MK
Min Kim
Author with expertise in Radiomics in Medical Imaging Analysis
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(71% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
34
/
i10-index:
115
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

Novel insights into joint estimations of demography, mutation rate, and selection using UV sex chromosomes

Sarah Carey et al.Mar 31, 2021
Abstract A central goal in evolutionary genomics is to understand the processes that shape genetic variation in natural populations. In anisogamous species, these processes may generate asymmetries between genes transmitted through sperm or eggs. The unique inheritance of sex chromosomes facilitates studying such asymmetries, but in many systems sex-biased mutation, demography, and selection are confounded with suppressed recombination in only one sex (the W in females, or the Y in males). However, in a UV sex-determination system, both sex chromosomes are sex-specific and experience suppressed recombination. Here we built a spatially-structured simulation to examine the effects of population density and sex-ratio on female and male effective population size in haploids and compare the results to polymorphism data from whole-genome resequencing of the moss Ceratodon purpureus . In the parameter space we simulated, males nearly always had a lower effective population size than females. Using the C. purpureus resequencing data, we found the U and V have lower nucleotide diversity than the autosomal mean, and the V is much lower than the U, however, we found no parameter set in the model that explained both the U/V and U/autosome ratios we observed. We next used standard molecular evolutionary analyses to test for sex-biased mutation and selection. We found that males had a higher mutation rate but that natural selection shapes variation on the UV sex chromosomes. All together the moss system highlights how anisogamy alone can exert a profound influence on genome-wide patterns of molecular evolution.
0

Clinician-Driven Reanalysis of Exome Sequencing Data From Patients With Inherited Retinal Diseases

Dongheon Surl et al.May 31, 2024
Importance Despite advances in next-generation sequencing (NGS), a significant proportion of patients with inherited retinal disease (IRD) remain undiagnosed after initial genetic testing. Exome sequencing (ES) reanalysis in the clinical setting has been suggested as one method for improving diagnosis of IRD. Objective To investigate the association of clinician-led reanalysis of ES data, which incorporates updated clinical information and comprehensive bioinformatic analysis, with the diagnostic yield in a cohort of patients with IRDs in Korea. Design, Setting, and Participants This was a multicenter prospective cohort study involving 264 unrelated patients with IRDs, conducted in Korea between March 2018 and February 2020. Comprehensive ophthalmologic examinations and ES analyses were performed, and ES data were reanalyzed by an IRD specialist for single nucleotide variants, copy number variants, mobile element insertions, and mitochondrial variants. Data were analyzed from March to July 2023. Main Outcomes and Measures Diagnostic rate of conventional bioinformatic analysis and clinician-driven ES reanalysis. Results A total of 264 participants (151 [57.2%] male; mean [SD] age at genetic testing, 33.6 [18.9] years) were enrolled, including 129 patients (48.9%) with retinitis pigmentosa and 26 patients (9.8%) with Stargardt disease or macular dystrophy. Initial bioinformatic analysis diagnosed 166 patients (62.9%). Clinician-driven reanalysis identified the molecular cause of diseases in an additional 22 patients, corresponding to an 8.3–percentage point increase in diagnostic rate. Key factors associated with new molecular diagnoses included clinical phenotype updates (4 patients) and detection of previously overlooked variation, such as structural variants (9 patients), mitochondrial variants (3 patients), filtered or not captured variants (4 patients), and noncanonical splicing variants (2 patients). Among the 22 patients, variants in 7 patients (31.8%) were observed in the initial analysis but not reported to patients, while those in the remaining 15 patients (68.2%) were newly detected by the ES reanalysis. Conclusions and Relevance In this cohort study, clinician-centered reanalysis of ES data was associated with improved molecular diagnostic yields in patients with IRD. This approach is important for uncovering missed genetic causes of retinal disease.
0

Targeting of the Immune System - From Late-Stage Treatment to Upfront Neoadjuvant Therapy in Non-Small-Cell Lung Cancer

