JQ
Jian Qin
Author with expertise in Diversity and Evolution of Fungal Pathogens
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(43% Open Access)
Cited by:
286
h-index:
27
/
i10-index:
44
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Deep protein methylation profiling by combined chemical and immunoaffinity approaches reveals novel PRMT1 targets

Nicolas Hartel et al.Feb 5, 2019
Protein methylation has been implicated in many important biological contexts including signaling, metabolism, and transcriptional control. Despite the importance of this post-translational modification, the global analysis of protein methylation by mass spectrometry-based proteomics has not been extensively studied due to the lack of robust, well-characterized techniques for methyl peptide enrichment. Here, to better investigate protein methylation, we compared two methods for methyl peptide enrichment: immunoaffinity purification (IAP) and high pH strong cation exchange (SCX). Using both methods, we identified 1,720 methylation sites on 778 proteins. Comparison of these methods revealed that they are largely orthogonal, suggesting that the usage of both techniques is required to provide a global view of protein methylation. Using both IAP and SCX, we then investigated changes in protein methylation downstream of protein arginine methyltransferase 1 (PRMT1). PRMT1 knockdown resulted in significant changes to 127 arginine methylation sites on 78 proteins. In contrast, only a single lysine methylation site was significantly changed upon PRMT1 knockdown. In PRMT1 knockdown cells, we found 114 MMA sites that were either significantly downregulated or upregulated on proteins enriched for mRNA metabolic processes. PRMT1 knockdown also induced significant changes in both asymmetric dimethyl arginine (ADMA) and symmetric dimethyl arginine (SDMA). Using characteristic neutral loss fragmentation ions, we annotated dimethylarginines as either ADMA or SDMA. Through integrative analysis of methyl forms, we identified 18 high confidence PRMT1 substrates and 12 methylation sites that are scavenged by other non-PRMT1 arginine methyltransferases in the absence of PRMT1 activity. We also identified one methylation site, HNRNPA1 R206, which switched from ADMA to SDMA upon PRMT1 knockdown. Taken together, our results suggest that deep protein methylation profiling by mass spectrometry requires orthogonal enrichment techniques to identify novel PRMT1 methylation targets and highlight the dynamic interplay between methyltransferases in mammalian cells.
0

First report of Phyllosticta capitalensis causing leaf blotch on Chinese olive (Canarium album) in Guangdong province of China

Qingli Zhuang et al.Nov 25, 2024
Chinese olive (Canarium album) is a well-known plant used both as food and medicine, extensively cultivated in southern China (Kuo et al., 2016). Its production is challenged by various fungal diseases. From July to October 2023, Chinese olive plants in an approximately 400 hectare conventional hillside orchard in Chaozhou, Guangdong province, China (23°39′45.36″N, 116°37′45.48″E), where sustainable Chinese olive farming has been practiced for over a decade, exhibited leaf blotch symptoms with a disease incidence of 40% (n = 100 plants investigated). Symptoms include yellow or brown leaf blotches, followed by drying, curling, and eventual leaf drop. To identify the causal agent, seven symptomatic leaves from seven trees were collected. The symptomatic leaves were cut into pieces of about 0.3 mm2 at the necrotic lesion edges and surface disinfected. The pieces were placed on potato dextrose agar (PDA), incubated in the dark at 28°C for 5 days, then subcultured for 7 days. Four fungal isolates were obtained with an isolation frequency of 57%. Genomic DNA was extracted from the isolates. Morphological analysis and internal transcribed spacer (ITS) region sequencing revealed no observable differences among isolates. The representative isolate (LB-1) cultured on PDA was initially white, turning light grey with dense aerial mycelium after 7 days. The transparent hyphae displayed intricate branching patterns and multiple cellular structures. The conidia were single-celled, hyaline, fusiform structures measuring 3.6–7.8 × 1.17–2.83 μm (n = 50). Morphologically, the fungal isolates resembled Phyllosticta capitalensis (Wikee et al. 2013). Primers ITS1/ITS5, ACT-512F/ACT-783R, and EF1/EF2 were used to amplify the ITS region, the actin (ACT) gene, and the transcription elongation factor (TEF), respectively (Wang et al. 2023). The sequences obtained from the LB-1 isolate have been deposited in NCBI GenBank (accession nos. PP922193; PP960207 and PP960206). A phylogenetic tree was constructed based on aligned sequences (Wang et al. 2023). BLAST analysis showed LB-1 isolate shares 99.4%-100% similarity with sequences KY855645, KY855590, and KY855919 from P. capitalensis CPC27084. Based on morphological and molecular analysis, isolate LB-1 was identified as P. capitalensis. Pathogenicity assays of the LB-1 isolate were conducted on 2-year-old Canarium album seedlings. A 10⁶ spores/mL LB-1 suspension was applied to 3 mm spots on the leaves of four plants for inoculation. Controls leaves was treated with sterile water. The inoculated plants were placed in a greenhouse at 28°C with 80% humidity. The experiment was repeated 3 times. Leaves inoculated with LB-1 isolates showed blotch symptoms similar to those in the field, the controls remained healthy. Reisolation of P. capitalensis was performed confirmed by morphology and DNA sequencing, fulfilling Koch’s postulates. Previous studies have shown that P. capitalensis causes fungal diseases on fruit trees such as Citrus lalifolia and Mangifera indica (Wikee et al. 2013). To our knowledge, this is the first report of Phyllosticta capitalensis causing leaf blotch on Chinese olive in China. Preliminary observations suggest it may be present in other olive-producing regions of Guangdong. It causes significant leaf wilting and shedding, potentially reduces fruit quality, and lowers overall yield. This discovery will offer valuable insights for creating effective control measures against this recently emerged severe disease.
0

