XL
Xiyuan Li
Author with expertise in Role of Long Noncoding RNAs in Cancer and Development
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(86% Open Access)
Cited by:
1,413
h-index:
26
/
i10-index:
52
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

NONCODEV5: a comprehensive annotation database for long non-coding RNAs

Shuangsang Fang et al.Oct 25, 2017
NONCODE (http://www.bioinfo.org/noncode/) is a systematic database that is dedicated to presenting the most complete collection and annotation of non-coding RNAs (ncRNAs), especially long non-coding RNAs (lncRNAs). Since NONCODE 2016 was released two years ago, the amount of novel identified ncRNAs has been enlarged by the reduced cost of next-generation sequencing, which has produced an explosion of newly identified data. The third-generation sequencing revolution has also offered longer and more accurate annotations. Moreover, accumulating evidence confirmed by biological experiments has provided more comprehensive knowledge of lncRNA functions. The ncRNA data set was expanded by collecting newly identified ncRNAs from literature published over the past two years and integration of the latest versions of RefSeq and Ensembl. Additionally, pig was included in the database for the first time, bringing the total number of species to 17. The number of lncRNAs in NONCODEv5 increased from 527 336 to 548 640. NONCODEv5 also introduced three important new features: (i) human lncRNA-disease relationships and single nucleotide polymorphism-lncRNA-disease relationships were constructed; (ii) human exosome lncRNA expression profiles were displayed; (iii) the RNA secondary structures of NONCODE human transcripts were predicted. NONCODEv5 is also accessible through http://www.noncode.org/.
0
Citation457
0
Save
0

Epidemiology of mental health problems among patients with cancer during COVID-19 pandemic

Yuan Wang et al.Jul 31, 2020
The current study aimed to explore mental health problems in patients diagnosed with cancer during the COVID-19 pandemic. A cluster sampling, cross-sectional survey with 6213 cancer patients was conducted in one of the largest cancer centers in China. The socio-demographic and clinical characteristics, psychosomatic conditions, interpersonal relationships and social support, COVID-19 infection-related psychological stress, and mental health status were measured. Medical conditions were extracted from patients' electronic healthcare records. Among the 6213 cancer patients, 23.4% had depression, 17.7% had anxiety, 9.3% had PTSD, and 13.5% had hostility. Hierarchical liner regression models showed that having a history of mental disorder, excessive alcohol consumption, having a higher frequency of worrying about cancer management due to COVID-19, having a higher frequency feeling of overwhelming psychological pressure from COVID-19, and having a higher level of fatigue and pain were the predominant risk factors for mental health problems in cancer patients. However, there were only 1.6% of them were seeking psychological counseling during COVID-19. We also revealed the protective factors associated with lower risk of mental health problems among cancer patients. The present study revealed a high prevalence of mental health problems and gaps in mental health services for cancer patients, which also indicated high distress from COVID-19-elevated risks. We call for systematic screening of mental health status for all cancer patients, and developing specific psychological interventions for this vulnerable population.
0
Citation284
0
Save
0

Deciphering the interplay of HPV infection, MHC-II expression, and CXCL13+ CD4+ T cell activation in oropharyngeal cancer: implications for immunotherapy

Shida Yan et al.Aug 6, 2024
Abstract Background Human papillomavirus (HPV) infection has become an important etiological driver of oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC), leading to unique tumor characteristics. However, the interplay between HPV-associated tumor cells and tumor microenvironment (TME) remains an enigma. Methods We performed a single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) on HPV-positive (HPV + ) and HPV-negative (HPV ‒ ) OPSCC tumors, each for three samples, and one normal tonsil tissue. Ex vivo validation assays including immunofluorescence staining, cell line co-culture, and flow cytometry analysis were used to test specific subtypes of HPV + tumor cells and their communications with T cells. Results Through a comprehensive single-cell transcriptome analysis, we uncover the distinct transcriptional signatures between HPV + and HPV ‒ OPSCC. Specifically, HPV + OPSCC tumor cells manifest an enhanced interferon response and elevated expression of the major histocompatibility complex II (MHC-II), potentially bolstering tumor recognition and immune response. Furthermore, we identify a CXCL13 + CD4 + T cell subset that exhibits dual features of both follicular and pro-inflammatory helper T cells. Noteworthily, HPV + OPSCC tumor cells embrace extensive intercellular communications with CXCL13 + CD4 + T cells. Interaction with HPV + OPSCC tumor cells amplifies CXCL13 and IFNγ release in CD4 + T cells, fostering a pro-inflammatory TME. Additionally, HPV + tumor cells expressing high MHC-II and CXCL13 + CD4 + T cell prevalence are indicative of favorable overall survival rates in OPSCC patients. Conclusions Together, our study underscores a synergistic inflammatory immune response orchestrated by highly immunogenic tumor cells and CXCL13 + CD4 + T cells in HPV + OPSCC, offering useful insights into strategy development for patient stratification and effective immunotherapy in OPSCC.
0