Daniel Rosas et al.May 21, 2024
Lung cancer continues to be a significant global health challenge, characterized by high mortality rates and limited treatment options in its advanced stages. However, the advent of immunotherapy has begun to transform the therapeutic landscape, offering new hope for pa-tients. This paper aims to provide a detailed analysis of the current state and prospects of im-munotherapy in the management of lung cancer. Specifically, it will offer a comprehensive his-torically review of recent clinical trials, emerging immunotherapeutic agents, predictive bi-omarkers, and novel targets for non-small cell lung cancer from the development of immuno-therapy for metastatic lung cancer to advances in immunotherapy in the neoadjuvant and ad-juvant setttings. Moreover, the paper will explore the challenges and opportunities associated with immunotherapy, including resistance mechanisms and the potential of combination ther-apies. Through this analysis, the paper intends to underscore the revolutionary impact of im-munotherapy on lung cancer treatment, advocating for the advancement of more personalized and efficacious therapeutic strategies.
0

Factors predicting redislocation or suture-break in eyes after scleral-fixated intraocular lens

Juseok Lee et al.May 24, 2024
Purpose: To investigate predictive factors for redislocation in patients with recurrent intraocular lens (IOL) dislocation following secondary scleral-fixated IOL (SFIOL) surgery. Setting: Two tertiary referral hospitals Design: Retrospective case series Methods: Patients undergoing SFIOL surgery were grouped into redislocation and no-redislocation groups. Medical records of consecutive patients who underwent SFIOL surgery between June 2014 and December 2019 at two tertiary referral centers were reviewed. Data regarding patient demographics, treatment factors, anatomical and functional outcomes, and postoperative complications were recorded. Results: We included 237 eyes of 225 patients (169 [75.1%] men). The redislocation group was more likely to have a younger mean age at the initial SFIOL surgery (redislocation vs no-redislocation, 55.4 vs 62.0 years, respectively; P =0.008), have a prior history of a previous suture-break (23 eyes, 52.3% vs 1 eye, 0.5%; P <0.001), and have undergone the initial SFIOL surgery using <1 mm-sized side-port incisions (17 eyes, 38.6% vs 32 eyes, 16.5%; P =0.002) than was the no-redislocation group. Additionally, the redislocation group had a higher occurrence of complications ( P <0.001). Multivariable regression revealed that younger age, left eye involvement, aphakic status prior to the surgery, unremarkable primary IOL dislocation cause, need for ocular hypertension treatment and glaucoma surgery, and no large incision during the initial surgery were significantly (all P <0.05) associated with redislocation. Conclusion: Younger age, left eye involvement, postoperative complications like ocular hypertension and glaucoma, and techniques without large incisions increase the risk of redislocation. Conversely, lower risk factors include unremarkable surgery causes and a history of aphakic conditions.
0

Automated quantitative pupillometry as a predictor for transtentorial brain herniation in patients with malignant acute ischemic stroke

Catherine Park et al.Jan 10, 2025
Brain herniation can be a life-threatening condition, resulting in poor prognosis and higher fatality rates. We examined whether quantitative characteristics of sequential pupillary light reflex (PLR) could serve as biomarkers for identifying brain herniation in fatal acute stroke cases with anterior circulation involvement admitted to neurological intensive care unit (Neuro-ICU). Automatic pupillometer assessed PLR automatically every 4–6 hours, measuring eight specific features: NPi (Neurological pupil index) score, initial resting and constriction pupil size, constriction change, constriction velocity, constriction latency, and dilation velocity. Generalized estimating equations were used to analyze the main effects of assessment time (3-to-0 hours, just before brain herniation, and 27-to-21 hours, considerably before) and clinical groups. The study involved 59 patients (mean age 68.8 ± 1.6 years, 23 females) divided into herniation (n = 10) and non-herniation (n = 49) groups. The herniation group exhibited significantly lower ipsilateral NPi scores at 3-to-0 hours (1.80 ± 0.44, p < 0.0001) compared to 27-to-21 hours (4.26 ± 2.21). Additionally, the herniation group had a larger ipsilateral pupil size at constriction at 3-to-0 hours (4.01 ± 0.40 mm) compared to 27-to-21 hours (2.11 ± 0.17 mm). Specifically, at 3-to-0 hours, the herniation group had lower NPi scores (1.80 ± 0.44 vs. 3.97 ± 0.13, p < 0.0001) and larger pupil size at constriction (4.01 ± 0.04 mm vs. 2.90 ± 0.10 mm, p = 0.007) compared to the non-herniation group. These findings suggest that evaluating PLR characteristics can aid in the early identification of brain herniation, facilitating timely triage and appropriate surgical management.