Adherence to a Mediterranean diet is associated with a lower risk of diabetic kidney disease among individuals with hyperglycemia: a prospective cohort study

Changbo Qu et al.Jun 3, 2024
Abstract Background Type 2 diabetes is associated with a variety of complications, including micro- and macrovascular complications, neurological manifestations and poor wound healing. Adhering to a Mediterranean Diet (MED) is generally considered an effective intervention in individuals at risk for type 2 diabetes mellitus (T2DM). However, little is known about its effect with respect to the different specific manifestations of T2DM. This prompted us to explore the effect of MED on the three most significant microvascular complications of T2DM: diabetic retinopathy (DR), diabetic kidney disease (DKD), and vascular diabetic neuropathies (DN). Methods We examined the association between the MED and the incidence of these microvascular complications in a prospective cohort of 33,441 participants with hyperglycemia free of microvascular complications at baseline, identified in the UK Biobank. For each individual, we calculated the Alternate Mediterranean Diet (AMED) score, which yields a semi-continuous measure of the extent to which an individual’s diet can be considered as MED. We used Cox proportional hazard models to analyze hazard ratios (HRs) and 95% confidence intervals (CIs), adjusting for demographics, lifestyle factors, medical histories and cardiovascular risk factors. Results Over a median of 12.3 years of follow-up, 3,392 cases of microvascular complications occurred, including 1,084 cases of diabetic retinopathy (DR), 2,184 cases of diabetic kidney disease (DKD), and 632 cases of diabetic neuropathies (DN), with some patients having 2 or 3 microvascular complications simultaneously. After adjusting for confounders, we observed that higher AMED scores offer protection against DKD among participants with hyperglycemia (comparing the highest AMED scores to the lowest yielded an HR of 0.79 [95% CIs: 0.67, 0.94]). Additionally, the protective effect of AMED against DKD was more evident in the hyperglycemic participants with T2DM (HR, 0.64; 95% CI: 0.50, 0.83). No such effect, however, was seen for DR or DN. Conclusions In this prospective cohort study, we have demonstrated that higher adherence to a MED is associated with a reduced risk of DKD among individuals with hyperglycemia. Our study emphasizes the necessity for continued research focusing on the benefits of the MED. Such efforts including the ongoing clinical trial will offer further insights into the role of MED in the clinical management of DKD.
0

Neohesperidin alleviates the inhibitory effect of bisphenol A on the myogenic differentiation of umbilical cord mesenchymal stem cells via the IGF1R/AKT1/RHOA signaling pathway

Jie Yang et al.Sep 1, 2024
Bisphenol A (BPA), a typical environmental endocrine disruptor, has raised concerns among researchers due to its toxicological effects. Whether neohesperidin (NEO) can intervene in the toxic effects of BPA remains unknown. This study aims to investigate the effects and mechanisms of NEO on the myogenic differentiation of umbilical cord-derived mesenchymal stem cells (UC-MSCs) exposed to BPA. Sheep UC-MSCs were isolated, characterized, and induced to myogenic differentiation. BPA decreased cell viability, cell migration, and the expressions of myogenic marker genes, leading to myogenic differentiation inhibition, which were reversed by NEO. Network pharmacology suggested the IGF1R/AKT1/RHOA pathway as potential targets of BPA and NEO regulating muscle development. Western blot results showed that NEO could reverse the down-regulation of the pathway proteins induced by BPA, and counteract the effects of picropodophyllin (PPP) or MK-2206 dihydrochloride (MK-2206) in the myogenic differentiation of sheep UC-MSCs. Additionally, the expression levels of (p-) IGF1R, AKT1, and RHOA were positively correlated. Taken together, the mechanisms of NEO resistance to BPA involved the IGF1R/AKT1/RHOA signaling pathway. These findings provide a scientific basis for alleviating BPA toxicity, preventing and treating muscular dysplasia, and promoting muscle damage repair.