Abstract Joint single-cell measurements of gene expression and DNA regulatory element activity holds great promise as a tool to understand transcriptional regulation. Towards this goal we have developed Smart3-ATAC, a highly sensitive method which allows joint mRNA and chromatin accessibility analysis genome wide in single cells. With Smart3-ATAC, we are able to obtain the highest possible quality measurements per cell. The method combines transcriptomic profiling based on the highly sensitive Smart-seq3 protocol on cytosolic mRNA, with a novel low-loss single-cell ATAC (scATAC) protocol to measure chromatin accessibility. Compared to current droplet multiome methods, the yield of both the scATAC protocol and mRNA-seq protocol is markedly higher.

Abstract Pressure ulcer (PU) is a chronic wound often seen in spinal cord injury patients and other bed-bound individuals, particularly in the elderly population. Despite its association with high mortality, the pathophysiology of PU remains poorly understood. Here, we compared single-cell transcriptomic profiles of human epidermal cells from PU wound edges with those from uninjured skin and acute wounds (AWs) in healthy donors. We identified significant shifts in the cell composition and gene expression patterns in PU. In particular, we found that major histocompatibility complex class II (MHCII) expressing keratinocytes were enriched in patients with worse healing outcomes. Furthermore, we showed that the IFNγ in PU-derived wound fluid could induce MHCII expression in keratinocytes and that these wound fluid-treated keratinocytes inhibited autologous T cell activation. In line with this observation, we found that T cells from PUs enriched with MHCII+ keratinocytes produced fewer inflammatory cytokines. Overall, our study provides a high-resolution molecular map of human PU compared to AW and intact skin, providing new insights into PU pathology and the future development of tailored wound therapy.

Abstract Women with polycystic ovary syndrome (PCOS) exhibit sustained elevation in circulating androgens during pregnancy, an independent risk factor linked to pregnancy complications and adverse neonatal outcomes. Yet, further investigation is required to understand the precise mechanisms and the impact on cell-type specific placental dysfunction. To explore these dynamics, a PCOS-like mice model was induced with continuous androgen exposure throughout pregnancy, mimicking the human-PCOS. This resulted in impaired placental and embryonic development, leading to mid-gestation lethality. Co-treatment with the androgen receptor blocker, flutamide, prevented this lethality. Comprehensive analysis using whole-genome bisulfite and RNA sequencing revealed the diminished proportion of trophoblast precursors by downregulation of Cdx2 . The absence of Gcm1 , Synb, and Prl3b1 further resulted in decreased numbers of syncytiotrophoblasts and sinusoidal trophoblast giant cells, leading to observed compromised placenta labyrinth formation. Importantly, human trophoblast organoids exposed to androgens exhibited analogous alterations, highlighting impaired trophoblast differentiation as a key feature in PCOS-related pregnancy complications. Remarkably, all effects were mediated through the androgen receptor pathways, as demonstrated by comparable offspring phenotypes to controls when treated with flutamide. These findings provide novel insight into the PCOS-related pregnancy complications, and potential cellular targets for future treatment.

Abstract Women with polycystic ovary syndrome (PCOS) exhibit sustained elevation in circulating androgens during pregnancy, an independent risk factor linked to pregnancy complications and adverse outcomes in offspring. Yet, further studies are required to understand the effects of elevated androgens on cell type‐specific placental dysfunction and fetal development. Therefore, a PCOS‐like mouse model induced by continuous androgen exposure is examined. The PCOS‐mice exhibited impaired placental and embryonic development, resulting in mid‐gestation lethality. Co‐treatment with the androgen receptor blocker, flutamide, prevents these phenotypes including germ cell specification . Comprehensive profiling of the placenta by whole‐genome bisulfite and RNA sequencing shows a reduced proportion of trophoblast precursors, possibly due to the downregulation of Cdx2 expression. Reduced expression of Gcm1 , Synb , and Prl3b1 is associated with reduced syncytiotrophoblasts and sinusoidal trophoblast giant cells, impairs placental labyrinth formation. Importantly, human trophoblast organoids exposed to androgens exhibit analogous changes, showing impaired trophoblast differentiation as a key feature in PCOS‐related pregnancy complications. These findings provide new insights into the potential cellular targets for future treatments.

To explore the relationship between insomnia and osteoporosis.