Bone marrow transplantation reverses metabolic alterations in multiple sulfatase deficiency: a case series

Nishitha Pillai et al.Jan 9, 2025
Multiple sulfatase deficiency (MSD) is an exceptionally rare neurodegenerative disorder due to the absence or deficiency of 17 known cellular sulfatases. The activation of all these cellular sulfatases is dependent on the presence of the formylglycine-generating enzyme, which is encoded by the SUMF1 gene. Disease-causing homozygous or compound heterozygous variants in SUMF1 result in MSD. Other than symptomatic treatment, no curative therapy exists as of yet for MSD. Eight out of these 17 sulfatases are primarily localized in the lysosome. Two siblings with attenuated MSD underwent hematopoietic cell transplantation (HCT), evaluating the possibility of lysosomal enzymatic cross-correction from the donor cells. There is evidence of correction of currently available biomarkers within 3 months post-HCT. Untargeted metabolomics also shows continued correction of multiple biochemical abnormalities in the post-HCT period. Furthermore, this article also presents the neuropsychological outcomes of these children as well as the results of untargeted metabolomics analysis in this condition. These data suggest biochemical benefits post-transplant along with slowing of disease progression. Long-term follow-up is necessary to fully evaluate the therapeutic benefit of HCT in MSD. Pillai et al. evaluates the utility of bone marrow transplantation in multiple sulfatase deficiency, a rare inborn error of metabolism for which no other therapies are available other than symptomatic management. Untargeted metabolomics shows biochemical correction and disease progression halt during the post transplantation follow up period. Multiple sulfatase deficiency (MSD) is a genetic disorder in which body is unable to produce certain enzymes which are a type of protein. MSD affects multiple body systems, primarily the brain. The current treatments available are catered toward easing the symptoms and cannot cure the disease. In this study, two siblings with a mild form of MSD received bone marrow transplantation (HCT) that replaced their bone marrow with stem cells containing the healthy version of the gene responsible for MSD. The children were monitored for two years, during which time the siblings continued to produce the enzymes that are normally absent in MSD and did not have mental or behavioral deterioration. This study suggests that HCT might help slow the progress of MSD and be an improved treatment. However, further and longer-term studies are required to investigate this further.
0

The Treatment of Primary Lymphoepithelioma‐Like Carcinoma in the Head and Neck and Nasopharyngeal Carcinoma

Qiaohong Lin et al.Nov 1, 2024
ABSTRACT Background An uncommon cancer, lymphoepithelioma‐like carcinoma (LELC) resembles undifferentiated nasopharyngeal carcinoma (NPC) histologically. The aim is mainly to introduce the diagnosis and treatment of LELC and compare it with NPC in our descriptive study. Methods A total of 278 patients with NPC and 157 patients with head and neck LELC had their medical records examined in this study. The propensity score matching (PSM) approach was employed to attain a 1:1 match between the LELC and NPC groups. Kaplan–Meier analysis was performed for overall survival (OS) of LELC and NPC. To determine their predictive values for OS, univariate and multivariate Cox regression analyses with significant survival differences ( p < 0.05) were carried out. Results Similar to NPC, 107 (68.2%) LELC cases had Epstein–Barr virus (EBV) infection. LELC of the parotid glands was present in nearly 46.5% of patients with head and neck LELC. Most patients were treated with surgery with neck dissection. After PSM, LELC had similar 5‐year OS rates to NPC (81.6% vs. 79.0%). LELC was less prone to distant metastasis compared to NPC. Age, T stage, N stage, and distant metastases were found to be substantially correlated with the outcome of LELC, according to the multivariate Cox regression analysis ( p < 0.05). Conclusions EBV infection in the head and neck has been associated with LELC and NPC. When compared to NPC, LELC is more likely to arise in the salivary glands and has a lower incidence of distant metastasis. Surgery with neck dissection is the primary treatment for LELC.