CC
Cheng Chen
Author with expertise in Homogeneous Catalysis with Transition Metals
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
13
(15% Open Access)
Cited by:
1,540
h-index:
40
/
i10-index:
109
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
4

Hydrogen bonds meet self-attention: all you need for general-purpose protein structure embedding

Cheng Chen et al.Feb 1, 2021
Abstract General-purpose protein structure embedding can be used for many important protein biology tasks, such as protein design, drug design and binding affinity prediction. Recent researches have shown that attention-based encoder layers are more suitable to learn high-level features. Based on this key observation, we treat low-level representation learning and high-level representation learning separately, and propose a two-level general-purpose protein structure embedding neural network, called ContactLib-ATT. On the local embedding level, a simple yet meaningful hydrogen-bond representation is learned. On the global embedding level, attention-based encoder layers are employed for global representation learning. In our experiments, ContactLib-ATT achieves a SCOP superfamily classification accuracy of 82.4% (i.e., 6.7% higher than state-of-the-art method) on the SCOP40 2.07 dataset. Moreover, ContactLib-ATT is demonstrated to successfully simulate a structure-based search engine for remote homologous proteins, and our top-10 candidate list contains at least one remote homolog with a probability of 91.9%. Source codes: https://github.com/xfcui/contactlib .
4
Citation5
0
Save
0

Low flow-resistance solid phase extraction of fluoroquinolones in water and food samples by high-pressure wet spinning porous polyimide microfibers

Yuqian Xiang et al.Jun 1, 2024
In this work, porous polyimide microfibers (PI-μF) were prepared by high-pressure wet spinning method, and successfully applied as adsorbents for solid phase extraction (SPE) of fluoroquinolones (FQs) in water and food samples. The PI-μFs of ∼10, 25, 50, 100 μm in diameter could be controlled by the inner diameter of quartz capillary nozzles. The flow resistance of SPE cartridges packed with 10 μm PI microfiber (10-PI-μF) and 25-PI-μF was comparable to or even lower than that of commercial SPE cartridges, while the flow resistance of 50-PI-μF and 100-PI-μF SPE cartridges was increased obviously due to tiny broken pieces. The 10-PI-μF and 25-PI-μF have a specific surface area of 102 m2 g−1 and 76 m2 g−1, mesopores of 22–32 nm, and large breakthrough volume of 110 mL/5 mg and 85 mL/5 mg for FQs, while the 50-PI-μF and 100-PI-μF had much lower specific surface area and hardly had retention for FQs. FQs from tap water, egg and milk samples were then extracted by PI-μF SPE, and analyzed by high performance liquid chromatography-fluorescence detector (HPLC-FLD). SPE parameters as type of elution solvent, elution solvent volume, pH value of sample solution, flow rate of sample solution, and breakthrough volume were first optimized in detail. Under the optimal conditions, the PI-μF SPE/HPLC-FLD method showed high recoveries (96.8%–107%), wide linearity (0.05–50 μg L−1, or 0.01–10 μg L−1), high determination coefficients (R2 ≥0.9992), and low limits of detection (LODs, 0.005–0.014 μg L−1). For the real tap water, egg and milk samples, the recoveries and RSDs were 81–119% and 0.8–9.8%, respectively. The results show that porous microfiber up to 25 μm in diameter is a promising solid-phase extraction adsorbent with the lowest flow resistance that can be used for trace organic pollutants in water and food samples.
0

Copper complex@Paclitaxel: A new dual-functional fluorescent-responsive composite material and treatment on esophageal cancer cells

Peilin Zhu et al.Jun 6, 2024
Esophageal cancer (EC) is a common and fatal malignant tumor of the digestive tract, characterized by high morbidity and mortality. Despite advances in surgery, radiotherapy, and anti-cancer drugs, the five-year survival rate remains low. Therefore, exploring effective therapeutic agents to inhibit the proliferation and invasion of EC is crucial. In this study, a novel coordination polymer CP1 was synthesized by reacting the bifunctional ligand 2,5-bis(1H-1,2,4-triazol-1-yl)terephthalic acid (H2dttpa) containing carboxylic acid and triazolyl groups with Cu(NO3)2·3H2O in a mixed solvent of water and N,N-dimethylformamide. Structural analysis revealed that CP1 adopts a two-dimensional layered network with a trinodal (3,4,4)-connected topology. Furthermore, CP1 exhibits excellent fluorescent properties due to charge transfer from the ligand to the metal, making it suitable for selective and sensitive fluorescence sensing of Fe3+ with a quenching efficiency of up to 90.5 %. This indicates the potential application of CP1 as a fluorescent sensor for Fe3+ detection. Moreover, paclitaxel was selected as a model drug to form a prodrug (CP1@Paclitaxel) with hydrogen bonding enhancing the interaction between the prodrug and CP1. The photothermal properties of CP1@Paclitaxel were investigated, showing an increase of 13 °C and 25 °C, respectively, in a concentration-dependent manner. The therapeutic activity of the newly synthesized system against EC cancer was evaluated, and its specific mechanism of action was investigated. This design provides a novel approach to address drug delivery issues in EC and offers a flexible strategy for expanding the biomedical applications of metal–organic frameworks (MOFs).
Load More