greatly simplify the sequencing library construction process, while subsequent targeted enrichment can generate viral genomes with high sensitivity, coverage, and depth. We demonstrate the utility of MINERVA on pharyngeal, sputum and stool samples collected from COVID-19 patients, successfully obtaining both whole metatranscriptomes and complete high-depth high-coverage SARS-CoV-2 genomes from these clinical samples, with high yield and robustness. MINERVA is compatible with clinical nucleic extracts containing carrier RNA. With a shortened hands-on time from sample to virus-enriched sequencing-ready library, this rapid, versatile, and clinic-friendly approach will facilitate monitoring of viral genetic variations during outbreaks, both current and future.

The cellular entry of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) involves the association of its receptor binding domain (RBD) with human angiotensin converting enzyme 2 (hACE2) as the first crucial step. Efficient and reliable prediction of RBD-hACE2 binding affinity changes upon amino acid substitutions can be valuable for public health surveillance and monitoring potential spillover and adaptation into non-human species. Here, we introduce a convolutional neural network (CNN) model trained on protein sequence and structural features to predict experimental RBD-hACE2 binding affinities of 8,440 variants upon single and multiple amino acid substitutions in the RBD or ACE2. The model achieves a classification accuracy of 83.28% and a Pearson correlation coefficient of 0.85 between predicted and experimentally calculated binding affinities in five-fold cross-validation tests and predicts improved binding affinity for most circulating variants. We pro-actively used the CNN model to exhaustively screen for novel RBD variants with combinations of up to four single amino acid substitutions and suggested candidates with the highest improvements in RBD-ACE2 binding affinity for human and animal ACE2 receptors. We found that the binding affinity of RBD variants against animal ACE2s follows similar trends as those against human ACE2. White-tailed deer ACE2 binds to RBD almost as tightly as human ACE2 while cattle, pig, and chicken ACE2s bind weakly. The model allows testing whether adaptation of the virus for increased binding with other animals would cause concomitant increases in binding with hACE2 or decreased fitness due to adaptation to other hosts.

Leaf vein, an essential part of leaf architecture, plays significant roles in shaping the proper leaf size. To date, the molecular mechanisms governing leaf development including leaf venation patterning remains poorly understood in birch. Here, we performed the genome-wide identification of homeodomain-like (HD-like) superfamily genes using phylogenetic analysis and revealed the functional role of a potential HD-like gene in leaf growth and development using transgenic technology and transcriptomic sequencing. A total of 267 HD-like genes were identified based on Arabidopsis HD-containing transcription factors, which were members of KNOTTED1-like homeobox (KNOX) family, BELL1-like homeobox (BLH) family, Zinc finger-HD (ZHD) family, HD-leucine zipper (HD-Zip) family, Golden2, ARR-B, Psr1 (GARP) family, WUSCHEL-related homeobox (WOX) family, and Myeloblastosis (MYB) and MYB-like family. Further, 41 HD-like genes showing co-expression with marker genes related to leaf vascular tissues exhibited differential expression during primary vein development. Among them, a potential HD-like gene (BpPHD4) of GARP family served as a negative factor in governing leaf size and venation patterning. Compared to non-transgenic plants, BpPHD4 repression transgenic plants showed increased leaf length, leaf width, leaf area, leaf thickness, spongy tissue thickness, stomata number, epidermal cell size, primary vein length, the distance between the secondary veins, and primary vein diameter, which was opposite to those of BpPHD4 overexpression transgenic plants. Meanwhile, reduced expression levels of BpPHD4 could remarkably promote phloem tissue development. Transcriptome analysis of BpPHD4 overexpression transgenic plants showed two candidate genes ( Bpev01.c0518.g0018 and Bpev01.c2797.g0002 ) probably regulated by BpPHD4. To conclude, our findings contribute to a better understanding of HD-like superfamily genes and unravel the role of a potential HD-like gene in genetically controlling leaf size and venation patterning in birch, which provides clues to genetic improvement of woody plants with diverse geometric and topological properties of leaf vascular network.

The identification of accurate gene insertion sites on chicken sex chromosomes is crucial for advancing sex control breeding materials. In this study, the intergenic region NC_006127.4 on the chicken Z chromosome and the non-repetitive sequence EE0.6 on the W chromosome were selected as potential gene insertion sites. Gene knockout vectors targeting these sites were constructed and transfected into DF-1 cells. T7E1 enzyme cleavage and luciferase reporter enzyme analyses revealed knockout efficiencies of 80.00% (16/20), 75.00% (15/20), and 75.00% (15/20) for the three sgRNAs targeting the EE0.6 site. For the three sgRNAs targeting the NC_006127.4 site, knockout efficiencies were 70.00% (14/20), 60.00% (12/20), and 45.00% (9/20). Gel electrophoresis and high-throughput sequencing were performed to detect potential off-target effects, showing no significant off-target effects for the knockout vectors at the two sites. EdU and CCK-8 proliferation assays revealed no significant difference in cell proliferation activity between the knockout and control groups. These results demonstrate that the EE0.6 and NC_006127.4 sites can serve as gene insertion sites on chicken sex chromosomes for gene editing without affecting normal cell proliferation.

A significant Omicron wave emerged in China in December 2022. To explore the duration of humoral and cellular response postinfection and the efficacy of hybrid immunity in preventing Omicron reinfection in patients with lung cancer, a total of 447 patients were included in the longitudinal study after the Omicron wave from March 2023 to August 2023. Humoral responses were measured at pre-Omicron wave, 3 months and 7 months postinfection. The detected severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) specific antibodies including total antibodies, anti-receptor binding domain (RBD) specific IgG, and neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 wild type (WT) and BA.4/5 variant. T cell responses against SARS-CoV-2 WT and Omicron variant were evaluated in 101 patients by ELISpot at 3 months postinfection. The results showed that Omicron-infected symptoms were mild, while fatigue (30.2%), shortness of breath (34.0%) and persistent cough (23.6%) were long-lasting, and vaccines showed efficacy against fever in lung cancer patients. Humoral responses were higher in full or booster vaccinated patients than those unvaccinated (p < .05 for all four antibodies), and the enhanced response persisted for at least 7 months. T cell response to Omicron was higher than WT peptides (21.3 vs. 16.0 SFUs/10