In this scoping review, we delve into the transformative potential of artificial intelligence (AI) in addressing challenges inherent in whole-genome sequencing (WGS) analysis, with a specific focus on its implications in oncology. Unveiling the limitations of existing sequencing technologies, the review illuminates how AI-powered methods emerge as innovative solutions to surmount these obstacles. The evolution of DNA sequencing technologies, progressing from Sanger sequencing to next-generation sequencing, sets the backdrop for AI’s emergence as a potent ally in processing and analyzing the voluminous genomic data generated. Particularly, deep learning methods play a pivotal role in extracting knowledge and discerning patterns from the vast landscape of genomic information. In the context of oncology, AI-powered methods exhibit considerable potential across diverse facets of WGS analysis, including variant calling, structural variation identification, and pharmacogenomic analysis. This review underscores the significance of multimodal approaches in diagnoses and therapies, highlighting the importance of ongoing research and development in AI-powered WGS techniques. Integrating AI into the analytical framework empowers scientists and clinicians to unravel the intricate interplay of genomics within the realm of multi-omics research, paving the way for more successful personalized and targeted treatments.

Background/Objectives: In patients diagnosed with uncomplicated acute appendicitis (UAA), the absence of calcified deposits or stones, called appendicoliths, often leads to consideration of non-operative treatment (NOT), despite the notable treatment failure rate associated with this approach. Previous research has indirectly estimated the prevalence of appendicoliths to range between 15% and 38% retrospectively by CT scan, intraoperative palpation, and pathology report, thereby potentially missing certain concrements. Our hypothesis proposes that this reported prevalence significantly underestimates the occurrence of appendicoliths, which could explain the high failure rate of 29% of patients with appendicitis observed with NOT. Methods: In our prospective study, conducted with a cohort of 56 adult patients diagnosed with acute appendicitis (AA), we employed intraoperative extracorporeal incisions of the vermiform appendix, in addition to standard diagnostic methods. Results: Our findings revealed 50% more appendicoliths by intraoperative incision (n = 36, p < 0.001) compared to preoperative imaging (n = 24). Appendicoliths were present in 71.4% (n = 40, p < 0.001) of AA patients. Conclusions: These results suggest that conventional diagnostic procedures plausibly underestimate the actual prevalence of appendicoliths, potentially elucidating the frequent treatment failures observed in NOT approaches applied to patients with UAA.

Objective: To compare the outcomes of robotic minor liver resections (RMLR) versus laparoscopic (L) MLR of the anterolateral segments. Background: Robotic liver surgery has been gaining prominence over the years with increasing usage for a myriad of hepatic resections. Robotic liver resections(RLR) has demonstrated non-inferiority to laparoscopic(L)LR while illustrating advantages over conventional laparoscopy especially for technically difficult and major LR. However, the advantage of RMLR for the anterolateral(AL) (segments II, III, IVb, V and VI) segments, has not been clearly demonstrated. Methods: Between 2008 to 2022, 15,356 of 29,861 patients from 68 international centres underwent robotic(R) or laparoscopic minor liver resections (LMLR) for the AL segments Propensity score matching (PSM) analysis was performed for matched analysis. Results: 10,517 patients met the study criteria of which 1,481 underwent RMLR and 9,036 underwent LMLR. A PSM cohort of 1,401 patients in each group were identified for analysis. Compared to the LMLR cohort, the RMLR cohort demonstrated significantly lower median blood loss (75ml vs. 100ml, P <0.001), decreased blood transfusion (3.1% vs. 5.4%, P =0.003), lower incidence of major morbidity (2.5% vs. 4.6%, P =0.004), lower proportion of open conversion (1.2% vs. 4.5%, P <0.001), shorter post operative stay (4 days vs. 5 days, P <0.001), but higher rate of 30-day readmission (3.5% vs. 2.1%, P =0.042). These results were then validated by a 1:2 PSM analysis. In the subset analysis for 3,614 patients with cirrhosis, RMLR showed lower median blood loss, decreased blood transfusion, lower open conversion and shorter post operative stay than LMLR. Conclusion: RMLR demonstrated statistically significant advantages over LMLR even for resections in the AL segments although most of the observed clinical differences were minimal.

Zusammenfassung Die chirurgisch-onkologische Therapie von Malignomen im Becken- und Perinealbereich geht mit einer hohen Komplikationsrate und Morbidität für Patientinnen und Patienten einher. Moderne multimodale Therapiekonzepte, wie etwa beim Anal- oder Rektumkarzinom mit neoadjuvanter Radio-Chemotherapie, erhöhen die Langzeit-Überlebensrate und senken das lokale Rezidivrisiko. Gleichzeitig geht die zunehmende chirurgische Radikalität und die höhere onkologische Sicherheit bei weiten Resektionsgrenzen zwangsläufig mit größeren und durch die Bestrahlung komplexeren Gewebedefekten am Beckenboden, perineal und sakral einher. Die plastisch-chirurgische Rekonstruktion von komplexen Defekten im Becken-Perinealbereich nach onkologischer Resektion bleibt daher nach wie vor herausfordernd. Das rekonstruktive Rüstzeug und somit die Behandlung solcher Defekte ist breit und reicht von lokalen und regionalen Lappenplastiken, über muskelbasierte bis hin zu mikrovaskulären und perforatorbasierten Verfahren. Während die Verwendung von Lappenplastiken mit einer mittlerweile in der Literatur gut dokumentierten, signifikanten Reduktion der postoperativen Komplikationen im Vergleich zum primären Verschluss einhergeht, fehlt es weiterhin an belastbaren Daten, welche die postoperativen Ergebnisse verschiedener rekonstruktiver Ansätze direkt miteinander vergleichen. Zudem zeigt die aktuellen Datenlage, dass die Erfassung der Lebensqualität dieser Patienten nur selten standardisiert erfolgt. Im Konsensus-Workshop der 44. Jahrestagung der Deutschsprachigen Arbeitsgemeinschaft für Mikrochirurgie zum Thema «Rekonstruktion onkologischer-Defekte im Becken-Perinealbereich» wurde die aktuelle Literatur diskutiert und Empfehlungen zur Rekonstruktion komplexer Defekte in diesem Bereich erarbeitet. Das Ziel dieses Workshops bestand darin, Wissenslücken zu identifizieren und soweit möglich einen Expertenkonsens zu etablieren, um die Qualität in der Rekonstruktion auf diesem anspruchsvollen Gebiet zu gewährleisten und kontinuierlich zu verbessern. Zudem wurde der Stellenwert vom «patient-reported outcome measure» in der Beckenrekonstruktion hervorgehoben und der Wille für dessen flächendeckenden Einsatz in einer patienten-zentrierten Gesundheitsversorgung festgehalten.

Abstract Colorectal cancer (CRC) represents the third leading cause of cancer-related deaths. Knowledge covering diverse cellular and molecular data from individual patients has become valuable for diagnosis, prognosis, and treatment selection. Here, we present in-depth comparative RNA-seq analysis of 32 CRC patients pairing tumor and healthy tissues (total of 73 samples). Strict thresholds for differential expression genes (DEG) analysis revealed an interconnection between nutrients, metabolic program, and cell cycle pathways. Among the upregulated DEGs, we focused on the Xc- system, composed of the proteins from SLC7A11 (xCT) and SLC3A2 genes, along with several interacting genes. To assess the oncogenic potency of the Xc- system in a cellular setting, we applied a knowledge-based approach, analyzing gene perturbations from CRISPR screens. The study focused on a set of 27 co-dependent genes that were strongly correlated with the fitness of SLC7A11 and SLC3A2 across many cell types. Alterations in these genes in 13 large-scale studies (e.g., by mutations and copy number variation) were found to enhance overall survival and progression-free survival in CRC patients. In agreement, the overexpression of these genes in cancer cells drives cancer progression by allowing effective management of the redox level, induction of stress response mechanisms, and most notably, enhanced activity of ion/amino acid transporters, and enzymes acting in de novo nucleotide synthesis. We also highlight the positive correlation between the Xc- system gene expression level, patient responsiveness to different chemotherapy treatments, and immune cell infiltration ( e.g., myeloid-derived suppressor cells) in CRC tumors as a measure for their immunosuppressive activity. This study illustrates that knowledge-based interpretation by synthesizing multiple layers of data leads to functional and mechanistic insights into the role of SLC7A11 and its associated genes in CRC tumorigenesis and therapeutics.

Uncover the pivotal link between lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (Lck)-related genes and clinical risk stratification in pancreatic cancer.

Abstract Introduction The views of patients and carers are important for the development of research priorities. This study aimed to determine and compare the top research priorities of cancer patients and carers with those of multidisciplinary clinicians with expertise in prehabilitation. Materials and methods This cross-sectional study surveyed patients recovering from cancer surgery at a major tertiary hospital in Sydney, Australia, and/or their carers between March and July 2023. Consenting patients and carers were provided a list of research priorities according to clinicians with expertise in prehabilitation, as determined in a recent International Delphi study. Participants were asked to rate the importance of each research priority using a 5-item Likert scale (ranging from 1 = very high research priority to 5 = very low research priority). Results A total of 101 patients and 50 carers participated in this study. Four areas were identified as research priorities, achieving consensus of highest importance (> 70% rated as “high” or “very high” priority) by patients, carers, and clinical experts. These were “optimal composition of prehabilitation programs” (77% vs. 82% vs. 88%), “effect of prehabilitation on surgical outcomes” (85% vs. 90% vs. 95%), “effect of prehabilitation on functional outcomes” (83% vs. 86% vs. 79%), and “effect of prehabilitation on patient reported outcomes” (78% vs. 84% vs. 79%). Priorities that did not reach consensus of high importance by patients despite reaching consensus of highest importance by experts included “identifying populations most likely to benefit from prehabilitation” (70% vs. 76% vs. 90%) and “defining prehabilitation core outcome measures” (66% vs. 74% vs. 87%). “Prehabilitation during neoadjuvant therapies” reached consensus of high importance by patients but not by experts or carers (81% vs. 68% vs. 69%). Conclusion This study delineated the primary prehabilitation research priorities as determined by patients and carers, against those previously identified by clinicians with expertise in prehabilitation. It is recommended that subsequent high-quality research and resource allocation be directed towards these highlighted areas of importance.

Introduction: Patients with chronic pancreatitis (CP) as well as with pancreatic head carcinoma (CA) undergo the surgical intervention named “pylorus-preserving pancreatoduodenectomy according to Traverso–Longmire (PPPD)”, which allowed a comparative analysis of the postoperative courses. The hypothesis was that patients with CA would have worse general as well as immune status than patients with CP due to the severity of the tumor disease and that this would be reflected in the more disadvantageous early postoperative outcome after PPPD. Methods: With the aim of eliciting the influence of the different diagnoses, the surgical outcome of all consecutive patients who underwent surgery at the Dept. of General, Abdominal, Vascular and Transplant Surgery at the University Hospital at Magdeburg between 2002 and 2015 (inclusion criterion) was recorded and comparatively evaluated. Early postoperative outcome was characterized by general and specific complication rate indicating morbidity, mortality, and microbial colonization rate, in particular surgical site infection (SSI, according to CDC criteria). In addition, microbiological findings of swabs and cultures from all compartments as well as preoperative and perioperative parameters from patient records were retrospectively documented and used for statistical comparison in this systematic retrospective unicenter observational study (design). Results: In total, 192 cases with CA (68.1%) and 90 cases with CP (31.9%) met the inclusion criteria of this study. Surprisingly, there were similar specific complication rates of 45.3% (CA) vs. 45.6% (CP; p = 0.97) and in-hospital mortality, which differed only slightly at 3.65% (CA) vs. 3.3% (CP; p = 0.591); the overall complication rate tended to be higher for CA at 23.4% vs. 14.4% (CP; p = 0.082). Overall, potentially pathogenic germs were detected in 28.9% of all patients in CP compared to 32.8% in CA (p = 0.509), and the rate of SSI was 29.7% (CA) and 24.4% (CP; p = 0.361). In multivariate analysis, CA was found to be a significant risk factor for the development of SSI (OR: 2.025; p = 0.048); the underlying disease had otherwise no significant effect on early postoperative outcome. Significant risk factors in the multivariate analysis were also male sex for SSI and microbial colonization, and intraoperatively transfused red cell packs for mortality, general and specific complications, and surgical revisions. Conclusions: Based on these results, a partly significant, partly trending negative influence of the underlying disease CA, compared to CP, on the early postoperative outcome was found, especially with regard to SSI after PPPD. This influence is corroborated by the international literature.